به گزارش «تابناک» به نقل از باشگاه خبرنگاران، با آغاز به کار مجلس در ۷ خرداد ۵۹، آیت‌الله خامنه‌ای به عضویت و ریاست کمیسیون امور دفاعی برگزیده شدند. در این کمیسیون، طرح‌ها، لوایح و موضوعات متعددی مرتبط با سپاه، ارتش، مسائل مرزی و تهدیدهای مرتبط با تمامیت ارضی کشور در مناطق کردستان و بلوچستان، مطرح شد.
دهم مهرماه ۵۹، آیت‌الله خامنه‌ای به عضویت کمیسیون ویژه رسیدگی به مسئله گروگان‌ها درآمدند که خط مشی‌های کلی مذاکره بر سر چگونگی تحویل گروگان‌ها و شروط ایران را برای دولت تعیین کرد.
همچنین با تصمیم مجلس قرار بود آیت‌الله خامنه‌ای به عضویت هیئت پنج نفره «بررسی صلاحیت نخست وزیر» درآید که رئیس جمهور بنی‌صدر با این حضور مخالفت کرد. با این حال ایشان در جریان انتخاب نخست وزیر فعال بود و از حامیان جدی در پیگیری نخست وزیری شهید رجایی به شمار می‌آمد.
آیت‌الله خامنه‌ای چند نطق مهم در دوران کوتاه نمایندگی خود ایراد کردند. مشهورترین آنها، نطق مستدل در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر برای ریاست جمهوری بود. نطق مهم دیگر، گزارش ایشان از عملیات پروازی موفق نیروی هوایی در همان روزهای اول جنگ در صحن علنی بود که موجی از روحیه مثبت را به جامعه تزریق کرد.
ایشان با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹، به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور می‌یافتند. ترور ششم تیر ۶۰، نقطه پایانی بر حضور فیزیکی ایشان در جایگاه نمایندگی، و انتخاب به ریاست جمهوری در مهرماه همان سال، فرجام رسمی نمایندگی مجلس در کارنامه آیت‌الله خامنه‌ای بود.
