غيرقابل پيش‌بيني و ناگهاني بودن، قدرت كشتار و تخريب بالا و فشار رواني ناشي از بيوتروريسم موجب شده تا مقابله با آن از اولويت‌هاي اصلي جوامع و كشورهاي خواهان صلح و امنيت از جمله کشورهای خاورمیانه محسوب شود.تئوری های «ارزیابی تهدید بیوتروریستی» و «فرصت» دو نوع تئوری ارائه شده برای مقابله با بیوتروریسم است.
ترس از قرار گرفتن در معرض انواع بيماري‌ها دغدغه هميشه انسان در طول تاريخ بوده است. در اين ميان انسانهاي سلطه‌طلب هميشه درصدد بهره‌برداري از عوامل مختلف براي تسلط و ضربه زدن به ديگران بوده‌اند. اينگونه افراد با علم بر وحشت عمومي از بيماري‌ها و قدرت عوامل بيماري‌زا در فلج كردن جوامع همواره درصدد بر‌آمده‌اند تا نهايت استفاده را از اين عوامل جهت نيل به اهداف خود ببرند. با پيشرفت‌هاي حاصله در علوم ژنتيك و پزشكي اين نگراني و وحشت عمومي از بيماري‌ها تا حدودي برطرف شده است، اما همين پيشرفت‌ها موجب برخي سوء استفاده‌ها نيز گرديده است.
تغيير و تحولات گسترده در نوع و ساختار جنگ‌ها موجب گرديده لغات جديدي وارد ادبيات نظامي جهان شود كه بيوتروريسم به عنوان شكل جديدي از تروريسم از جمله آنهاست. سوء استفاده از عوامل میکروبی زنده یا فرآورده‌های آنها یا به عبارت جامع‌تر، استفاده از عوامل بیولوژیک، به منظور ارعاب یا هلاکت انسانها و نابودی دام‌ها و گیاهان جنگ نهاني است كه «بيوتروريسم» ناميده مي‌شود. وسایلی که به منظور انتشار عمدی ارگانیسم‌های مولد بیماری یا فرآورده‌های آنها توسط غذا، آب، حشرات ناقل یا به صورت افشانه (آئروسل)، به کار برده می‌شود، جنگ افزار بیولوژیک مي‌باشد.
واژه بيوتروريسم و جنگ‌هاي تروريستي پس از حادثه 11 سپتامبر رنگ و بوي تازه‌اي به خود گرفت بطوري كه بودجه سالانه امريكا براي مبارزه با اينگونه اعمال جنايتكارانه به يكباره دهها برابر شد. تبليغات گسترده‌اي كه در اين زمينه صورت گرفت موجب وحشت روز افزون مردم از اين پديده و به خطر افتادن سلامت رواني جوامع شده است.
در طول تاریخ به خصوص در چند دهه اخیر موارد متعددی از این سلاحهای کشتار جمعی مرگبار استفاده شده است، مانند کاربرد آن توسط ایتالیا در لیبی و اریتره، فرانسه در مغرب و تونس، ژاپن در منچوری چین، مصر در یمن، آمریکا در ویتنام و هند و چین، شوروی سابق در افغانستان و گسترده‌ترین جنگ شیمیایی علیه ایرانتوسط رژیم صدام و موارد دیگر. آخرین موارد گزارش شده نیز مربوط به استفاده نیروهای داعش از سلاحهای حاوی گاز شیمیایی در استان الانبار عراق در اواخر سال 2014، و در کوبانی در 22 اکتبر 2014 و همچنین نیروهای مخالف دولت سوریه از سلاح های شیمیایی در منطقه خان العسل در استان حلب در 19 مارس 2013 است.
سلاح‌هاي بيولوژيكي داراي ويژگي‌هاي منحصر به فردي هستند كه استفاده از اين عوامل را براي برخي افراد سهل و جذاب كرده است. بازده بالا در كشتار، مقرون به صرفه بودن و طبيعت زنده عوامل بيولوژيكي كه باعث مي‌شود به راحتي در فضا پراكنده و خودبخود تكثير و وسعت منطقه آلوده را گسترش دهند از جمله اين ويژگي‌ها مي‌باشد. اما با وجود اين، موانع و محدوديت‌هايي كه استفاده از اين عوامل دارند مانع از استفاده گسترده و روزافزون اين عوامل توسط دولتها و گروههاي مختلف شده است. استفاده از اين سلاحها به دليل غير قابل پيش‌بيني بودن اثرات ناشي از كاربرد آنها و طول عمر عوامل بيولوژيكي ممكن است در اندك زماني به يك بحران بيولوژيك تبديل گردد. از طرفي ننگ و بد نامي ناشي از كاربرد اين سلاحها موجب فشار بسيار زياد افكار عمومي بر استفاده كنندگان آنها شده و اين افراد پايگاه مردمي خود را از دست مي‌دهند.
در مقابله با بيوتروريست دو نوع تئوری ارائه شده است.نخست، ارزیابی تهدید بیوتروریستی؛ناديده گرفتن و سهل انگاشتن تاثیر علل و عوامل مختلف در ایجاد و شکل‌گیری یک حمله بیوتروریستی مي‌تواند منجر به تصمیم‌های غیر اصولی و ناکارآمد و در بسیاری از موارد جبران ناپذیر سیاست گذاران گردد. در واقع بیشترین آسیب‌ها از ناحیه حملات بیوتروریستی زمانی حاصل می‌شود که ارزیابی تهدید ناکافی باشد.
در ارزیابی عوامل تاثیرگذار در یک حمله بیوتروریستی بايد علاوه بر برآورد خطرات بالقوه عوامل بیولوژیکی و یا احتمال وجود حملات بیوتروریستی يك سري فاكتورهاي ديگري را نيز در نظر گرفت. از اينرو نمی‌توان گفت عدم تمایل یک تروریست در استفاده از یک عامل خطرناک بیولوژیکی ریسک حمله تروریستی از جانب آن را کاهش می‌دهد و در نقطه مقابل آن حتی خطرناک‌ترین تروریست‌ها نيز برای رسیدن به اهداف تروریستی خود نیازمند در اختيار داشتن عوامل بیولوژیکی برای ایجاد خسارت و وحشت می‌باشند.
در مقابله با مقاصد بيوتروریستی بايد علاوه بر ارزیابی‌هاي عملی-عینی-از جمله؛ تعيين ارزش دارائی‌ها، آسیب‌پذیری هدف مورد نظر و یا خطر بالقوه یک عامل خاص، جنبه‌هاي رواني-ذهنی قضيه را نيز در نظر گرفت. دانستن این نکته ظریف می‌تواند سیاست‌های جداگانه‌ای را رقم بزند که بدون در نظر گرفتن آن مقابله با مقاصد تروریستی قابل حصول نمی‌باشد. به عنوان مثال، از بین بردن کامل آسیب پذیری توده مردم نسبت به یک عامل خاص غیر‌ممکن می‌باشد، اما منحرف کردن افکار تروریست‌ها از آسیب‌پذیر بودن مردم یک منطقه باعث می‌شود که احتمال وقوع حمله تروریستی كاهش يابد. اکثر مباحثی که بر حول محور بیوتروریسم صورت می‌گیرد، بیشتر بر خطر بالقوه آن تاکید دارد و کمتر به جنبه‌های کیفی موضوع نظیر انگیزه تروریست‌ها در استفاده از چنین سلاحهای مرگبار و یا آسیب پذیری جوامع مختلف نسبت به بیوتروریسم توجه می‌شود.
دوم، تئوری فرصت؛یکی از تئوری‌های جدید در مورد بیوتروریسم، "تئوری فرصت" می‌باشد. به این ترتیب که از نظر عقلانی، یک حمله بیوتروریستی زمانی اتفاق می‌افتد که فرد با انگیزه حمله بیوتروریستی در آنالیز «هزینه- منفعت» وارد شده و منافع آنرا بيش از هزينه‌هاي آن در يابد. این آنالیز با چهار فاکتور کلیدی شناخته می‌شود؛ «تلاش‌ها و هزينه‌هاي لازم براي تدارك يك حمله بیوتروریستی»، «خطرات انجام عمليات، برای تروریست قبل از حمله»، «منافع حاصل از انجام عملیات بیوتروریستی»، «انگيزه‌ها و یا دلایل تمايل به انجام چنين كاري».
این تئوری بیان می‌کند اگر منافع بیوتروریست‌ها بيش از هزینه‌های متحمله توسط آنها باشد، احتمال ارتکاب جنایت از طرف اشخاص مهاجم بالا خواهد رفت. علاوه براین با تغییر در مولفه‌های هزینه - منفعت می‌توان احتمال وقوع جرم را پایين آورد. همچنين با حذف بهانه‌های گروههاي مخالف جهت انجام فعالیت‌های بیوتروریستی مي‌توان از انجام اينگونه جرائم تاحدود بسيار زيادي جلوگیری كرد.
هرگونه اقدامی که در ممانعت از تکثیر عوامل بیولوژیکی صورت بگیرد، دستيابي به عوامل بيولوژيكي را سخت‌تر كرده و فرصت‌های بيشتري را جهت مقابله با بكارگيري این عوامل مهیا می‌سازد. از این روبا افزايش هزينه‌هاي انجام اينگونه عمليات‌ها و با توجه به آنالیز هزینه منفعت، انگیزه‌هاي استفاده از سلاحهای بیولوژیکی كاهش مي‌يابد.
بحث جنگ‌هاي بيولوژيك امري حساس و قابل پيشگيري توسط سياستمداران استراتژيست‌‌هاي نظامي، دانشمندان و حقوقدانان مي‌باشد. انجام اقدامات قبل از حمله بيولوژيك به منزله ايجاد سدي محكم در برابر تهديدات كم احتمال، اما با عواقب گسترده، موثرترين راه مقابله با اين حملات مي‌باشد. بحث حملات بيوتروريستي مقطعي نبوده و آمادگي لازم براي مقابله با حملات بيوتروريستي بايد هميشگي و دائمي باشد. در حقیقت مهمترین مساله در مقابله با بحران‌ها مديريت سريع و كارآمد مي‌باشد. هدايت صحيح و اصولي نهادهاي مسئول منجر به كاهش ابعاد فاجعه مي‌گردد. در حاليكه نداشتن راهكارهاي مناسب و عدم اجراي صحيح و بموقع سازوكارهاي موجود نتايج عكس داشته و در برخي موارد حتي باعث خارج شدن اوضاع از كنترل مي‌شود.
تمامي كشورها در برابرحملات تروريستي بيولوژيكي (بيوتروريست) بسيار آسيب‌پذير هستند و نبايد از اين حملات غافل بود. بنا به شواهد موجود، تهديد حملات بيولوژيكي در حال جدي شدن است و گروهك‌هاي نوظهوري كه تعهدات اخلاقي كمتري دارند در حال گسترش مي‌باشند. از این رو تمركز بر شيوه‌هاي مقابله با تهاجم تروريستي و پنهاني بيولوژيكي اقدامي لازم و بجا است. البته در پايان اين نكته را نيز بايد خاطر نشان كرد كه همانگونه كه ناديده گرفتن و بي اعتنايي به تهديدهاي بيوتروريستي بسيار خطرناك است، بزرگ‌نمايي بيش از حد در اين مورد نيز نادرست بوده و بايد با اين مساله بطور منطقي برخورد كرد.
