مسجد قُبا نخستین مسجدی است که در اسلام به دست حضرت رسول(ص) تأسیس شد. از این مسجد در آیات ۱۰۸ و ۱۰۹ سوره توبه یاد شده است.
مسجد قبا در روستایی به همین نام در ۶ کیلومتری مدینه قرار گرفته است که امروزه این مسجد و روستای مذکور جزو شهر مدینه به شمار میآید. علت نامگذاری مسجد به این نام را ساخته شدن مسجد در کنار روستای قبا ذکر کردهاند، که خود روستا هم به خاطر دارا بودن چاه معروفی به همین نام، قبا نامیده شده است.
پیامبر(ص) در سال اول هجری، پیش از ورود به مدینه به درخواست مردم ساکن در محله یا منطقه قبا، دستور ساخت این مسجد را صادر کرد. ورود آن حضرت به قبا را دوشنبه، دوازدهم یا چهاردهم ربیع الاول نوشته و آوردهاند که او در مدت اقامت یک هفتهای خود در قبا مسجدی را با همکاری مسلمانان بنا کرد.در برخی منابع آمده که ساخت این مسجد به پیشنهاد عمار یاسر بودهو برخی نوشتهاند که عمار در ساخت این مسجد نقش اول را داشته و بدین رو، او نخستین فرد در اسلام است که مسجد ساخته است.
دومین دگرگونی در مسجد قبا به دوران عمر بن عبدالعزیز مربوط میشود که تا سالیان متمادی به همان شکل باقی ماند.
در سال ۵۵۵ق، جمال الدین اصفهانی وزیر زنگیان موصل فرمان تجدید بنای آن را صادر کرد و بر اساس آن مسجد بازسازی شد.
همچنین در قرن هشتم و نهم هجری قمری، تعمیرات اساسی و تجدید بنای برخی قسمتها صورت گرفت. بعد از آن در زمان حکومت عثمانی و به ویژه در دوران سعودی گسترش یافته و به چندین برابر رسید.
در حال حاضر مسجد دارای چندین شبستان است که هر کدام گنبد مخصوص دارند.
براساس نظر بسیاری از مفسران مراد از مسجدی که در آیه ۱۰۸ توبه که آنجا را برای اقامه نماز، سزاوارتر میداند، همان مسجد قبا است:
لَا تَقُمْ فِیهِ أَبَدًا لَّمَسْجِدٌ أُسِّسَ عَلَی التَّقْوَیٰ مِنْ أَوَّلِ یوْمٍ أَحَقُّ أَن تَقُومَ فِیهِ فِیهِ رِجَالٌ یحِبُّونَ أَن یتَطَهَّرُوا وَاللَّهُ یحِبُّ الْمُطَّهِّرِینَ﴿۱۰۸﴾ (ترجمه: هرگز در آن جا نایست، چرا که مسجدی که از روز نخستین بر پایه تقوا بنا شده، سزاوارتر است که در آن [به نماز] ایستی. [و] در آن، مردانیاند که دوست دارند خود را پاک سازند، و خدا کسانی را که خواهان پاکیاند دوست میدارد.)[ توبه–۱۰۸]
آیه مذکور برای مسجد قبا دو ویژگی مهم بیان میکند، یکی سزاوارتر بودن اقامه نماز در این مسجد و دیگری وجود مردانی که دوستدار طهارت و پاکی هستند.