آیت‌الله هاشمی رفسنجانی با بیان این‌که «نباید تریبون‌های جمهوری اسلامی به دست افراطیون باشد»، به گلایه آیت الله سیستانی در همین ارتباط اشاره کرد و گفت: ایشان به من گفتند شما در آنجا کارهایی می‌کنید که تاوان آن را مقلدین ما در کشورهای عربی می‌دهند.
به گزارش ایسنا در گزیده مصاحبه آیت‌الله هاشمی رفسنجانی با جمهوری اسلامی در سال 92 آمده است:
«اگر دست افراطیون را از تریبون‌های‌مان کوتاه کنیم و حکومت خودش را از این مسایل جدا کند مابا کسی دعوا نداریم. مگر شیعه‌هراسی از کجا شروع شد؟ مگر شیعه‌هراسی از کجا شروع شد و شدت گرفت؟ چرا در این هفت،هشت سال اخیر-دوران احمدی نژاد- اینقدر شدت گرفت؟ چرا تابه حال شیعیان چنین مشکلاتی را نداشتند.
آیت‌الله سیستانی به من گفتند شما در آنجا کارهایی می‌کنید که تاوان آن را مقلدین ما در کشورهای عربی می‌دهند و شیعیان ما تحت فشارند. بله ما هم افراطی شیعه داریم و هم افراطی سنی. کشورهای اهل سنت افراطی‌های خود را مهار کنند و ما هم افراطی‌ها را مهار می‌کنیم.
آقا هم همین حرف را زدند. ایشان در جمع ما خبرگان گفتند افراطی‌های شیعه وسنی مقصر این اختلافات‌اند.این کارهایی که این جور می‌کنند به نام ولایت و حرف‌های عجیب‌و غریبی که می‌زنند عید‌الزهرا و امثال اینها خوب معلوم است که اهانت است.
خدا در قرآن به مسلمانان گفته: شما به بت‌ها بد نگوئید چون اگر بگوئید نتیجه آن می‌شود که آنها به خدا بد می‌گویند و آن وقت گمراه‌تر می‌شوند. ما اصل‌مان روشن است مبانی‌مان روشن است مشکلات عمده کشور زیر سر افراطی‌های شیعه و سنی است، طالبان والقاعده نمونه‌های بیرون هستند و ما هم از اینجا چیزهایی داریم.»
