آنچه اما در مورد دایی مبهم است، به روابط خاص و نامشخص او با نهادهای بالادست برمیگردد. دایی بارها از نهادهای قضایی درخواست کرده تا وارد جریانهای مالی فوتبال شوند و در عین حال خودش را مبرا از هرگونه اتهام و ابهام دانسته است.
اما به صورت نمونه وقتی علی دایی سال ۸۵ با ضربه سر در زمین فوتبال به صورت «شیث رضایی» کوبید و از سوی کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال ۴ جلسه محروم شد، نمایندگان مجلس در حوزههای اردبیل، ارومیه و تبریز با غیر کارشناسی خواندن تصمیمات کمیته داوران، فدراسیون را وادار به تغییر حکم کردند.
حکم کمیته انضباطی یک روز بعد به دستور کمیته استیناف شکست. علی دایی فردای روز بخشش به مجلس رفت، با نمایندگان دیدار کرد و مدعی شد که «عبدالرحمن شاهحسینی» رییس کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال باید به دلیل عدم تخصص، از سمت خود برکنار شود. شاهحسینی و اعضای کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال ۲۴ ساعت بعد همگی استعفا دادند.
دایی نخستین مربی نبود که در مورد «دستهای پشت پرده» و «سوتهای تعمدی» اظهارنظر کرد، اما تنها مربی بود که موفق شد یک داور فوتبال را با ادعای درخواست واریز پول از طریق «کارت به کارت» خانهنشین کند.
ابهامات در چرایی قرارداد فدراسیون فوتبال با البسه دایی، پرداخت غیرمتعارف وجه به این تولیدی (درحالی که تولیدیهای پوشاک برای تأمین البسه تیمهای ملی باید هزینه پرداخت کنند)، شبهات در مورد واردات و و ارتباط با گمرک، یا حضور دائمیاش طی ۱۴ سال مربیگری در پایتخت از جمله سؤالات زندگی پر راز علی دایی است.
دایی یک بار در برنامه ۹۰ و در مواجهه با علی پروین هم گفته بود: «اگر اراده کنم فردا ده تا مینیبوس آدم از اردبیل میآورم دم خانهات پیاده میکنم که ببینیم زور کی بیشتر است.»
علی دایی آقای گلی است که وقتی مربی شد، با تمامی مدیران بالادستیاش به مشکل خورد. تک تک مدیرانی که با او در باشگاهها یا تیمهای ملی قطع همکاری کردند باید منتظر فاشگوییهای او از روزهایی که کنارش زندگی کرده بودند میماندند. امروز نوبت به سایپا رسیده است. مصطفی مدبر تبدیل میشود به سردار غفور درجزی. نمونه همین اتفاق به اشکال دیگر برای علی کفاشیان، حبیب کاشانی و محمد رویانیان افتاده بود.
علی دایی تا روزی که با فدراسیون فوتبال یا باشگاه پرسپولیس همکاری داشت، نسبت به دخالتهای دولت محمود احمدینژاد در امور فوتبال هیچگونه اعتراضی نکرد. به محض اخراج شدن اما دولت یا رییس جمهور را مسبب و دخیل عزل خود دانست. امروز در سایپا هم ادعایی پیرامون جعلی بودن نام مدیران این باشگاه و سپاهی بودن آنها دارد. آیا طی دو سال اخیر نمیدانست با چه مدیرانی همکاری میکند؟ »
کیروش رفت'فردوسی پور رفت'دایی هم رفت'هر سه هم بخاطر یک جرم مشترک' گزارش فساد'حالا شما ها موندین و حوضتون'یه زمانی تنها بهانه ما برای دیدن فوتبال این عزیزان بودن که اونم شما ازمون گرفتین'ببینم چه گلی به سر خودتون میزنین