پیش از انقلاب، مالک باشگاه «شرکت سهامی سیآرسی» (بخش خصوصی) بود. پس از انقلاب، اموال باشگاه مصادره شد و تحت پوشش بنیاد مستضعفان انقلاب اسلامی و سازمان تربیت بدنی رفت. (دهه ۱۳۶۰)از سال ۱۳۷۲ تا ۱۳۷۶، باشگاه تحت مدیریت وزارت معادن و فلزات بود و از لحاظ منابع مالی دگرگون شد.
به گزارش خبرنگار ورزشی «تابناك»، با پایان دوران زمامداری وزارت معادن بر باشگاه، اختلاف و بحران مالی–مدیریتی ایجاد شد و میان سالهای ۱۳۷۹ تا ۱۳۸۱ یک «جنگ سهام آغاز شد که با پیروزی سازمان تربیت بدنی با پایان رسید.»ماجرا از این قرار بود بنیاد مستضعفان در اداره باشگاه ناتوان بود و آن را به تربیت بدنی واگذار کرد و تربیت بدنی نیز قرار بود باشگاه را به بخش خصوصی واگذار کند. در راستای این اقدام؛ در تاریخ ۱۸ اردیبهشت ۱۳۷۰، شرکتی با نام «شرکت فرهنگی ورزشی پرسپولیس سهامی خاص» با شماره ۸۳۳۳۲ به ثبت رسید.
(سهامداران: سازمان تربیت بدنی به نمایندگی عباس انصاریفرد ۵۰٫۵٪، اسماعیل وفایی ۴۹٪ و مهدی منظرموعود ۰٫۵٪) اما در ۲۷ بهمن ، امتیاز باشگاه به جای شرکت پرسپولیس، به «موسسه فرهنگی ورزشی پیروزی» انتقال یافت. سازمان تربیت بدنی این شرکت را به حسین محلوجی، امیر عابدینی و عباس انصاریفرد هبه داد. (در سال ۱۳۸۰ سهام از آنان گرفتهشد) پس از این مدت عابدینی نیز به مالکان شرکت پرسپولیس اضافه شد. (یعنی عابدینی هم در شرکت پرسپولیس و هم در شرکت پیروزی سهامدار شدهبود.) مالکان شرکت پرسپولیس خود را «مالک اصلی» باشگاه میدانستندو به دادگاه شکایت کردند، اما دادگاه در تاریخ ۲۲ اسفند ۱۳۸۰ رأی به مالکیت سازمان تربیت بدنی داد. دادگاه تجدیدنظر نیز در تاریخ ۸ تیر ۱۳۸۳ این رأی را تائید کرد.
پس از آن؛ اعلام شد در راستای انجام اصل ۴۴ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، باشگاه باید به بخش خصوصی واگذار شود. در سالهای اخیر خبرهایی درباره ورود باشگاه به سازمان بورس اوراق بهادار تهران و فروش آن به افراد حقیقی منتشرشدهاست. در سال ۱۳۸۸، محمود احمدینژاد در نامهای به رئیس سازمان تربیت بدنی اعلام کرد که پرسپولیس و استقلال باید به هواداران واگذار شوند. پرسپولیس همچنان در تملک سازمان تربیت بدنی قرار دارد. بنا بر گفته کنفدراسیون فوتبال آسیا، نحوه مالکیت کنونی این باشگاه در آینده مشکلاتی برای حضور در لیگ قهرمانان آسیا ایجاد میکند....
اسماعيل وفايي مدیر عامل شرکت فرهنگی ـ ورزشی پرسپولیس كه از مدعيان مالكيت پرسپوليس بود در ماه گذشته با حضور در برنامه هاي صدا و سيما به ريشه يابي اين موضوع پرداخته بود.
وفايي پیش از این مدعی بود که صد در صد باشگاه فرهنگي، ورزشي پرسپوليس متعلق به بنده است و سازمان تربيتبدني هيچ سهمي در اين تيم ندارد.
البته وفايي در اقدام جالب ديگري سال گذشته همزمان با انتصاب حبيب كاشاني به عنوان سرپرست باشگاه پيروزي با صدور آگهی در چند روزنامه ورزشی، سرپرستی در باشگاه پیروزی را به وی تبریک گفت.
بر اساس اطلاعات منتشر شده شركت فرهنگي و ورزشي پرسپولیس در تاریخ 18 اردیبهشت سال 1370 با 50/5 درصد سهام توسط اسماعیل وفایی، 49 درصد توسط سازمان تربیت بدنی و نیم درصد سهام توسط حسین منتظر موعود، تاسیس شد و به ثبت رسیده است .
بعد از 2 سال سازمان تربیت بدنی سهام خود را به طور کامل در اختیار اسماعیل وفایی گذاشت و از شرکت پرسپولیس خارج شد ، هرچند در سال 1380 سازمان با ثبت شرکت پیروزی رسما صاحب این تیم شد ولي مالكيت نام پرسپولیس هيچگاه منتقل نشد.
وفايي پيرامون سابقه پرسپوليس پيش از انقلاب و چگونگي واگذاري و انتقال امتياز باشگاه پرسپوليس ميگويد: سابقه پرسپوليس قبل از انقلاب روشن است و در اصل امر پيچيدهاي نيست و به صورت شخصي و خصوصي به ثبت رسيده است، درواقع امتيازي است كه آقاي علي عبده درخواست كرده و راهاندازي كرد و توسط شركت خودشان يعني CRC پشتيباني كرد.
پس از پيروزي انقلاب اموال آقاي عبده و امتياز باشگاه پرسپوليس يا در واقع اموال شركت CRC توسط بنياد مستضعفان مصادره شد. اين اموال تا سال 1368 و در زماني كه آقاي مهندس مظاهري كه مسووليت بنياد مستضعفان را برعهده داشتند در اختيار بنياد بود و آقاي عليآبادي (رييس فعلي كميته ملي المپيك) هم مدتي عضو هییت مدیره اين باشگاه را برعهده داشتند.
از سال 69 و با توجه به تغيير مديريت بنياد مستضعفان رفيقدوست به بنياد آمد و اعلام شد كه بنياد تمايلي براي اداره باشگاه ندارد و جدا از مجموعه بولينگ چمران كه در اختيار بنياد خواهد بود، قصد دارد امتياز باشگاه را به سازمان تربيتبدني يا هر شخص حقيقي ديگري واگذار كند! بنابراين پيشنهادي به سازمان تربيتبدني شد كه بتواند اداره آن را برعهده بگيرد.
سال 1369 دكتر غفوريفرد، رييس سازمان و عباس انصاريفرد، مسوول حراست سازمان ورزش و مديركل حوزه رياست اين سازمان بود كه توسط يكي از دوستان از طرف اين عزيزان به بنده پيشنهاد شد كه آيا تمايل داريد در اداره باشگاه پرسپوليس مشاركتي داشته باشيد كه بنده پذيرفتم و شركتي با نام شركت فرهنگي، ورزشي پرسپوليس ثبت رسمي شد.
وفايي درباره چگونگي تقسيم سهام اين شركت و جزئيات آن گفته بود : در آن دوران 51 درصد سهام باشگاه به نام بنده و 49 درصد آن به نام سازمان تربيتبدني ثبت شد كه البته بنده نيمدرصد آن را به نام منتظر موعود انتقال دادم تا بتواند شركت سهامي خاص شود كه اساسنامه آن را آقاي دكتر غفوريفرد با مهر رسمي تاييد كردند.
وفايي درباره فعاليت باشگاهي كه اسم پرسپوليس را روي خود نهاده بود، اظهار کرده بود : اوايل سال 70 باشگاه فرهنگي، ورزشي به اين اسم ثبت رسمي شد و فعاليت آن آغاز شد كه بر اين اساس بنده مديرعامل بودم، عباس انصاريفرد امين سهام سازمان و منتظر موعود عضو هيات مديره بودند كه هزينههاي سال 70 را تماما ما پرداخت كرديم و باشگاه با اين روش راه خود را دنبال ميكرد.
ما براي اين باشگاه برنامههاي مفصلي داشتيم، قصد ما اين بود سهام باشگاه را به مردم واگذار كنيم و بتوانيم امكانات و ورزشگاههاي مجهزي را احداث كنيم! در اين راستا اواخر سال 70 به انگليس رفتم تا با تيم منچستريونايتد براي تاسيس مدرسه فوتبال مشترك پرسپوليس - منچستريونايتد مذاكره كنم كه مذاكرات مفيدي هم انجام شد، اما از تهران با من تماس گرفتند و گفتند كه شما تيم نداريد! وقتي به تهران آمدم، گفتند نام پرسپوليس طاغوتي است و با نام پرسپوليس نميتوان فعاليت كرد. پس از مدتي متوجه شدم آقايان در غياب بنده موسسه پيروزي داخل پرانتز پرسپوليس را ثبت كردند كه اصلا اين ثبت خلاف بود، چرا كه پرسپوليس قبلا ثبت شده بود و ديگر اينكه اگر قرار بود نام تغيير يابد، چرا همان شركت قبلي را تغيير نام ندادند و در غياب بنده موسسه پيروزي را ثبت كردند؟
به هر حال موسسه پيروزي با 50 درصد سهام به نام عباس انصاريفرد و 50 درصد سهام به نام منتظر موعود ثبت شده بود و سازمان تربيتبدني هيچ نقش و سهمي در موسسه پيروزي نداشت. بنابراين در آن مقطع دو باشگاه وجود داشت: اولي باشگاه فرهنگي - ورزشي پرسپوليس بود كه سهامي خاص بود و قابليت تبديل شدن به سهامي عام و واگذاري به مردم را داشت و بنده 51 درصد سهامش را داشتم و سازمان هم 49درصد سهم داشت و باشگاه دوم هم موسسه پيروزي كه متعلق به انصاريفرد و منتظر موعود بود.
وفايي يادآور شد: در آن مقطع به دليل اينكه به نقل از بزرگواري گفتند نام پرسپوليس طاغوتي است، بنده سكوت كردم و حرفي نزدم. اگرچه بعدها متوجه شدم بنده را فريب دادهاند، اما در ادامه در اداره موسسه پيروزي اختلافاتي رخ داد كه بر اين اساس انصاريفرد از 50 درصد سهام خود 70 درصد آن را به محلوجي و 25درصد را به عابديني فروخت و 5 درصد را براي خود نگه داشت كه از ماجراي اختلافات اين گروه از سال 71 الي 80 همه اطلاع داريد تا اينكه در سال 1380 براساس راي دادگاه و به واسطه اختلافات موجود اداره موسسه پيروزي به سازمان تربيتبدني واگذار شد و تيمي كه امروز در مسابقات ليگبرتر حضور دارد، موسسه پيروزي است نه باشگاه پرسپوليس كه البته براساس مدارك موجود محلوجي و عابديني همچنان سهامداران موسسه پيروزي هستند!
وفايي در پايان پيرامون وضعيت باشگاه پرسپوليس گفته بود : «در سال 76 بنده با سازمان وارد مذاكره شدم و 49 درصد سهام سازمان هم به بنده واگذار شد و در حال حاضر صد درصد سهام باشگاه فرهنگي، ورزشي به بخش خصوصي تعلق دارد .
به هر حال با پس گرفتن شکایت مدعي مالكيت پرسپوليس ، "پرسپوليس "دوباره پرسپوليس شد ! روند رسيدگي به شكايت اسماعيل وفايي، مدعي نام و برند پرسپوليس از باشگاه فرهنگي ورزشي پيروزي (پرسپوليس) به دليل پس گرفتن شكايتش از باشگاه پرسپوليس مختومه شد.
به گزارش سايت پرسپوليس، مصطفي شكري معاون حقوقي باشگاه پرسپوليس در اين باره گفت: روز گذشته (دوشنبه) دادگاهي با شكايت آقاي اسماعيل وفايي، فردي كه سعي ميكند خودش را با عنوان باشگاه پرسپوليس بشناساند تشكيل شد. ايشان از سازمان تربيت بدني، سازمان مالكيت صنعتي، ثبت شركتها و باشگاه فرهنگي ورزشي پيروزي (پرسپوليس) شكايت كرده بودند و شكايتشان در دو محور بود. يكي ادعاي مالكيت بر اسم پرسپوليس و درخواست حذف عبارت پرسپوليس از نام باشگاه فرهنگي ورزشي پيروزي (پرسپوليس) و ديگر، ادعا در خصوص لوگو و علامت تجاري پرسپوليس كه شامل يك جام، دو سر اسب و عبارت پرسپوليس است.
وي افزود: در همين راستا باشگاه پرسپوليس با هماهنگي اداره كل حقوقي سازمان تربيت بدني، دفاعيات لازم را طي لوايح مختلفي آماده ارائه به دادگاه كرد. بر اساس اين لايحه ما اظهار كرديم كه پرسپوليس نام و برند معتبر تاريخي است كه قدمتش به سال 42 برميگردد و بر اساس مستندات حقوقي مالكيت اين برند به سازمان تربيت بدني و متعاقبا به باشگاه فرهنگي ورزشي پيروزي (پرسپوليس) منتقل شد.
شكري اظهار داشت: بهانه مورد استناد خواهان تشكيل يك شركت به نام پرسپوليس، چند ماه قبل از تاسيس باشگاه فرهنگي ورزشي پيروزي است كه اتفاقا در خصوص تشكيل و نحوه انتقال 49 درصد سهام متعلق به سازمان تربيت بدني به اشخاص ثالث، ابهامات جدي وجود دارد كه در اين خصوص سازمان تربيت بدني و همينطور سازمان بازرسي كل كشور تحقيقات و پيگيريهاي قانوني لازم را در دست اقدام دارند.
شكري تصريح كرد: در خصوص نام و علامت تجاري پرسپوليس اعلام كرديم كه به جهت انتقال امتياز تيم فوتبال پرسپوليس به باشگاه فرهنگي ورزشي پيروزي كه مورد اقرار آقاي وفايي هم قرار دارد مالك مسلم نام و علامت تجاري پرسپوليس هستيم. ضمن اينكه لوگوي پرسپوليس توسط باشگاه فرهنگي ورزشي پيروزي (پرسپوليس) در طبقات مختلف، قانونا ثبت شده و درخواست آقاي وفايي براي ثبت لوگوي مشابه توسط اداره ثبت، پذيرفته نشده است.
معاون حقوقي باشگاه پرسپوليس خاطرنشان كرد: با همه اين تفاسير، با مراجعه به دادگاه در روز مقرر رياست محترم دادگاه اعلام كرد كه خواهان، دادخواست خودش را پس گرفته و طبيعتا پرونده اين ادعا بسته شده است اما اين به اين معني نيست كه ما مطالبات خودمان در خصوص الزام به حذف عبارت پرسپوليس از نام شركت خواهان را از مجاري قانوني پيگيري نكنيم. همانطور كه اشاره شد مراجع مربوطه هم در خصوص فرايند شكل گيري و انتقال سهام به شركت مزبور، وظايف قانوني خودشان را انجام خواهند داد.