نمایندگان مجلس در راستای رفع ایرادات مورد نظر شورای نگهبان در طرح اصلاح قانون نفت، بند ۸ از ماده ۳ این طرح را حذف کردند. در این بند، مدیرعامل شرکت ملی نفت ایران بهعنوان یکی از اعضای هیئت عالی نظارت بر منابع نفتی اعلام شده است که نمایندگان با اعمال نظر شورای نگهبان با حذف بند ۸ ماده ۳، مدیرعامل شرکت ملی نفت ایران را از ترکیب هیئت عالی نظارت بر منابع نفتی حذف کردند.
همچنین نمایندگان در اصلاح بند ۹ ماده ۳ طرح اصلاح قانون نفت، دو نفر از معاونین وزارت نفت را در ترکیب هیئت عالی نظارت بر منابع نفتی قرار دادند.
در اصلاح بند ۱ از ماده ۴ طرح اصلاح قانون نفت، نمایندگان برای تامین نظر شورای نگهبان مقرر کردند که "نظارت بر اجرای قانون اجرای سیاستهای کلی اصل ۴۴ قانون اساسی در حوزه نفت و گاز"در حوزه وظایف هیئت عالی نظارت بر منابع نفتی قرار بگیرد.
با اصلاح بند ۲ ماده ۴ طرح، بررسی و ارزیابی اجرای سیاستهای راهبردی و برنامههای مصوب وزارت نفت در فرآیند صیانت از منابع نفت و گاز به منظور برداشت بهینه و حداکثری ارزش افزوده اقتصادی برعهده هیئت نظارت بر منابع نفتی قرار گرفت.
در اصلاح بند ۳ ماده ۴ طرح اصلاح قانون نفت، به منظور اعمال نظر کارشناسی شورای نگهبان، بررسی و ارزیابی متن، حجم مالی، تعهدات، مقدار محصول و زمان اجرای قراردادهای مهم نفت و گاز در جهت صیانت از عواید حاصل از انفال عمومی در حوزه نفت و گاز در حوزه وظایف هیئت عالی نظارت بر منابع نفتی قرار گرفت.
نمایندگان در اصلاح بند ۴ ماده ۴ طرح، مقرر کردند دستورالعمل چگونگی تشکیل و اداره جلسات هیئت عالی نظارت بر منابع نفتی با پیشنهاد وزیر نفت به هیئت وزیران ارائه شود.
نمایندگان مجلس جهت تامین نظر شورای نگهبان به اصلاح ماده ۵ طرح اصلاح قانون نفت رای مثبت دادند. در اصلاح ماده ۵ این طرح مقرر شد به منظور اجرا و تحقق طرحهای سرمایهگذاری و تامین هزینههای جاری صنعت نفت، درصدی از ارزش نفت خام، گاز طبیعی و میعانات گازی تولیدی که در قوانین بودجه سالانه کل کشور تعیین میشود به وزارت نفت از طریق شرکتهای اصلی تابعه ذیربط تخصیص یابد تا براساس قوانین موضوعه هزینه شود.