کلیات
امام خمینی (ره) در شامگاه ۱۳ خرداد ۱۳۶۸ شمسی در بیمارستان به علت ایست قلبی درگذشت. ایشات در هنگام مرگ ۸۷ سال داشت. خبر درگذشت نخستین رهبر جمهوری اسلامی ایران صبح ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ از رادیو اعلام شد و پس از یک مراسم وداع در مصلای تهران در ۱۶ خرداد در نزدیکی بهشت زهرا (قبرستان اصلی شهر تهران) به خاک سپرده شد.
بیماری و درمان
بعد از پیروزی انقلاب ایران در سال ۱۳۵۷ امام خمینی شهر قم را به عنوان محل زندگی انتخاب می‌کنند و در مدت اقامت در قم چند مورد عوارض قلبی را از سر می‌گذارند که شدیدترین آن‌ها در ۳ بهمن ۱۳۵۸ رخ می‌دهد و منجر به انتقال وی به تهران، بستری در بیمارستان قلب و تصمیم به اقامت دائمی در تهران می‌شود. بار دیگر در ۶ فروردین ۱۳۶۵ ایشان دچار ایست قلبی و تنفسی می‌شوند که با انتقال سریع به بیمارستان مجهزی که در نزدیکی جماران توسط سپاه پاسداران تأسیس شده بود از مرگ نجات می‌یابند.
علت اصلی درگذشت بنیانگذار جمهوری اسلامی ایست قلبی اعلام شد، ولی ایشان در اواخر عمر به سرطان معده مبتلا شده بودند.
این بیماری قبل‌تر و دوره تبعید وی در نجف نیز در او مشاهده شده بود، ولی پیشرفت بیماری در آن زمان کند شده بود. نوع سرطان وی بسیار تهاجمی با سرعت پیشرفت بالا بود به نحوی که در حدود دو هفته از اولین نشانه‌ها در ۲۸ اردیبهشت ۱۳۶۸ باقی اندام‌ها را نیز درگیر کرده بود. پس از تشخیص سرطان با نظر سران وقت سه قوه و احمد خمینی فرزند وی تصمیم به جراحی به جای شیمی درمانی گرفته شد و اقدامات درمانی تا لحظه مرگ او به علت سکته وسیع قلبی ادامه یافت.
درگذشت
امام خمینی در ساعت ۲۲ و ۲۰ دقیقه ۱۳ خرداد ۱۳۶۸ به ساعت رسمی ایران به علت سکته وسیع قلبی درگذشت. خبر فوت ایشان در ساعت ۷ صبح ۱۴ خرداد در اولین بخش خبری رادیو سراسری ایران به اعلام عمومی رسید. خبر درگذشت امام را محمدرضا حیاتی خواند، این بخش خبری و صدای محمدرضا حیاتی یکی از معروف‌ترین بخش‌های خبری در ایران است و بار‌ها شنیده شده‌است.
امام خمینی افرادی را با تعیین اولویت جهت خواندن وصیت‌نامه خود برای مردم مشخص کرده بود، این افراد به ترتیب عبارت بودند از احمد خمینی، رئیس جمهور، رئیس مجلس، رئیس دیوان عالی کشور و در نهایت یکی از فق‌های شورای نگهبان قانون اساسی که در روز ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ وصیت‌نامه ایشان توسط رهبر معظم انقلاب، رئیس جمهور وقت در مجلس خبرگان رهبری خوانده شد و بعد از چندین ساعت بحث، مجلس خبرگان سید علی خامنه‌ای را به عنوان دومین رهبر جمهوری اسلامی ایران برگزید.
تشییع و تدفین
پس از نماز ابتدا تصمیم گرفته شد برای تشییع جنازه کامیونی تابوت حامل پیکر را به بهشت زهرا که در ۲۰ کیلومتری مصلا بود منتقل کند و یک هلی کوپتر از آغاز مسیر تابوت را همراهی می‌کرد، در میانه راه به علت هجوم جمعیت زیادی که برای تشییع پیکر آمده بودند تابوت و کفن از هم پاشید. جمعیت هیجان زده از کنترل خارج شده بود، کامیون به سمت خاکی جاده منحرف شد و هلی کوپتر به زحمت به زمین نشست و جسد را برای تکفین مجدد به جماران منتقل کردند. سپس از طریق رسانه‌ها اعلام شد که خاکسپاری به روز بعد موکول شده تا از حجم جمعیت کاسته شود و در نهایت با حضور احمد خمینی و اکبر هاشمی رفسنجانی تدفین انجام شد و کانتینری جهت حفاظت بر روی قبر قرار گرفت، جمعیت شرکت‌کننده در این مراسم تا ۱۰ میلیون نفر برآورد می‌شود که بزرگترین تشییع جنازه دنیا لقب گرفته‌است، برخی منابع به کشته شدن یا صدمه دیدن عده‌ای در ازدحام این جمعیت هم اشاره کرده‌اند، ولی آمار رسمی در این زمینه وجود ندارد.
مراسم تشییع ایشان دارای رکورد گینس بزرگترین تشییع جنازه جهان است که بنا بر گزارش‌های رسمی در ایران ده میلیون و بنا به گزارش رسانه‌های غربی دو میلیون نفر در آن شرکت کردند.
برای برگزاری مراسمی جهت وداع، پیکر امام خمینی در روز ۱۵ خرداد ۱۳۶۸ به مصلای تهران منتقل شد، یخچال بزرگی با دیوارهای شیشه‌ای بر روی چند کانتینر به‌طوری قرار گرفت تا مردم بتوانند جسد پیچیده در کفن را که عمامه‌ای سیاه به نشانه انتساب به سادات بر روی سینه داشت را ببینند. نماز میت در ساعات اولیه روز ۱۶ خرداد توسط سید محمدرضا گلپایگانی خوانده شد.
آرامگاه
در ابتدا چند گزینه برای محل دفن در نظر گرفته شده بود، این گزینه‌ها عبارت بودند از جماران، مسجد جمکران، مصلای تهران، حرم حضرت فاطمه معصومه (س)، کوشک نصرت در قم و بهشت زهرای تهران که در نهایت تصمیم به دفن پیکر در زمینی خالی در نزدیکی بهشت زهرا گرفته شد تا امکان گسترش این مکان فراهم باشد. تا یک سال از درگذشت نخستین رهبر جمهوری اسلامی هیچ بنای خاصی جهت پذیرایی از مردمی که علاقه‌مند به حضور در این مکان بودند وجود نداشت و در سال‌های بعد بنایی بزرگ در محل دفن وی ساخته شده که توسعه آن تا امروز نیز ادامه دارد.
امروزه این مکان موقعیتی است برای اعلام وفاداری افراد مختلف به نظام جمهوری اسلامی و ایده‌های بنیانگذارش و از سیاسیون گرفته تا دانشجویان و از کارکنان دولت تا دانش‌آموزان با حضور در این مکان در اصطلاح ادبیات رسمی با آرمان‌های امام راحل تجدید میثاق می‌کنند.
سالگرد
چهاردهمین روز خرداد هر سال در تقویم رسمی جمهوری اسلامی ایران به عنوان رحلت حضرت امام خمینی (ره) و یک روز تعطیل رسمی است. در این روز به مدیریت و برنامه‌ریزی ستاد مرکزی بزرگداشت حضرت امام خمینی مراسمی در حرم ایشان برگزار می‌شود که شامل سخنرانی رهبر انقلاب و حسن خمینی به عنوان تولیت حرم است.