روزنامه جمهوری اسلامی در مقاله ای مفصل، ضمن انتقادهای شدید از آیت الله مصباح یزدی چند پرسش زیر را از وی مطرح کرد:
پرسش اول:
امام خمینی درپیام تاریخی و پر‌نکته حضرت امام خمینی به روحانیت در سوم اسفند 1367 نوشته‌اند: دیروز "حجتیه‌ای‌ها" مبارزه را حرام کرده بودند و در بحبوحه مبارزات تمام تلاش خود را نمودند تا اعتصاب چراغانی نیمه شعبان را به نفع شاه بشکنند، امروز انقلابی‌تر از انقلابیون شده‌اند!" پرسش این است که ایشان تا کنون درباره تفسیر و تحلیل این پیام تاریخی چه اقداماتی کرده‌اند و آیا در میان منابع و مواد آموزشی و یا برنامه‌های جنبی مرکز آموزشی ایشان، بخشی هر چند محدود به شناخت ویژگی‌های جریان حجتیه و مبانی فکری و تاریخ عملکرد آن اختصاص یافته است؟
پرسش دوم:
ایشان در اردیبهشت سال89 در مدرسه فیضیه در نقد موضوع "رهبری شورایی" گفته‌اند: "در طول تاریخ حکومت پیامبران و یک هزار و چهارصد سال شیعه، مسئله حکومت شورایی مطرح نبود و هیچ پیامبری را نداشتیم که با مجموعه‌ای از پیامبران حکومت کرده باشد. چنین موردی را حتی در زمان ائمه اطهار(ع) و فقهاء سنتی نیز نداشتیم و در هیچ آثاری نیز چنین چیزی نیامده است." ایشان افزوده‌اند: "ممکن است امروز برخی افکار غربزده چیزهایی بنویسند ولی سراغ نداریم که کسی از فقهای ما احتمال این کار را داده باشد." این در حالی است که موضوع "شورای رهبری" در هفت اصل و یک عنوان قانون اساسی در کنار عنوان "رهبر"، آمده بود و در بازنگری سال 68 نیز کاملا حذف نشده است. با وجود مبنا و اصولی که در نگاه ایشان این گونه با اسلام و فقه اسلامی و حتی تاریخ ادیان توحیدی مخالفت دارد و کسی از فقهاء احتمال درستی آن را نیز نداده است، ایشان چگونه این امر را نادیده گرفته و به قانون اساسی رای مثبت داده‌اند؟ (پیداست اینک شورای رهبری موضوع بحث نیست و نیازی به بحث ندارد و ذکر آن برای بیان منشأ پرسش است.)
پرسش سوم:
آیت‌الله مصباح که کم و بیش شاهد بودیم برای پیروزی یک نامزد آن گونه وارد میدان شدند و برخی نشریات مربوطه و نیز برخی شاگردان از تقدیم طلاهای یکی از نزدیکان ایشان به ستاد انتخاباتی آن نامزد خبر دادند ، چرا حتی یک روز خودشان و فرزندانشان در جبهه حضور نیافتند و در حد یک سخنرانی نیز برای تقویت روحیه رزمندگانی که در جبهه حضور داشتند شرکت نجستند؟ آیا در طول نزدیک به سه هزار روز جنگ حتی توفیق یک یا چند روز حضور تبلیغی یا حتی حضور "نمادین" نیز نمی‌شد حاصل گردد؟
پرسش چهارم:
آیت‌الله مصباح در این سال‌ها سخت بر مطلق بودن اختیارات ولی فقیه و ما فوق قانون بودن وی تاکید کرده و مشروعیت قوانین را نیز برخواسته از تایید ولی فقیه شمرده‌اند و به مخالفان آن تاخته‌اند. این در حالی است که ایشان در مباحث خود در زمان حضرت امام خمینی، در سال‌های 65-66 که در قالب کتاب نیز منتشر شده از جمله در استدلال بر لزوم "نظارت دقیق" بر "اعمال رهبری" و حتی تشکیل "دادگاه خبرگان" برای رسیدگی به کارهایی که به تعبیر ایشان به "زعم فقهای مجلس خبرگان صحیح و مطابق موازین شرعی و معیارهای عقلی نبود" و عزل وی در صورت اثبات عدم شایستگی، می¬نویسند: "زیرا در اسلام، غیر از معصومین علیهم‌السلام هیچ کس فوق قانون نیست، بلکه همه باید تابع قانون باشند". و نیز افزوده¬اند: "چنین نیست که رهبر جامعه اسلامی قدرت مطلق و بی¬چون و چرا داشته باشد و کسی نتواند وی را مورد پرسش و بازخواست قرار دهد". (حقوق و سیاست در قرآن، ص 262-263) خاستگاه تحول و مبنای تبدل نظر ایشان از آن دیدگاه به نگاه کنونی چیست؟ آیا به دلیل شرعی تازه برخورده‌اند یا برداشت تازه‌ای از دلیل قبل پیدا کرده‌اند؟
پرسش پنجم:
چگونه از سوی برخی حامیان دولت فعلی از جمله جناب ایشان، به نفع یک شخص(احمدی نژاد)، آن همه کرامات غیبی و فضائل معنوی به عنوان پشتوانه مطرح می‌شود، آن وقت در فاصله‌ای اندک این گونه مایه اعلام برائت آشکار و پنهان حامیان دیروز می‌شود؟ چگونه می‌شود آیت‌الله مصباح خبر دهند: وجود مقدس ولی عصر(عج) مشغول دعا برای این فرد بوده است. و نیز تاکید کنند: آیندگان به این نتیجه خواهند رسید که انتخاب وی مشحون کرامات و معجزات بوده است. و آن را نفخه الهی در این زمان و ناشی از یاری عنایات امام زمان(عج) بشمارند، اما اینک این گونه مبغوض گردد؟
