۱. فرقه کاتولیک
کاتولیکها اکثریّت مسیحیان را تشکیل مىدهند، نامشان از واژه «کاتولیک» که به معنى کلیسا، کنیسه، هیأت گردانندگان کلیسا است مشتق شده و از کلیساى روم و پاپ پیروى مىکنند. کاتولیکها تعلیمات مذهبى را فقط از پاپ و دستگاه کلیسا فرا مىگیرند و غیر آنها را صالح براى این موضوع نمىدانند. کاتولیکها به بهشت فروشى و مغفرت نامه و بخشش گناه به وسیله کشیشان و شفاعت مقدّسین عقیده دارند. آنها روح القدس را در عین حال از پدر و پسر مىدانند و معتقد به رهبانیّت شدید و تجرّد اجبارى کشیشان و ازدواج نکردن آنها در تمام عمر هستند.
۲. فرقه اُرتودکس
قرن ها بود که جامعه مسیحیّت تحت رهبرى کلیساى روم و پاپ ها قرار داشتند؛ ولى رفته رفته از سوى روحانیان مسیحى روم شرقى (ترکیه فعلى و شبه جزیره بالکان) مخالفتهایى شروع شد و کشمکشهایى بر سر پارهاى از مسائل مذهبى میان آنها و کلیساى روم درگرفت. البتّه تضادهاى سیاسى میان روم شرقى و غربى تأثیر فراوانى در دامن زدن به این اختلافات داشت؛ در واقع روم شرقى براى تکمیل استقلال سیاسى خود به دنبال استقلال مذهبى مىگشت.
محافل کلیسایى شرقى با تجرّد اجبارى و ازدواج نکردن کشیشان مخالف و معتقد بودند که روح القدس ناشى از «پدر» است. مصونیّت پاپها را از خطا و اشتباه، که مورد قبول کلیساى روم و محافل وابسته به آن بود، مردود مىدانستند و همچنین اعتقاد داشتند که برگزارى مراسم مذهبى به زبانهاى معمول محلّى مجاز است. شفاعت و میانجیگرى مقدّسین را قبول نداشتند و معتقد بودند نجات مردم در گرو اعمالشان است.
تفکیک و جدایى کامل کلیساى روم شرقى از غربى هنگامى پىریزى شد که پاپ لئوى چهارم، کشیش قسطنطنیه، پایتخت روم شرقى (استانبول کنونى) را که «میشل سرو لادیس» نام داشت تکفیر کرد و کاردینالها فرمان تکفیر وى را روى محراب «سن سوفى» در انظار مردم قرار دادند. سرانجام در قرن یازدهم میلادى این دو کلیسا کاملاً از هم تفکیک شدند و فرقه ارتودکس به صورتى مستقل درآمد که براى خود تشکیلات روحانى جداگانهاى داشتند.
۳. فرقه پُروتِستان
در قرون وسطى کلیسا ظلم و اجحاف عجیبى داشت و بر اثر قدرت مطلقه پاپ ها و جهل و نادانى اولیاى کلیسا، به وضعیّتى افتضاح آمیز کشیده شده بود. بسیارى از مردم از این اوضاع به ستوه آمده بودند؛ امّا جرأت قیام بر ضدّ دستگاه پرقدرت پاپ و خرافات آنها را نداشتند.
در گوشه و کنار زمزمههایى شنیده مىشد؛ امّا این نغمههاىِ مخالف، انسجام نداشت. تندروى هاى کلیسا، سوءِ استفاده از قدرت، سرکوب هر نوع جنبش علمى و اصلاحى و حمایت و دفاع از خرافات، بذر یک رفورم و انقلاب مذهبى را در افکار روشنفکران مسیحى پاشیده بود، تا اینکه در اواخر قرن پانزدهم میلادى، کشیش نسبتاً دانشمندى به نام «آراسموس» نوشتههایى در زمینه لزوم اصلاح کلیسا و نجات مسیحیّت انتشار داد و افکار را آماده تر کرد.
سرانجام مارتین لوتر که او نیز از کشیشان بود، در اوایل قرن شانزدهم به مخالفت با دستگاه پاپ قیام کرد و نخست از مخالفت شدید با رسم «گناه بخشى» کلیسا و «مغفرت نامه» آغاز کرد و براى اوّل بار ۹۵ مادّه اصلاحى خود را بر درِ کلیساى «وتینبرگ» نصب کرد.
کلیساى رُم نخست او را احضار نمود، او نرفت و به مخالفت خود ادامه داد تا اینکه از طرف پاپ لئوى دهم رسماً تکفیر شد. لوتر تکفیرنامه پاپ را در حضور جمعیّت آتش زد و چندى بعد براى نخستین بار به ترجمه اناجیل (عهد جدید) پرداخت که مورد مخالفت شدید پاپ بود.
بسیارى از روشنفکران دور او را گرفته و رسماً از او حمایت کردند تا آنجا که پاپ بر اثر نفوذ عمیق وى در قشرهاى وسیعى با آن همه قدرت، توانایى کوبیدن او را پیدا نکرد و به این ترتیب، افکار مخالف دستگاه پاپها تشکّل یافت و به صورت مذهب پروتستان آشکار گردید و «لوتر» به عنوان رفورمیست بزرگ مذهبى معرّفى شد.
پروتستانها اعتراضات فراوانى بر دستگاه پاپها و عقاید و افکار آنها دارند. پروتستانها دستگاه پاپ را به رسمیّت نمىشناسند و مراجعه به مکتب مذهبى را براى همه آزاد مىدانند. آنها با موضوع گناه بخشى و بهشت فروشى شدیداً مخالف هستند و رهبانیّت را غلط مى دانند و اصولاً مسائلى مانند «تثلیث» را غیر قابل طرح دانسته و درباره آن سکوت اختیار مىکنند. آنها ازدواج را براى همه، حتّى کشیشان، مجاز مى دانند و خود «لوتر» نیز ازدواج کرد.