حضرت امام از آغاز وارد شدن در نهضت همواره آماده دستگیری و زندان بودند. خانم خدیجه ثقفی همسر ایشان می‌گوید:
در مواقعی که شایعه دستگیری آقا بالا می‌گرفت، شب آقا به من می‌گفت: اگر مرا گرفتند دستپاچه نشو، طوری نیست و من به او به شوخی می‌گفتم خوبست نفسی می‌کشم!!
اول مبارزات، من و پسر عزیزم مصطفی کربلا بودیم و احمد نقل می‌کرد و خود آقا می‌گفت که هر شب آقا به احمد می‌گفته است: «احمد امشب مرا دستگیر می‌کنند، نترسی. اگر آمدند و مرا گرفتند تو کاری نداشته باش، به کسی متوسل نشو، از این و آن مخواه که برای رهایی من کاری کنند. حتی برای مخارج زندگی پولی از هیچ آقایی قبول نکن!! (بانوی انقلاب، ص 204)
وی در مورد دستگیری ایشان در شب پانزده خرداد 1342 می‌گوید:
ابتدا ریختند منزل ما که گفتم بیرونی شده بود و کارگران و کسانی که از بی‌جایی در آن خانه می‌خوابیدند را کتک مفصلی زدند که آقا کجاست؟ ظاهراً مهاجمین چتربازانی بودند که به آسانی از بام منزلمان در حیاط می‌پریدند. آقا برای نماز شب برخاسته بود، از هیاهو و همهمه‌ای که بلند شده بود فهمید که داستان از چه قرار است. ساعت دو و نیم بعداز نیمه شب بود. آمد بالای سر من، که خانم، گفتم: بله. گفت: «آمده‌اند مرا بگیرند ناراحت نشو و هیچ صدایی در نیاید، بقیه را بیدار کن و به آنها سفارش کن که آرامِ آرام باشند.» چنان با آرامی حرف می‌زد که آرامش را در من تلقین کرد. (همان، ص 212)
....آرامش منزل را فریاد آقا به هم زد که چه خبر است! چرا اینقدر سر و صدا می‌کنید! همسایه‌ها خوابند! مزاحم همسایه‌ها نشوید! در همین حال در شکست و ریختند داخل منزل. از او پرسیدند: خمینی کجاست؟ و او دست گذاشت روی سینه‌اش و با پوزخند گفت: اینجاست. و دوباره گفت: من، خمینی هستم؛ من، روح‌الله خمینی هستم، به کسی کاری نداشته باشید... فرمانده دشمن پرسید؛ خودت هستی؟ او گفت: بله، خودم هستم، این وقت شب چکار دارید؟ دو سه نفر با دستپاچگی گفتند: که بفرمایید برویم و او را بردند. (همان، 214)
در مورد دستگیری دوم امام در شب 13 آبان 1343هم می‌گوید:
سر شب آمده بود پیش ما. همه جمع بودیم. مقداری خربزه که خیلی دوست دارد، آورده بودیم ولی سینه‌اش درد می‌کرد. گفتم: نخورید، فردا نمی‌توانید درس بدهید. گفتند: من فردا درس نمی‌دهم. و همین‌طور هم شد... من در اتاقی خوابیده بودم که یک طرفش دیوار کوچه بود، از صدای پای جمعیت و هیاهو از خواب پریدم. از اتاق بیرون آمده، وارد ایوان جلوی اتاق شدم. با منظرۀ عجیبی مواجه گشتم، کماندوهای شاه، پشت سر هم روی دیوار منزلمان می‌آمدند، تقریباً هر سی ثانیه به سی ثانیه یک نفر، با اینکه دیوار بلند بود و نردبانی در کار نبود. صدای تنفس آنها که حاکی از اضطراب‌شان بود، فضا را پر کرده بود. که ناگهان صدای لگدی که بر درب بین اندرون و بیرونی وجود داشت، بلند شد. از طرف دیگر درب منزلمان را به‌شدت می‌کوبیدند که ناگهان تخته درب بین اندرون و بیرونی شکست. آقا از ابتدا بیدار بود و مشغول نماز شب و ناظر جریان و بعد مشغول تهیه بعضی چیزهایی که پس از دستگیری به آنها احتیاج داشت مثل مهر، دستمال، شانه. در این موقع در شکست و او هم فریادش بلند شد که ساکت! درب حیاط مردم را نشکنید! من خودم می‌آیم، چرا وحشیگری می‌کنید! به قدری با جذبه حرف می‌زد که یک مرتبه سکوت همه جا را فرا گرفت. هیچ کس جرأت حرکت نداشت. همه میخکوب شده بودند. هر کسی در هر جا ایستاده بود و تکان نمی‌خورد. تو گویی همه را برق گرفته بود.
آقا با آرامی آمدند به طرف من. گفتم: دیدی، گفتم می‌گیرندت! باز گفت نترس!! دست کرد در جیبش و مُهرش را یعنی مُهری که روی آن «روح‌الله الموسوی» حک شده است بیرون آورد و گفت این پیش شما باشد تا خبری از من برسد، به هیچکس ندهید، به خدا سپردمت. من هم گفتم: خداحافظ، خدا نگهدارت؛ و رفت. (همان، ص 261)
خانم ثقفی در خصوص برخورد امام با نیروهای امنیتی در هنگام دستگیری نوبت اول می‌گوید:
وقتی به آنجا [مقابل بیمارستان فاطمی] رسیدیم و ماشین مرا می‌خواستند عوض کنند و از فولکس واگن به ماشین بنزی منتقل نمایند، من سطح خیابان را از مأموران انباشته دیدم. رو کردم به پهلوییم، که سرهنگی بود، گفتم: این همه آدم آمده‌اید برای گرفتن یک نفر! و او گفت: بفرمایید.» (همان، ص 212)
در داخل اتومبیل نیز حضرت امام بدون اینکه کوچکترین ضعفی از خود نشان بدهند، هم سخن خود را گفته و هم درخواست توقف برای اقامه نماز می‌دهند و وقتی اجازه توقف نمی‌دهند، بدون کوچکترین ناراحتی و اصراری می‌پذیرند. در خاطرات خانم از قول امام آمده است:
در بین راه به آنها گفتم می‌خواهم نماز بخوانم، حاضر نشدند. گفتم چند دقیقه صبر کنید نماز را با هم بخوانیم و بعد حرکت کنیم، اجازه ندادند. با اصرار من فقط ایستادند و من خم شدم و دست‌ها را روی خاک زدم و تیمم کردم و به اجبار نماز را در ماشین خواندم... دل‌چسب‌ترین نمازی که در عمرم خوانده‌ام، همان دو رکعت نماز پشت به قبله در ماشین مأمورین امنیتی بود.
وقتی چشمم به منابع نفت قم افتاد گفتم: تمام و یا بسیاری از بدبختی‌های این مملکت ناشی از نفت است... آنها به قدری تحت تأثیر قرار گرفتند که یکی از آنان گفت: آقا ما باید شما را برگردانیم ما خودمان را مقصر می‌دانیم؛ ولی برگشتن همان و تیر‌باران‌مان کردن همان. او اینها را نه برای چاپلوسی که از صمیم دل می‌گفت و بعد گریست. (همان، ص 215)
آقا گفت: ـ در ماشین، یکی از ساواکیها با دست اشاره کرد به راهی باریک که به دریاچه نمک ختم می‌شد، فکر کردم می‌خواهند کارم را تمام کنند. من به آقا گفتم: «در آن لحظه چه حالی داشتید؟ آیا ترسیدید؟» گفت: «والله که در تمام مدت بردن و زندان برای لحظه‌ای هم نترسیدم در آن موقع هم گفتم خوب، می‌برند و می‌کشند! » (همان، ص 249)
حضرت امام را پس از توقف کوتاهی در باشگاه افسران تهران و صرف صبحانه به پادگان بی سیم منتقل کرده و همان روز پانزدهم خرداد برای ایشان قرار بازداشت صادر می‌کنند. ایشان در ذیل آن می‌نویسند: به این قرار اعتراض دارم (صحیفه امام ج 21، ص)
در روز 25 خرداد نیز وقتی در زندان قصر برای بازجویی خدمت ایشان می‌رسند، می‌نویسند:
چون استقلال قضایی در ایران نیست و قضات محترم در تحت فشار هستند، نمی‌توانم به بازپرسی جواب دهم. روح الله الموسوی (همان، ج1، ص 249)
امام در طول دوران زندان خود فشارها و سختی‌های زیادی را متحمل شدند. همسر امام می‌گوید:
روزی که به دیدن آقا در داودیه یعنی منزل آقای نجاتی رفتیم، دیدم آقا خیلی سیاه شده گردنش پوست پوست است. گفتم این چیست این غیر طبیعی است. آقا یقه‌اش را پس زد و انگشت روی پوست بدنش مالید و پوست بدنش از بالا لوله شد و هر کجا را که انگشت می‌گذاشت پوست لوله می‌گشت، دیدم تمام پوست سینه کنده شد وحشت کردم گفتم نکنید می‌ترسم سینه‌تان زخم شود، یقه پیراهنش را بست. گفتم چرا اینطور شده؟ گفت: در جایی قرارم دادند که تمام پوست بدنم از گرما ریخت و چند بار دست روی زمین گذاشت و گفت مثل آتش بود، مثل آتش بود. داغ بود، می‌سوزاند. (بانوی انقلاب، ص243)
ایشان علی رغم این سختی‌ها هرگز خم ابرو نیاورده و جدا از اینکه خودشان هیچ درخواستی از رژیم نداشتند، به همه کسانی که اجازه مکاتبه یا ملاقات با ایشان پیدا می‌کنند نیز به صورت کتبی یا شفاهی هشدار می‌دهند به هیچ وجه برای من به کسی متشبّث نشوید.
مرحوم مهندس عزت‌اله سحابی که همزمان با امام در زندان عشرت اباد حضور داشته در خاطرات خود می‌گوید:
در عشرت آباد بود که آقای خمینی را دیدم . داستانش هم از این قرار بود که من داخل زندان در عشرت آباد در سلول قرار گرفتم... آنجا من متوجه شدم که در یک اتاق آقای [آیت‌الله العظمی حاج سید حسن قمی] هست و در یک اتاق دیگر هم آقای خمینی. آقای قمی خیلی شلوغ بود، مرتب صدا می‌کرد، سیگار می‌خواست؛ ولی آقای خمینی صدایشان در نمی‌آمد. هر وقت هم می‌خواست کسی را صدا کند. مثلاً مأمورین را صدا کند. مأمورین هم انصافاً پیشخدمت فوری می‌دویدند، آقای خمینی این قاشق خود را به بشقابش می‌زد، صدای مثل زنگ می‌شد، اینها زود می‌دویدند داخل اتاق و بعد هم روی صحبتهایی که اینها با هم می‌کردند، گاهی مأمورین و اینها احساس می‌کردم خیلی با احترام از آقای خمینی حرف می‌زدند. (با تاریخ در صحنه، ص170)
حضرت امام در هنگام تبعید نیز همین نحوه برخورد را با ماموران امنیتی خود در ترکیه داشتند. همسر امام می‌گوید:
مصطفی وقتی وارد بورسا می‌شود، پدرش را در اتاقی می‌یابد که حتی پرده‌هایش کشیده شده بود. او به محض ورود به اتاق پرده‌ها را کنار می‌زند. در مقابل اتاق، حیاط نسبتاً بزرگی بوده که بی‌صفا هم نبوده است. پدرش به او می‌خندد و می‌گوید: «من دو ماه است که در این اتاق هستم و حاضر نشدم پرده‌ها را کنار بزنم چرا که نمی‌خواستم آنها احساس کنند که من از این وضع خسته شده‌ام. تو به محض اینکه آمدی پرده‌ها را کنار زدی! و هر دو می‌خندند.» آقا اضافه کردند: «که من حتی یک مرتبه هم از لای پرده اتاق، بیرون را نگاه نکردم با اینکه در اتاق تنها بودم.» (بانوی انقلاب، ص272)
خانم ثقفی در خاطرات خود از زمان آزادی حضرت امام از حصر چنین می‌گوید:
در ملاقاتهای وزیر کشور به آقا پیشنهاد شده بود که قم بروید؛ ولی در منزل‌تان محصور باشید و آقا قبول نکرده بود. لذا وقتی آمدند و گفتند که آزادید، اولین چیزی که به آنها گفت: «این بود که اگر بناست من را در قم محصور کنید من اینجا باشم بهتر است» ولی آنها به ایشان گفتند: «که چنین تصمیمی ندارند» (بانوی انقلاب، ص 249)
«آقا وقتی دید که پاکروان و مقدم و سایرین آمده‌اند و می‌گویند: بروید قم، گفتند: اگر بنا باشد با شما بروم قم، من اینجا بمانم بهتر است، آزادیی که مأموران شما در کنارم باشند را بر زندان اینجا ترجیح نمی‌دهم. آقا فهمیده بود که اینها می‌خواهند در کنار آقا وارد قم شوند و به مردم بفهمانند که اختلاف‌ها تمام شده است و ما با هم رفیق هستیم! آقا همین مقدار را هم راضی نشد. وقتی آنها دیدند که امام پافشاری می‌کند که در ماشین‌اش کسی دیگر نباشد قبول کردند. آقا برای اینکه کسی پهلوی دستش ننشیند به ما گفت: آن سماور را بدهید ببرم قم که وقتی وارد می‌شوم بی‌سماور نمانیم و آن زیلو را هم بدهید! فرش و سماور و آقا در یک ماشین راهی قم شدند. ممکن است آقا خواسته باشد ابهت آنها را بشکند. شما مجسم کنید، در ماشین آخرین سیستم ساواک آنها، یک زیلو و یک سماور بگذارند آن هم توی ماشین، نه صندوق عقب! چه منظره‌ای می‌شود! (همان، ص 247)
این بود خلاصه‌ای از منش و سیره حضرت امام هنگام اسارت در دست دشمن که هرگز کوچکترین ضعف و سستی به خود راه نداده و در کنار مقاومت در برابر در خواسته‌های آنان، خودش نیز کوچکترین کاری که شائبه نیاز و درخواست باشد، انجام نمی‌دهد.
