چند وقتی است که نمایندگان مجلس شورای اسلامی، موضوع تحقیق و تفحص از سازمان اوقاف و امور خیریه را در مجلس مطرح کرده‌اند؛ واگذاری زمین‌های اوقافی، مشارکت در زمین‌خواری، از جمله اشکالاتی است که به این سازمان وارد است.
اما معاون سازمان اوقاف کشور در واکنش به این ادعا گفت: اینکه برخی موقوفه‌خواری را مطرح می‌کنند، الفاظ و واژگان را بلد نیستند؛ یعنی مشکل این است که برخی سواد وقف و انفال و مدیریت اوقاف با نگاه شرعی را ندارند، باید بروند یاد بگیرند و بعد سخن بگویند.
شرفخانی با اشاره به برخی رخدادهای گذشته، خاطرنشان کرد: امروز با موقوفه‌خواری مقابله می‌شود، حال آنکه باعث ناراحتی عده‌ای می‌شود. تعجب ما از گفته کسانی است که باید در مسائل شرعی و قانونی آگاهی بیشتری داشته باشند.
غلامعلی جعفرزاده ایمن‌آبادی گفت: من از طرف کمیسیون اصل نود، مسئول بازرسی از سازمان اوقاف بودم؛ اما مجموعه مدیران ارشد اوقاف، به جای پاسخگویی، راه بی‌ادبی پیش گرفته‌اند و به نمایندگان توهین می‌کنند. من از این افراد به ویژه رئیس این سازمان درخواست مناظره می‌کنم.
این نماینده گفت: بیایید با ما مناظره کنید تا مشخص شود چه کسی بی‌سواد است. اینها هر کار خواسته‌اند در این ۳۴ سال در کشور انجام داده‌اند و چون کسی جلویشان نایستاده، گمان می‌کنند، کسی چیزی نمی‌داند یا همه بی‌سوادند؛ اما وقتی امروز می‌بینند با این رفتار‌ها تقابل شده است، مجبور به فرا‌فکنی می‌شوند.
این نماینده همچنین افزود: من چند مورد از آن‌ها را اعلام می‌کنم تا عمق فاجعه در این سازمان مشخص شود. تخلفات در این سازمان از واگذاری برخی معادن موقوفه بدون مزایده به شرکت‌های پیمانکاری، تا پرداخت برخی حق نظارت رئیس سازمان وقت تا آینده دور به چشم می‌خورد، که معلوم نیست این بذل و بخشش‌ها از کجا بوده است!
وی افزود: در لواسانات، موقوفاتی را بدون تشریفات مزایده و با برخی اختیارات خاص به برخی بستگان خود واگذار کرده‌اند؛ البته ما نام این افراد را داریم و می‌دانیم چگونه عمل شده است. برخی از موقوفات نیز خارج از نیات واقف عمل شده و ما هر چه تلاش کردیم، پاسخ مرجعی برای اجرای حجت شرعی پیدا نکردیم.
مطالبات معوق موقوفاتی از ۵۱ نهاد دولتی از سراسر کشور دارند که هیچ گونه کار مؤثری برای این مطالبات انجام نداده‌اند و البته رقم و ریال آن موجود است. برخی اراضی تصرفات موقوفه در دستگاه‌های اجرایی دارند که هنوز کار‌شناسی نشده است.
وی گفت: موقوفات متفرقه در تصرف اشخاص غیر‌دولتی در هشت استان وجود دارد که کاری نکرده‌اند و عدد سنگینی است و باید صرف نیت واقف می‌شد، که بر خلاف موازین شرعی در جاهای دیگر هزینه شده است.
جعفرزاده گفت: ۷۴ سند در سراسر کشور دارای سند مردودی بوده که هزینه‌ها بر خلاف نیت وقف کننده انجام گرفته و تعدیه آن بر ذمه متولی است. از سرجمع دریافتی موقوفات برای اجرای پروژه‌های عمرانی، غیر قانونی برداشت شده و نه تنها مستند نشده است، بلکه هر سال نیز این بودجه اضافه می‌شود که مغایر با قانون ماده ۶ سازمان اوقاف است.
اما برداشت‌های غیر قانونی از عواید موقوفات است که به نام برنامه‌های مدیریتی انجام می‌شود. همچنین برداشتی از محل موقوفات برای خرید و ساخت ساختمان مرکزی سازمان اوقاف شده و حتی برخی پرداخت‌های غیر قانونی به برخی روزنامه‌ها داشته‌اند که گاه منتسب به خودشان بوده است.
وی همچنین افزود: برای یک روزنامه، خاص از محل سرجمع موقوفات ساختمان خریداری کرده‌اند. در جایی نیز که نیت واقف روضه‌خوانی در محل سکونت وقف کننده بوده، از محل این وقف برای روزنامه دیگری ساختمان خرید‌ه‌اند.
جعفرزاده در پایان گفت: برای تک تک گفته‌های اینجا سند و مدرک وجود دارد. این مطالبی هم که در اینجا گفته شد، نمونه‌ای از هزاران است؛ بنابراین، با توجه به توهین‌های انجام شده، ما تقاضا داریم با من بی‌سواد مناظره کنند تا مردم قضاوت کنند.
رحمت بر پدر و مادر این نماینده ایشان درد دل 34 ساله مردم واقشار ضعیف را مطرح کردند البته اگر شما این مطلب را منتشر کنید و به گوش ایشان برسد اگر ایشان مدارک خواستند حاضر به ارائه و مدارک مستدل نیز هستم 
اگر بحث فروش قبور امامزادگان وقیمت ونحوه فروش ومصارف این مبالغ دریافتی را هم مورد توجه قرار دهند پرونده این سازمان بسیار سنگینتر از آنی خواهد شد که تصور میکنیم.زمینهایی که وقف قبور مومنین شده را بر خلاف نیت واقف به قیمت گزاف به مردم می فروشند وجالب اینکه هیچ مرجعی برای سوال از اینها نیز تاکنون وجود نداشته است.