روزنامه اعتماد در گفت وگویی با محمدرضا باهنر نوشت:
*خیلی‌ها در طول این دوره برای رشد سیاسی تلاش نکردند.یا مقرراتی در ذهن‌شان بود که با واقعیات متفاوت بوده است. به طور مثال نهضت آزادی، اتفاقا اعضای آن از جمله افرادی بودند که صبر و حوصله خوبی داشتند. یعنی مرحوم مهندس بازرگان قبل از انقلاب سال‌ها مبارزه کرد اما تصورش از حکومت اسلامی با تصور امام متفاوت بود. آنها قبل از انقلاب چند بار امام را نصیحت کردند شاه را که پذیرفته در چارچوب قانون اساسی عمل کند، بپذیرد؛
نکته‌یی که امام قبول نداشتند. البته آنها مزاحمتی برای انقلاب و امام ایجاد نکردند و در راه انقلاب کمک هم کردند، اما مومن به راه امام هم نبودند و بعد از انقلاب، حضرت امام از روی ناچاری بازرگان را به عنوان نخست‌وزیر دولت موقت انتخاب کردند. امام خط فکری آنها را قبول نداشت و فکر می‌کرد چون تشکیلاتی‌تر از بقیه هستند برای دولت موقت مناسب‌ترند....امام می‌توانست در همان اوایل انقلاب از کسانی استفاده کند که تجربه کار سیاسی نداشتند، در آن صورت آنها تندخویی و بی‌برنامگی را حاکم می‌کردند اما امام بسیار عاقلانه برخورد کرد و آدم‌هایی را آورد که سیاست و برنامه حالیشان بود.
خود آنها هم باید این نکته را می‌دانستند و اگر نمی‌دانستند تقصیر خودشان بود چراکه انقلاب، شورای انقلاب و مردم انقلابی راه خودشان را می‌روند. آنها اگر توانستند با آنها راه بروند که هیچ، اگر نه حذف می‌شوند. شما توجه کنید اشغال لانه جاسوسی طراحی هیچ‌کدام از سران انقلاب نبود اما بعد از اشغال امام آنها را تحویل گرفت و حرکت را انقلاب دوم نامید یا شهیدبهشتی مدیریت‌شان کرد.اما بازرگان استعفا کرد. بازرگان از اشغال لانه جاسوسی خبر نداشت، امام هم خبر نداشت. هر دو در مقابل عمل انجام شده قرار گرفتند اما امام آن‌گونه برخورد کرد و بازرگان هم استعفا کرد. بازرگان خودش، خودش را حذف کرد.
* من شخصا بازرگان را قبول داشتم، در حد خودش هم قبولش دارم و پشت سر مرده هم غیبت نمی‌کنم و دعا می‌کنم که خدا از تقصیراتش بگذرد و درجاتش را متعالی بگرداند اما امام راضی به ملاقات او با وزیر خارجه امریکا نبود. طبیعی بود که انقلاب نمی‌توانست او را تحمل کند.
*اینکه «مجلس در راس امور است» آرزوی امام نبوده بلکه برداشت ایشان از قانون اساسی است. قانون اساسی فریاد می‌زند که مجلس در راس امور است.
*رییس‌جمهور اختیار زیاد دارد اما وزرایش باید از مجلس رای اعتماد بگیرند در حالی که نماینده‌‌های مجلس از دولت رای اعتماد نمی‌گیرند. از نظر حقوقی نظام ما یک نظام پارلمانتاریستی است با این تفاوت که رییس‌جمهورش مستقیما از جانب مردم تعیین می‌شود. در حکومت ما اختیارات عموما در دست مجلس است. حتی با تصریح استقلال قوا اما بسیاری از اختیارات رییس‌جمهور منوط به اذن مجلس است.
*مجلس اگر بخواهد با رییس‌جمهور برخورد کند باید عدم کفایتش را مطرح کند یا استیضاح کند. استیضاح کردن مثل طلاق است. در اسلام طلاق حلال است اما می‌گویند تا آنجایی که می‌توانی از این اهرم استفاده نکن. در یک خانواده طلاق وقتی رخ می دهد که دیگر هیچ راهی وجود نداشته باشد والا اگر قرار باشد به هر بهانه‌یی از اهرم طلاق استفاده شود به نظر من هیچ زن و شوهری 24 ساعت هم نمی‌توانند با هم زندگی کنند. شما هم نمی‌توانی هیچ دوره‌یی را پیدا کنی که یک وزیر 10 مخالف در مجلس نداشته باشد. این 10 نفر هم می‌توانند او را استیضاح کنند اما باید تحمل کرد و در جاهایی هم باید وارد عمل شد، مثلا سال گذشته وزارت ورزش را تصویب کردیم و رییس‌جمهور آن را اجرا نکرد.
بعد از گذشت سه ما ه مهلت وی، من به عنوان معاون نظارت مجلس نامه‌یی به آقای اکرمی خزانه‌دار کل کشور و معاون راهبردی رییس‌جمهور (آن موقع آقای عزیزی) نوشتم و گفتم از امروز تخصیص یک ریال بودجه به سازمان تربیت بدنی و سازمان جوانان به منزله تصرف غیرقانونی در اموال دولت است و قابل محاکمه است که صبح فردایش قفل و تمام شد. هنوز که هنوز است آقای رییس‌جمهور دنبال قانونی است که تخلفات آن چند روز بخشیده شود. اگر قرار شود مجلس وارد میدان شود حتما می‌شود و می‌تواند.
*من بعد از انتخابات گفتم این وزرایی که من می‌بینم پنج شش نفر آنها رای نمی‌آورند چون نبض مجلس دست ماست، نگفتم آنها را می‌اندازیم....دو روز بعد آقا فرمودند که خیلی از وزرا را نیندازید. این حکم ارشادی آقا بود. من صحن علنی مجلس را می‌شناسم. برخی که به وزیر رای نمی‌دهند نمره او را صفر می‌دانند، برخی پنج و برخی 5/9 . آن کسی که به وزیر پیشنهادی نمره 5/9 می‌دهد اگر من بگویم رای بده رای می‌دهد. نظر آقا مولوی نبود اما نظر ارشادی ایشان خیلی روی نظر کارشناسی نماینده‌ها اثر دارد.نظر کارشناسی مقام معظم رهبری حتما از نظر کارشناسی رییس مجلس و بسیاری افراد دیگر مهم‌تر است.
منظور من موقعیت قانونی ایشان نیست بلکه به اطلاعات ایشان نظر دارم. یک زمانی یکی از فرماندهان ارتش به من گفت من به سه دلیل از آقا تبعیت می‌کنم ؛یک دلیل اینکه طبق قانون اساسی رهبری فرمانده کل قواست، دوم اینکه ایشان مرجع تقلید من است و من شرعا باید از ایشان اطاعت کنم و دلیل سوم این است که به نظر من هیچ کس بهتر از آقای خامنه‌ای به مسائل نظامی کشور اشراف ندارند. اینکه شما می‌گویید چه شد هشت تا شد چهار تا چون آقا فرمودند. رای خود من هم نسبت به برخی وزرا عوض شد و در مورد دو سه وزیر هم عوض نشد.
*من خودم معتقدم آقای احمدی‌نژاد به مشایی اعتقاد دارد، بدهی سیاسی به او ندارد. احمدی‌نژاد آدمی نیست که به غیر از خدا از کسی دیگر بترسد، من به این مساله شهادت می‌دهم که احمدی‌نژاد از کسی نمی‌ترسد و فقط از خدا می‌ترسد. بنابراین اگر رعایت حال مشایی را می‌کند به او اعتقاد دارد.
*احمدی نژاد چون به مشایی اعتقاد دارد و از نفرین او می‌ترسد. وامدار او نیست ولی ما اعتقادی به مشایی نداریم....یعنی حرف‌های مشایی برایش مهم است، فکر می‌کند مشایی بهتر از خودش می‌فهمد، مشایی را نسبت به خدا بنده‌تر می‌داند....من به مرجع تقلیدم اعتقاد دارم. آقای احمدی‌نژاد به کارهای آقای مشایی باور دینی دارد. اگر همه بگویند حد مشایی این نیست که احمدی‌نژاد از او تبعیت کند اعتقاد احمدی‌نژاد نمی‌گذارد که از او تبعیت نکند.
*یک جایی هست که آقا به احمدی‌نژاد حکم می‌کند و او گوش نمی‌کند و یک موقع ارشادش می‌کند و او گوش نمی‌کند. آنجایی که ارشاد می‌کند می‌تواند گوش نکند اما آنجایی که حکم می‌کند باید گوش بکند. اگرچه بسیاری از نظرات ارشادی رهبری هم به دلیل احاطه ایشان به امور لازم‌الاتباع است.
