کلیات
سید علی حسینی خامنه‌ای (زاده ۱۳۱۸ش) دومین رهبر جمهوری اسلامی و از مراجع تقلید شیعه است. او پیش از انتخاب به سمت رهبری در سال ۱۳۶۸ شمسی، دو دوره رئیس جمهور و مدتی نیز نماینده مجلس شورای اسلامی بوده است. منصب امامت جمعه تهران از سوی امام خمینی نیز از مناصب شرعی اوست. پیش از پیروزی انقلاب اسلامی از روحانیون موثر مشهد به شمار می‌رفت.
اندیشه‌‌ها
اندیشه‌‌های آیت‌الله خامنه‌ای در قالب مجموعه‌ای مفصل به نام حدیث ولایت جمع‌آوری شده است. کتاب‌های متعددی نیز به صورت موضوعی از سخنان و پیام‌های مکتوب وی گردآوری و منتشر شده است. چندین اثر مکتوب شامل تالیف و ترجمه از وی منتشر شده که طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن مفصل‌ترین کتاب، و صلح امام حسن مشهورترین ترجمه اوست.
مخالفت صریح با قمه‌زنی و برخی شکل‌های عزاداری، و تحریم توهین به مقدسات اهل‌سنت از فتاوای معروف و مؤثر او در جهان اسلام به شمار می‌رود. اصطلاحات تهاجم فرهنگی، بیداری اسلامی و اقتصاد مقاومتی از مفاهیمی است که در پی سخنرانی‌ها و تاکید‌های ایشان وارد ادبیات سیاسی و اجتماعی ایران شده است.
آیت‌الله خامنه‌ای علاقمند به ادبیات است و با سبک‌های ادبی آشناست. او اشعاری نیز سروده و تخلص «امین» را برگزیده است. مطالعه کتب معتبر تاریخی بخشی از برنامه مطالعاتی دائمی وی است، به طوری که به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارد.
تولد و نسب
سید علی خامنه‌ای در ۲۹ فروردین ۱۳۱۸ش (۲۸ صفر ۱۳۵۸ق/ ۱۹ آوریل ۱۹۳۹م)، در خانواده‌ای روحانی در مشهد زاده شد.
پدر و مادر
پدرش سید جواد خامنه‌ای (درگذشته ۱۳۶۵ش) از مجتهدان عصر خود بود که در نجف متولد شد و در کودکی همراه خانواده‌اش به تبریز مهاجرت کرد و پس از آن در حدود سال ۱۳۳۶ق به مشهد رفت. او پس از مدتی به نجف رفت و بعد از تکمیل تحصیلات خود نزد علمای بزرگی همچون میرزا محمدحسین نائینی، سید ابوالحسن اصفهانی و آقا ضیاءالدین عراقی و پس از کسب اجازه اجتهاد به ایران بازگشت و در مشهد اقامت گزید. او ضمن تدریس دروس حوزوی، امامت مسجد صدیقی‌های بازار مشهد (مسجد آذربایجانی‌ها) را بر عهده گرفت. او همچنین از امامان جماعت مسجد جامع گوهرشاد بود.
خدیجه میردامادی (۱۲۹۳-۱۳۶۸ش)، مادر آیت‌الله خامنه‌ای، زنی زاهد، مقید به احکام شرعی، آشنا به آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات خوانده شده است.
اجداد
جد اعلای سید علی خامنه‌ای، سید محمد حسینی تفرشی است و نسب وی به سادات افطسی می‌رسد. شجره وی به سلطان العلماء احمد، معروف به سلطان سید احمد می‌رسد که با پنج واسطه از اخلاف امام سجاد(ع) است.
جدش سید حسین خامنه‌ای (حدود ۱۲۵۹-۱۳۲۵ق) از علمای مشروطه‌خواه و شاگرد عالمانی چون سید حسین کوه کمری، فاضل ایروانی، فاضل شربیانی، میرزا باقر شکی و میرزا محمدحسن شیرازی بود. او پس از بازگشت از نجف به تبریز، به تدریس در مدرسه طالبیه مشغول شد و امام جماعت مسجد جامع تبریز را بر عهده گرفت.
محمد خیابانی، روحانی مبارز و مجاهد عصر مشروطه، شاگرد و داماد سید حسین خامنه‌ای بود.
سید محمد خامنه‌ای (۱۲۹۳-۱۳۵۳ق) مشهور به پیغمبر، عموی آیت‌الله خامنه‌ای از شاگردان آخوند خراسانی و شریعت اصفهانی بود و از رجال طرفدار مشروطه به شمار می‌رفت.
سید هاشم نجف آبادی (میردامادی) (۱۳۰۳-۱۳۸۰ق)، جدّ مادری آیت‌الله خامنه‌ای از شاگردان آخوند خراسانی و میرزا محمدحسین نائینی، از مفسران قرآن و امام جماعت مسجد گوهرشاد بوده است. او در پی اعتراض به کشتار مردم در مسجد گوهرشاد در دوره رضاشاه، به سمنان تبعید شد. نسب آیت‌الله خامنه‌ای از طرف مادر به محمد دیباج فرزند امام صادق(ع) می‌رسد.
تحصیل
سیدعلی خامنه‌ای تحصیل را در چهار سالگی از مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن کریم آغاز کرد و همزمان با دوره دبستان، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان مشهد شروع کرد. همزمان با سالهای پایان دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز نمود. وی پس از اتمام دوره دبستان، تحصیل علوم دینی را در مدرسه سلیمان خان ادامه داد و دوره سطح را در مدرسه نواب گذراند. وی بخشی از مقدمات و سطح را نیز نزد پدر خود آموخت. همزمان با تحصیلات حوزوی، دبیرستان را نیز تا سال دوم متوسطه ادامه داد.
وی در سال ۱۳۳۴ش، در درس خارج فقه آیت‌الله سید محمدهادی میلانی حاضر شد و در سال ۱۳۳۶ش طی سفر کوتاهی همراه خانواده به نجف رفت و در دروس مدرسان بنام حوزه علمیه نجف شرکت کرد ولی به دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت و یک سال دیگر در درس آیت‌الله میلانی حاضر شد و در ۱۳۳۷ش عازم حوزه علمیه قم شد.
آیت‌الله خامنه‌ای در سال ۱۳۴۳ش به دلیل عارضه بینایی پدر و برای کمک به وی، از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیت‌الله میلانی حضور یافت که تا ۱۳۴۹ش ادامه داشت.
تدریس
سید علی خامنه‌ای از ابتدای حضور در مشهد، به تدریس سطوح عالی فقه و اصول (رسائل، مکاسب و کفایه) مشغول شد و برای عموم مردم نیز جلسات تفسیر برگزار کرد. از ۱۳۴۷ش تدریس درس تخصصی تفسیر را برای طلاب علوم دینی شروع کرد. این دروس و جلسات تفسیر تا سال ۱۳۵۶ش و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت. جلسات تفسیر در سالیانی از دوره ریاست جمهوری و پس از آن نیز ادامه داشت. پس از رسیدن به رهبری، از سال ۱۳۶۹ش تدریس خارج فقه را آغاز کرد و تاکنون به تدریس ابواب جهاد، قصاص، مکاسب محرمه و نماز مسافر پرداخته است. این درس همچنان ادامه دارد.
اساتید
سید علی خامنه‌ای در درس‌های مختلف، استادانی داشته است که برخی از آنها عبارتند از:
سید جلیل حسینی سیستانی، در معالم الاصول.
سید جواد خامنه‌ای، در شرح لمعه، رسائل، مکاسب و کفایه.
میرزا محمد مدرس یزدی، در شرح لمعه.
هاشم قزوینی، در رسائل، مکاسب و کفایه.
سید محمدهادی میلانی.
آقا حسین بروجردی.
امام خمینی
مرتضی حائری یزدی.
سید محمد محقق داماد.
علامه طباطبایی.
آثار علمی
آیت‌الله خامنه‌ای تحقیق و تألیف را از دوران طلبگی آغاز کرده بود و تقریرات دروس استادان خود را می‌نوشت.اندیشه‌‌های او در مجموعه‌ای به نام حدیث ولایت جمع‌آوری شده است. کتاب‌های متعددی نیز به صورت موضوعی از سخنان و پیام‌های مکتوب وی گردآوری و منتشر شده است. فلسطین از منظر آیت‌الله خامنه‌ای، کتابی است به زبان فارسی، نوشته سعید صلح‌میرزائی حاوی نظرات و سخنان آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران درباره فلسطین است. علاوه بر این چند اثر مکتوب شامل تألیف و ترجمه نیز از وی منتشر شده است.
تألیف
آثار تالیفی آیت‌الله سید علی خامنه‌ای عبارتند از:
چهار کتاب اصلی علم رجال
پیشوای صادق
از ژرفای نماز
گفتاری در باب صبر
روح توحید: نفی عبودیت غیر خدا
گزارشی از سابقه تاریخی و اوضاع کنونی حوزه علمیه مشهد
طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن: مجموعه سخنان آیت‌الله خامنه‌ای است که در رمضان سال ۱۳۵۳ش در مسجد امام حسن مجتبی(ع) مشهد ایراد شده است. در این کتاب، مهم‌ترین پایه‌های فکری اسلام بر مبنای آیات قرآن تبیین شده است.
غناء: این کتاب شامل ۷۶ جلسه درس خارج آیت‌الله خامنه‌ای درباره غِناء است که در سالهای ۱۳۷۸-۱۳۸۸ش ارائه شده است. کتاب مذکور نخستین اثر فقهی وی است که به وسیله «دفتر حفظ و نشر آثار حضرت ایت‌الله العظمی خامنه‌ای»، در سال ۱۳۹۸ش منتشر شده است. وی در این کتاب بین معنای لغوی(مطلق آوازخوانی) و معنای عرفی(آوازخوانی با کیفیت خاص) غناء تفکیک کرده است. از نظر او غنا بر دو گونه حلال و حرام است؛ غنائی حرام است که مشتمل بر باطل بوده و لهوی و گمراه‌کننده عن سبیل الله باشد. او همچنین هر آهنگی که انسان را به سمت بی مبالاتی به دین، به سمت گناه و بی اعتنایی به واجب و تکلیف شرعی بکشاند موسیقی حرام است.
انسان ۲۵۰ ساله، کتابی حاوی بخش‌هایی از سخنان پراکنده و برخی از نوشته‌های آیت‌الله خامنه‌ای درباره زندگی سیاسی امامان شیعه. این کتاب بر اساس نظریه انسان ۲۵۰ ساله تدوین شده است.
شعاعی از نیّر اعظم با عنوان فرعی «رهیافتی به منظومه فکری رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت آیت الله خامنه‌ای درباره حضرت محمد مصطفی صلی الله علیه و آله و سلم». این کتاب مجموعه‌ای از سخنان آیت‌الله خامنه‌ای درباره پیامبر اسلام(ص) است که در موقعیت‌های مختلف بیان کرده است. این کتاب را انتشارات سروش در سال ۱۳۸۵ش منتشر کرده است. سال ۱۳۸۵ش از سوی آیت‌الله خامنه‌ای به نام سال پیامبر اعظم نامیده شده بود.
آفتاب در مصاف، مجموعه سخنان آيت‌الله خامنه‌ای درباره امام حسین(ع) و حوادث قبل و بعد از قیام کربلا است. این سخنان از بین بیانات سالهای ۱۳۵۷ تا سال ۱۳۹۰ش او جمع‌آوری شده است. کتاب را انتشارات انقلاب اسلامی منتشر کرده است.
ترجمه
کتاب‌هایی که آیت‌الله خامنه‌ای ترجمه کرده، عبارتند از:
آینده در قلمرو اسلام، نوشته سید قطب.
صلح امام حسن(ع): پرشکوه‌ترین نرمش قهرمانانه تاریخ، نوشته شیخ راضی آل یاسین.
جلد اول تفسیر فی ظلال القرآن، نوشته سید قطب.
مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان، نوشته عبدالمنعم النمر.
ادعانامه علیه تمدن غرب، نوشته سید قطب.
فعالیت‌های سیاسی اجتماعی
نقطه آغازین ورود سید علی خامنه‌ای به فعالیت‌های سیاسی و مبارزه با نظام سلطنتی پهلوی، دیدار او با سید مجتبی نواب صفوی (میرلوحی) در مشهد بوده است. آیت‌الله خامنه‌ای در بهمن ۱۳۴۱ش و نیز در ۱۳۴۲ش، واسطه انتقال پیام‌های امام خمینی و آیت‌الله میلانی بوده است.
آیت‌الله خامنه‌ای در سال ۱۳۴۲ش، در سفری به بیرجند سخنرانی‌هایی علیه حکومت وقت انجام داد و به همین دلیل در ۱۲ خرداد سال ۱۳۴۲ش/۷ محرم ۱۳۸۳ق دستگیر و در مشهد زندانی شد. پس از آزادی، آیت‌الله محمدهادی میلانی با او دیدار کرد. او از جمله روحانیونی بود که در ۱۱ دی ۱۳۴۲ش، پیامی به سید محمود طالقانی، مهدی بازرگان و یدالله سحابی که به دلیل حمایت از امام خمینی زندانی شده بودند، فرستاد.
در همان زمان طلاب خراسانی حوزه علمیه قم با هدایت سید علی خامنه‌ای، در اعتراض به ادامه حصر امام خمینی، نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست وزیر وقت نوشته و منتشر کردند که از جمله آنها خود وی و ابوالقاسم خزعلی و محمد عبایی خراسانی بودند.
آیت‌الله خامنه‌ای در بهمن ۱۳۴۲ش، مقارن با رمضان۱۳۸۳ق برای تبلیغ و تبیین مسائل نهضت اسلامی راهی زاهدان شد. سخنرانی‌های او در مساجد زاهدان باعث دستگیری و انتقال به زندان قزل قلعه شد که در ۱۴ اسفند ۱۳۴۲ش از زندان آزاد شد.
در پاییز ۱۳۴۳ش از قم به مشهد بازگشت.
سید علی خامنه‌ای به همراه کسانی چون عبدالرحیم ربانی شیرازی، سید محمد بهشتی، علی فیض مشکینی، احمد آذری قمی، علی قدوسی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید محمد خامنه‌ای و محمدتقی مصباح یزدی اعضای «گروه یازده نفر» بودند که با هدف تقویت و اصلاح حوزه علمیه قم برای مبارزه با رژیم پهلوی شکل گرفت.
آیت‌الله خامنه‌ای مدتی در مسجد امیرالمومنین تهران به امامت جماعت پرداخت. در پی دستگیری و تبعید آیت‌الله سید حسن قمی در فروردین ۱۳۴۶ش که به دنبال سخنرانی ضد حکومت او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیت‌الله خامنه‌ای از آیت‌الله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند.
در ۱۴ فروردین ۱۳۴۶ش، در تشییع جنازه آیت‌الله شیخ مجتبی قزوینی دستگیر و در ۲۶ تیر همان سال آزاد شد.اندکی بعد در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت.
در پی وقوع زمین‌لرزه ویرانگر جنوب خراسان در ۹ شهریور ۱۳۴۷ش، عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیت‌الله خامنه‌ای با هدف امداد و ساماندهی کمک‌های مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند. او در این مدت در مجالس و منابر و همچنین هیئت‌های مذهبی، به فعالیت سیاسی خود ادامه داد. این فعالیت‌ها باعث شد که به اقامتش در فردوس پایان داده شود.
او با آنکه تحت پیگرد بود، با برخی از روحانیون مبارز از جمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضل الله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت.
سید علی خامنه‌ای در ۱۳۴۸ش با هدف تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه، به ایراد سخنرانی‌هایی در برخی مراکز فعال سیاسی اسلامی در تهران از جمله حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد.
با درگذشت آیت‌الله سید محسن حکیم در خرداد ۱۳۴۹ش، آیت‌الله خامنه‌ای تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد. در ۲ مهر ۱۳۴۹ش دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان در بازداشت به سر برد.
در مرداد ۱۳۵۰ به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد تا فعالیتی در زمینه جشن‌های ۲۵۰۰ ساله نداشته باشد. پس از آزادی، و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد و در بازداشت دوم به اتهام اقدام بر ضد امنیت داخلی به سه ماه حبس محکوم شد. وی پس از آزادی، فعالیت‌های سیاسی و اجتماعی خود را گسترش داد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسه میرزا جعفر و مسجد امام حسن و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت.
در آذر ۱۳۵۲ش محل اقامه نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به مسجد کرامت انتقال داد. پس از مدتی سازمان‌های امنیتی وقت مانع اقامه نماز جماعت در آن مسجد شدند.
در آبان ۱۳۵۳ش به دعوت آیت‌الله محمد مفتح در مسجد جاوید تهران به سخنرانی پرداخت. در دی ۱۳۵۳ش دستگیر و به زندان کمیته مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل شد. در این حبس، اجازه ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش داده نشده بود.
او در ۲ شهریور ۱۳۵۴ش از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه نماز جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود اما او جلسات تفسیر و فعالیت‌های خود را به صورت مخفیانه پی گرفت.
به دنبال درگذشت علی شریعتی در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ش، آیت‌الله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور یافت و در پی درگذشت سید مصطفی خمینی فرزند امام خمینی به همراه برخی از مبارزان انقلابی، مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کردند.
او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم شد و مأموران امنیتی در ۲۳ آذر ۱۳۵۶ش به منزلش یورش برده و او را دستگیر کردند و به ایرانشهر انتقال دادند. روز ۹ مرداد ۱۳۵۷، ساواک زاهدان دستور داد که محل تبعید وی از ایرانشهر به جیرفت تغییر یابد.
تشکیل حزب جمهوری اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، به همراه سید محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت می‌کرد. این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ش رسما اعلام موجودیت کرد، اما سابقه تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ برمی‌گردد.
سید علی خامنه‌ای از تهیه‌کنندگان مرام‌نامه حزب جمهوری اسلامی بوده و در تقسیم وظایف اعضا نیز وظیفه تبلیغات حزب را بر عهده گرفت. آیت‌الله خامنه‌ای عضو موسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دوره تأسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتار‌ها و جزوه‌هایی ارائه نمود. او در تأسیس شعبه حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در ۲۶ اسفند ۱۳۵۷ش افتتاح کرد.
پس از بهشتی و باهنر، آیت‌الله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی به عنوان سومین دبیرکل آن انتخاب شد. در نخستین کنگره حزب در اردیبهشت ۱۳۶۲ش، برای دومین بار به دبیرکلی حزب و عضویت شورای مرکزی و شورای داوری حزب انتخاب شد.
وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسه‌های حزب جمهوری اسلامی تهران و شهرستان‌ها شرکت می‌کرد و ضمن تبیین مأموریت‌ها و اهداف حزب به پرسش‌های اعضای دفتر‌ها و شعب و اعضای حزب پاسخ می‌داد.
امامت جمعه تهران
امام خمینی در ۲۴ دی ۱۳۵۸ش آیت‌الله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل، به امامت جمعه تهران منصوب کرد.پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه جمعه به منظور انسجام شبکه امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام از اقدامات ایشان در این دوره بود و پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه فیضیه قم برگزار شد.
اهتمام به خطبه‌های عربی بعد از خطبه دوم فارسی از ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بوده است.
نمایندگی مجلس شورای اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای در انتخابات نخستین دوره قانونگذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸ش، با حمایت جامعه روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر از حوزه انتخابیه تهران وارد مجلس گردید. در مجلس نیز عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود.
ایشان با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر ۱۳۶۰ قوه مقننه را ترک گفت.
دوران ریاست جمهوری اسلامی ایران
دوره اول
بعد از شهادت محمدعلی رجایی دومین رئیس جمهور اسلامی ایران- شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم آیت‌الله خامنه‌ای را به عنوان نامزد ریاست جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که تا آن زمان با تصدی روحانیون در مقام ریاست جمهوری موافق نبود، با نامزدی او موافقت کردند. انتخابات در ۱۰ مهر ۱۳۶۰ برگزار شد و آیت الله خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (۹۵/۱۱ درصد) به عنوان رئیس جمهور انتخاب شد. در ۱۷ مهر ۱۳۶۰ امام خمینی حکم ریاست جمهوری وی را تنفیذ کرد و او در ۲۱ مهر به عنوان سومین رئیس جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد.
دوره دوم
چهارمین دوره انتخابات ریاست جمهوری اسلامی ایران در ۲۵ مرداد ۱۳۶۴ش برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای با کسب ۱۲ میلیون و ۲۰۵ هزار و ۱۲ رای (۸۵٪) از مجموع ۱۴ میلیون و ۲۳۸ هزار و ۵۸۷ نفر برای دومین بار به عنوان رئیس جمهور ایران انتخاب شد. ایشان در خرداد ۱۳۶۸ به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب شد و تا مرداد ۱۳۶۸ش هر دو مسئولیت را بر عهده داشت.
در این دوره و برای حل اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام خمینی با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام موافقت کرد. و آیت‌الله خامنه‌ای اولین رئیس آن شد که این سمت را تا پایان دوره ریاست جمهوری عهده دار بود.
رهبری جمهوری اسلامی ایران
با درگذشت امام خمینی در ۱۴ خرداد سال ۱۳۶۸ مجلس خبرگان رهبری عصر همان روز تشکیل جلسه داد. پس از بحث درباره شورایی یا فردی بودن رهبری و بعد از مطرح شدن نام آیت‌الله خامنه‌ای، برخی از نمایندگان از نظر امام خمینی مبنی بر صلاحیت آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری نظام خبر دادند. در پی آن رأی گیری به عمل آمد و اکثریت قاطع نمایندگان مجلس خبرگان آیت‌الله خامنه‌ای را به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب کردند.
پس از بازنگری در قانون اساسی و انجام همه پرسی، مجلس خبرگان رهبری یک بار دیگر بر اساس قانون اساسی جدید در مورد رهبری ایشان رأی گیری کرد و اکثریت قاطع مجددا ایشان را به رهبری نظام انتخاب کردند.
مرجعیت
در سال ۱۳۷۳ش پس از درگذشت آیت‌الله محمد علی اراکی، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و جامعه روحانیت مبارز تهران، آیت‌الله خامنه‌ای را به عنوان یکی از افراد صاحب صلاحیت برای تقلید معرفی کردند. آیت‌الله خامنه‌ای در یک سخنرانی با تکیه بر این که در ایران نیازی به مرجعیت او نیست اعلام کرد درخواست شیعیان خارج از کشور را می‌پذیرد و تاکید کرد در آینده اگر کسی باشد که بتواند این وظیفه را انجام دهد، از آن وظیفه نیز کنار خواهد کشید.
نخستین اثر فتوایی که از ایشان منتشر شده کتابی است با نام اجوبة الاستفتائات که شامل پاسخ‌های ایشان به استفتاءات شیعیان است.
جایگزینی اصطلاح غرب آسیا برای خاورمیانه
آیت‌الله خامنه‌ای، نامگذاری منطقه غرب آسیا به نام خاورمیانه از سوی غربی‌ها را تعبیری غلط می‌داند که اروپا را مرکز جهان دانسته و خاور یا شرق را نسبت به اروپا می‌سنجند و به سه منطقه خاور دور، خاور میانه و خاور نزدیک تقسیم‌بندی و تعبیر می‌کنند. به اعتقاد او عبارت «غرب آسیا» جایگزینی درست برای خاور میانه است و تعابیر خاور دور، نزدیک و میانه نادرست هستند.
سازمان‌های ایجاد شده
آيت الله خامنه‌ای در راستای دستیابی به اهداف دینی و نیز اصلاحات مدنظر خود در حوزه‌های مختلف فکری و فرهنگی تشکیلات چندی ایجاد کرده است. این نهادها بیشتر در حوزه فرهنگی فعالیت می‌کنند. نهادهایی مثل:
بنیاد دائرة المعارف اسلامی که دانشنامه جهان اسلام را منتشر می‌کند.
مجمع جهانی تقریب بین مذاهب اسلامی
مجمع جهانی اهل بیت(ع)
ستاد اقامه نماز
جامعة المصطفی العالمیه
مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی
مؤسسه دایرة المعارف فقه اسلامی مطابق مذهب اهل بیت
مرکز خدمات حوزه‌های علمیه
دغدغه‌های بین‌المللی
آيت الله خامنه‌ای در شهریور ماه ۱۳۷۹ مصادف با آگوست سال ۲۰۰۰ میلادی پیامی به اجلاس هزاره رهبران روحانی برای صلح جهانی در سازمان ملل ارسال کرد. این پیام توسط آیت‌الله جوادی آملی به عنوان نماینده ایران در این اجلاس قرائت شد.
پیام به جوانان غربی
مقالهٔ اصلی: نامه‌ای برای تو
در سال ۱۳۹۳ و بعد از وقوع یک واقعه تروریستی در فرانسه توسط گروه‌هایی از مسلمانان، آیت‌الله خامنه‌ای خطاب به جوانان اروپا و آمریکای شمالی پیامی صادر کرد. ایشان در این پیام از جوانان خواست که برای شناخت اسلام به متن اصلی آن یعنی قرآن و زندگی پیامبر اسلام(ص) مراجعه کنند.این پیام با هشتگی به نام نامه‌ای برای تو به صورت گسترده و به چند زبان در شبکه‌های اجتماعی اینترنتی منتشر شد.پس از شورش جلیقه‌زردها در پاریس نیز آیت‌الله خامنه‌ای در ۸ آذر ۱۳۹۴، دومین نامه را خطاب به جوانان غربی نگاشت.