حسین مدرسی طباطبایی این پاسخ را برای وی نوشته‌اند:
«به راهنمایی دوستان آگاه شدم که نویسنده ارجمند، آقای گنجی در مقاله اخیر خود در سایت رادیو زمانه از این بنده ناچیز یاد و مطالبی نقل فرموده‌اند. گویا، پیش از این نیز در مقاله یا مقالاتی دیگر نامی از بنده بردند که چون مدت‌هاست به خاطر عارضه چشم، از خواندن از صفحه کامپیوتر ممنوع و محرومم، به موقع بر آن آگاه نشدم، اما در مورد این مقاله که هم‌اکنون توفیق خواندن نسخه‌ای از آن دست داد، توضیحی کوتاه را لازم می‌بینم:
کتابی که در اصل انگلیسی «بحران و تثبیت در ادوار بنیادین اسلام شیعی» نام داشت و ترجمه فارسی آن با نام «مکتب در فرایند تکامل» در دسترس قرار گرفت، چنان که بر آنان که اصل انگلیسی آن را دیده‌اند، روشن است، اثری مستقل نیست و به عنوان مقدمه‌ای بر چند اثر از یک متکلم شیعی پایان قرن سوم و ناظر بر آن و در چهارچوب استدلالات و احتجاجات آن دانشمند نوشته شده است.
بخش دوم نام انگلیسی کتاب بر صفحه عنوان «bu Ja’far ibn Qiba al-Razi and His Contribution to Imamite Shi’ite Thought» این مسأله را به درستی روشن می‌نمود. آن متون در اصل انگلیسی، در بدنه اصلی کتاب قرار گرفته و به انگلیسی روشن ترجمه شده بود، پس خواننده ارتباط مقدمه را با متن‌ها به درستی می‌دید و مشکلی روی نمی‌نمود. در ترجمه فارسی، متأسفانه این ارتباط گسسته و متون که اینک در ملحقات و ضمایم جای گرفته بود به فارسی ترجمه نشد و در نتیجه، فصول مقدماتی از چهارچوب اصلی بیرون آمد و صورت مستقل یافت و بسا همین نکته منشأ برداشت‌هایی شد که هرگز نیت و هدف نگارنده آن نبود.
این همان راه است که امروز فلسفه‌نگاران تاریخ، آن را حافظه جمعی می‌خوانند و ملاک تمییز حقایق تاریخی از شایعات بی پایه اجتماعی می‌دانند. اگر درستی این مبنا مورد تردید قرار گیرد، بنیاد ادیان ابراهیمی و اکنون باید افزود که کلّیت دانش تاریخ و اعتبار حافظه جمعی نوع انسانی، بالمرّه ویران خواهد شد. به عبارت ساده‌تر، درباره سخن ما اگر پیامبری پیامبران سلف ثابت شود، تمام مراحل بعد تا وجود و حضور حضرت مهدی به استدلال قطعی ثابت است و اگر در وجود و حضور حضرت مهدی تردید شود، تمام مراحل پیشین تا پیامبری نخستین پیامبر مورد تردید قرار خواهد گرفت.
این روند استدلال آن دانشمند متقدم بود. من در تأیید این احتجاج و استدلال دو نکته افزوده و در آن فصول مقدماتی تلاش کردم هر دو مدّعا را با شواهد و مدارک تاریخی مدلّل سازم: یکی این که شیعیان تا پایان دوره حضور امامان، چشم اعتقاد و اخلاص و امیدشان به امام حاضر دوخته بود. شنیده بودند که پیامبر از قیام یک رهبر انقلابی عدالت‌گستر از خاندان خود در آینده خبر داده بود، پس هر نسل از شیعیان آن انقلابی عدالت‌گستر را با پیشوای روزگار خود منطبق دانسته و امید داشتند که او بنیادگذار نظام قسط و عدل الهی بر زمین باشد. آن انتظار در روزگار حضور امامان به واقعیت نپیوست و تقدیر الهی جز آن بود که همگان می‌پنداشتند. دیگر آن که جمهور شیعه تا پایان همان دوران بر شماره نهایی امامان آگاه نبودند، اما دست‌کم از میانه قرن دوم، روایاتی که اهل سنّت، یعنی اکثریت عظیم مسلمانان در آن عهد و در ادوار بعد در این هر دو موضوع (مهدی و انحصار شمار امامان در عدد دوازده) نقل می‌کردند، در آن حد از کثرت و وسعت بود که اگر حافظه جمعی تاریخی و نقل متواتر در اسلام، مصداقی جز حدیث ثقلین می‌داشت، در همین دو مورد بود. حتی اگر شمار آن نقل‌ها بدین کثرت و وسعت نبود، خرد انسانی نمی‌پذیرفت که اکثریتی بزرگ و مقتدر به رغم رقابت و دشمنی به سود اقلیت ضعیف و زیان خود دروغی جعل کند. در آنجا نشان داده‌ام که این روایات در برخی از جوامع حدیثی اهل سنت که از نیمه دوم آن قرن به جا مانده و به دست ما رسیده، ثبت است.
در آن روزگار، برخی از مردمان، این پدیده تاریخی غیر منتظر و انطباق پیشبینی نشده را معجزه خواندند که اگر تعریف الهیات مسیحی را از این مفهوم کلامی در نظر گیریم، با آن مفهوم و با نظریه کلامی حضور خدا در روند تاریخ بیگانه نیست و بسیاری نقدها در زبان‌های غربی نشان داد که خوانندگان همین پیام را از آن کتاب دریافت کرده‌اند، هرچند برخی در اعتبار آن استدلال مناقشه و تردید کردند. این همه نیت و همت آن کتاب بود. به کسانی که با تعریف بالا از مفهوم امامت موافق نیستند، حق می‌دهم که در چهارچوب فکری و عقیدتی خود با آن نوشته مخالفت ورزند، اما از کسانی که پیام کتاب را در مسأله مهدی و شمار ائمه درنیافتند، تعجب می‌کنم.
حسین مدرسی طباطبایی
پرینستون - 22 مهرماه 1387»