«سید ابوالحسن بنی‌صدر» نخستین رئیس‌جمهور ایران بود که دوران ریاست‌جمهوری‌اش با حوادثی چون آغاز جنگ تحمیلی، انقلاب فرهنگی و گروگان‌گیری در سفارت آمریکا همزمان بود. بنی‌صدر از همراهان امام در پاریس بود و همزمان با ورود امام به ایران، به کشور بازگشت و در نخستین انتخابات ریاست‌جمهوری کشور، اکثریت آرا را به دست آورد و رئیس‌جمهور شد؛ اما در ادامه، برخی اظهارات بنی‌صدر، تلاشش برای متمرکزکردن قدرت در دست خود و همچنین اختلافاتش با مجلس وقت، در کنار برخی اختلاف نظرها در نحوه اداره جنگ، سبب برکناری و رای مجلس به عدم کفایت سیاسی وی شد. بعد از برکناری، اتهاماتی چون جاسوسی هم از سوی برخی متوجه بنی‌صدر شد.
به گزارش ایسنا او بعد از رأی مجلس به عدم کفایت سیاسی در مقام رییس‌جمهوری و صدور حکم عزل از سوی امام، مدتی پنهان شد و سپس با همراهی مسعود رجوی - سرکرده منافقین که آن زمان به عنوان رهبر سازمان مجاهدین خلق ایران شناخته می‌شد - به فرانسه گریخت.
بنی‌صدر در نخستین انتخابات ریاست جمهوری ایران با سیداحمد مدنی، حسن حبیبی، داریوش فروهر، صادق طباطبایی، کاظم سامی و صادق قطب‌زاده رقابت کرد و با کسب حدود 11 میلیون رأی به عنوان اکثریت آرا، رئیس‌جمهور شد.
او یک ماه بعد از پیروزی در انتخابات ریاست جمهوری، با حکم امام خمینی(ره) رئیس شورای انقلاب اسلامی و فرمانده کل قوا شد.
بعد از پیش آمدن موارد اختلاف بین مجلس و بنی‌صدر و مواردی که از سوی مجلس، خروجِ رئیس‌جمهور از قانون تلقی می‌شد، هیأتی سه نفره شکل گرفت، در 12 فروردین 1360 آیت‌الله محمدرضا مهدوی کنی به عنوان نماینده امام، آیت‌الله شهاب‌الدین اشراقی به عنوان نماینده رئیس‌جمهور (بنی‌صدر) و آیت‌الله محمد یزدی نیز به عنوان نماینده رؤسای دولت، مجلس و قوه قضائیه انتخاب شدند.
در این جلسات تصمیم بر این شد که هیأت سه‌نفره، طی نامه‌ای خطاب به بنی‌صدر، از وی برای پاره‌ای از موارد توضیح بخواهد. همچنین در این جلسات درباره تخلفات روزنامه‌های «میزان»، «انقلاب اسلامی» و «جبهه ملی» که جزو حامیان بنی‌صدر بودند، نیز بحث شد و این روزنامه‌ها در نهایت لغو مجوز شدند.
بعد از این، سخنرانی‌ها و مصاحبه‌های مطبوعاتی بنی‌صدر سبب شد که اعضای هیأت سه‌نفره این موارد را تخلف از بیانیه 10 ماده‌ای امام و تخلف از قانون اساسی بدانند و زمینه برای استیضاح او فراهم شود.
بنی‌صدر طی نامه‌ای به آیت‌الله اشراقی، به نظر و اظهارات سخنگوی هیأت حل اختلاف اعتراض کرد و آن را خلاف حقیقت دانست. بنی‌صدر نامه دیگری نیز به اشراقی نوشت و در مورد موارد ایراد هیأت سه‌نفره در مورد اختلافات رئیس‌جمهور با نخست‌وزیر در مورد سرپرستی وزارتخانه‌های بدون وزیر نیز مفصلاً توضیح داد.
27 خرداد، آیت‌الله شهاب‌الدین اشراقی از نمایندگی بنی‌صدر استعفا داد و سپس جلسه بحث درباه عدم کفایت بنی‌صدر در مجلس برگزار شد. مهدی بازرگان، ابراهیم یزدی، یدالله سحابی، احمد سلامتیان، علی گلزاده غفوری، اعظم طالقانی، حسین انصاری‌راد، احمد صدر حاج سیدجوادی، عزت‌الله سحابی، علی‌اکبر معین‌فر، احمد غضنفرپور، سیدمحمدمهدی جعفری، محمد مجتهد شبستری و هاشم صباغیان از جمله نمایندگانی بودند که در جلسه عدم کفایت بنی‌صدر حضور نیافتند. در نهایت مجلس در تاریخ 31 خرداد 1360 با اکثریت 177 نفر در مقابل 12 رأی ممتنع و یک رأی مخالف، رأی به عدم کفایت بنی‌صدر داد.
سپس حکم عزل بنی‌صدر به امضای امام رسید. بعد از آن تا مدتی خبری از بنی‌صدر نبود و او برای مدتی پنهان شد تا اینکه با کمک سازمان مجاهدین خلق از کشور خارج شد.
سایت «تاریخ ایرانی» درباره فرار رجوی و بنی‌صدر به فرانسه می‌نویسد: «چهارشنبه هفتم مرداد 1360 بنی‌صدر و رجوی با یک فروند هواپیمای بوئینگ 707 به خلبانی سرهنگ معزی، خلبان ویژه شاه، از ایران رفتند. معزی در دی‌ماه 1357 پس از آنکه شاه را به مصر و سپس به مراکش برد، در بازگشت از مراکش با تظاهر به جانبداری از انقلاب اسلامی، وارد کشور شد. اما در مرداد 1360 در عملیات خارج کردن بنی‌صدر و رجوی از کشور نقش محوری ایفا کرد. بنی‌صدر پس از فرود هواپیما در فرانسه به منطقه «کشن» واقع در سه کیلومتری جنوب پاریس وارد شد. معزی قبل از اینکه در فرانسه فرود آید با رادیو به مقام‌های فرانسوی اطلاع داده بود که حامل رئیس‌جمهور سابق است که خواستار پناهندگی سیاسی است.»
او درباره چگونگی فرار هم گفته: «صبح روز سه‌شنبه 6 مرداد 1360 یک نقشه پرواز آموزشی سوخت‌گیری شبانه را طراحی کردم و چهار تن دیگر از خدمه هواپیما را نیز در جریان گذاشتم. عصر روز موعود مطابق معمول به پایگاه هوایی رفتیم تا خود را برای یک پرواز عادی آماده کنیم. مخازن سوخت را پر و همه چیز را مرتب کردیم. ساعت 20:30 دقیقه بامداد موفق شدیم بنی‌صدر را به طور پنهانی وارد هواپیما کرده و آنجا پنهان کنیم و سرانجام ساعت 22:30 از باند فرودگاه برخاستیم و مأموریت خود را همانطور که طرح‌ریزی کرده بودیم، با موفقیت به انجام رساندیم.»
آن زمان روایت‌های بسیاری از چگونگی فرار بنی‌صدر منتشر شد، از جمله اینکه وی هنگام فرار از کشور، سوار بر اتومبیل وانت و ملبس به لباس زنانه بوده است. اما ابوالحسن بنی‌صدر این موضوع را رد می‌کند. بنی‌صدر در مورد خروجش از ایران با لباس زنانه، گفته است: «من با لباس نظامی از ایران خارج شدم.»
او درباره دلایل رد این موضوع هم گفته: «ممکن نبود بشود با لباس زنانه وارد پایگاه هوایی تهران شد. ضمن اینکه ما چهار نفر در خودرو بودیم و اگر همه لباس زنانه داشتند، خیلی جلب توجه می‌کرد، حتی اگر یکی از آن‌ها هم لباس زنانه می‌داشت جلب توجه می‌کرد. کسی که دم در ایستاده بود حساس می‌شد تا بفهمد او کیست. همچنین، ورود به آن پایگاه با کارت مخصوص ممکن بود، یعنی اگر با لباس نظامی هم می‌خواستید وارد بشوید، اگر کارت نداشتید، شما را راه نمی‌دادند. یکی از افراد فداکار آن پایگاه کارتش را در اختیار من قرار داده بود. ساعت 10 شب آن هواپیما پرواز کرد، ما ساعت 8 وارد پایگاه شدیم و مدتی هم در محوطه فرودگاه چهار نفری و یکی دو نفر از افراد پایگاه که اطلاع داشتند، یک حلقه‌ای ایجاد شد و آنجا بودیم. تصور کنید اگر با لباس زنانه بودیم، جلب توجه می‌کرد.»
