هرچند مناظره سیاسی نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری سال ۹۲ و بحثی که بین ولایتی و جلیلی شکل گرفت، علنی‌ترین حالت اختلاف بر سر واقعیت جزئیات مذاکرات هسته‌ای پیش از تغییر دولت بود، گذر زمان نه تنها از شدت ابهام درباره واقعیت‌های مذاکرات هسته‌ای کم نکرد، بلکه اصرار بر انتشار جزئیات اخبار دوره جدید مذاکرات هسته‌ای، سؤال‌های جدیدی را در این باره ایجاد کرده است.
به گزارش «تابناک»، هرچند علی اکبر ولایتی در آن مناظره مدعی شد، مجموعه پیشنهادی مطرح توسط ۵+۱ در مذاکرات آلماتی به گونه‌ای بوده است که امکان شروع یک چانه‌زنی برای رسیدن به توافقی هسته‌ای را ایجاد کند و سعید جلیلی این مساله را انکار کرد، اکنون عده‌ای از هواداران تیم مذاکره‌کننده قبلی مدعی هستند، پیشنهادهایی که مطرح شده بود، به مراتب بهتر از چیزی است که بتوان اکنون متصور بود.
در آخرین مورد از چنین ادعاهایی، علی‌اصغر زارعی، نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی و از جمله نمایندگانی که در جلسه روز یکشنبه مجلس سؤالات خود را از وزیر خارجه و معاونش پرسید، در جریان برنامه‌ای در شبکه خبر سیما، مدعی شد که طرف غربی در مذاکرات دوره جلیلی حاضر بوده در قبال توقف غنی‌سازی ۲۰ درصدی در ایران، همه تحریم‌های ایران را لغو کند!
در مقابل در روزهایی که رهبر معظم انقلاب در سخنرانی اخیر خود در دانشگاه امام حسین (ع) بازجویی از دانشمندان هسته‌ای ایران را یک خط قرمز اعلام کردند، به نحو نگران‌کننده‌ای اطلاعات بیشتری درباره دسترسی آژانس به اطلاعات دانشمندان ایرانی در سال های گذشته منتشر می‌شود.
بعد از اینکه مهدی محمدی از همکاران رسانه‌ای تیم سابق هسته‌ای در مناظره با حسن بهشتی‌پور، آژانس را منبع اطلاعاتی دانست که به شهادت مجید شهریاری منجر شده است، در روزهای اخیر دو مقام رسمی نیز از مصاحبه آژانس با دانشمندان هسته‌ای ایران در سال های گذشته خبر دادند.
رسول سنایی راد، مسئول اداره سیاسی سپاه در گفت‌وگو با خبرنگار شبکه اطلاع رسانی راه دانا درباره موضوع بازرسی‌های آژانس گفته: واقعیت این است که سابقه و پیشینه‌ای که ما از آژانس در ذهن داریم و نفوذی که آمریکایی‌ها در آن دارند، موجب می‌شود هیچ گونه اعتمادی به آنها نداشته باشیم. برای مثال شهادت دانشمندان هسته‌ای ما نیز ناشی از همین مصاحبه‌هایی بود که در قالب پادمان‌ها گرفته شد و بعد‌ها اطلاعات این دانشمندان در اختیار گروه‌های تروریستی قرار گرفت و منتهی به شهادت تعدادی از دانشمندان هسته‌ای ما شد.
سخنان روز دوشنبه وزیر خارجه نیز تأییدکننده همین مدعاست. ظریف در این باره گفته: موضوع مصاحبه با دانشمندان هسته‌ای، ارتباطی به اصل مذاکرات هسته‌ای ایران با گروه ۱+ ۵ ندارد و این یک مسأله کناری و فرعی بوده و حدود ده سال است، کشور برای حل این ادعا‌ها و بهانه‌ها اقداماتی کرده است. در این رابطه روش‌هایی برای رفع ابهامات صورت گرفت و حتی در دولت سابق مصاحبه‌هایی با دانشمندان هسته‌ای کشورمان از سوی مأموران آژانس انجام شد. در آن دوران با افراد مختلف در ایران مصاحبه شد و حتی آنها از مراکز و اماکن مربوطه بازدید کردند، ولی هیچ ابهامی پیدا نشد که این موضوع نشان‌دهنده بهانه‌جویی غربی‌هاست.
مجموعه اظهارات محمدی، سنایی راد و ظریف، ابهاماتی را درباره سابقه همکاری ایران با آژانس مطرح کرده است که باید منتظر جزئیات بیشتر و توضیح مسئولان درباره آن بود.
