کلیات
ستاد مدیریت حمل و نقل و سوخت از سال ۱۳۸۵ با توجه به تبصره ۱۳ قانون بودجه سالهای ۸۵ و ۸۶ کل کشور با عنوان ستاد تبصره ۱۳ آغاز بکار کرد. این ستاد تا اوایل دولت یازدهم ذیل ریاست جمهوری فعالیت میکرد ولی در زمان وزارت عباس آخوندی در مرداد ۱۳۹۴ با مصوبه هیات وزیران به وزارت راه و شهرسازی و سپس به سازمان راهداری و حمل و نقل جادهای از دستگاههای تابعه وزارت راه منتقل شد.
تغییر نام
ستاد تبصره ۱۳ با ابلاغ قانون توسعه حمل و نقل عمومی و مدیریت مصرف سوخت در سال ۱۳۸۷ به ستاد مدیریت حمل و نقل و سوخت تغییر نام یافت.
اقدامات
برنامه ریزی راهبردی، سیاست گذاری در سهمیه بندی بنزین، کارت هوشمند سوخت، توسعه ناوگان حمل و نقل عمومی، خروج خودروهای فرسوده و برخی از هماهنگی های بین بخشی و… از جمله اقدامات این ستاد در حوزه حمل و نقل و سوخت بوده است.