دكتر علي مطهري نماینده مردم محترم تهران در مجلس شورای اسلامی در مطلبی که به طور اختصاصی برای «تابناک» ارسال کرده، مباحثی را پیرامون طرح مکتب ایران عنوان نموده است که به شرح زیر می آید:
آقاي اسفنديار رحيم مشايي در آيين پاياني طرح ملي «ايران مرز پرگهر» افاضات جديدي درباره انسان گرايي و تعظيم پرچم فرموده اند كه همچون افاضات گذشته ايشان رمزآلود و متشابه و چندپهلو است.
گويي ايشان همچون عرفا نمي تواند مكاشفات خود را كه با زبان دل دريافت كرده است با زبان عقل بيان نمايد، لذا شنونده هيچ گاه به مقصود ايشان دست نمي يابد مگر مانند خود آقاي مشايي مرد سلوك و مكاشفه باشد و به آن حقايق واصل شود.
به نظر مي رسد افاضات اخير، ادامه تفسير تز «مكتب ايران به جاي مكتب اسلام» است. ايشان مي گويد: «براي آنكه جان، سر، تن و جوارح ما از عشق به ايران سيراب شود راهي نداريم جز آنكه ايران را بشناسيم.»
سئوال اين است كه آيا ما بايد خود را از عشق به ايران سيراب سازيم يا از عشق به اسلام؟ عشق به ايران عشق به وطن است و البته پسنديده است ولي مشترك ميان انسان و حيوان است و مايه امتياز براي انسان نيست. يك حيوان نيز لانه و كاشانه خود را دوست دارد و از آن دفاع مي كند. آنچه كه انسان را از حيوان متمايز مي كند عشق به مكتب و ايدئولوژي است كه يك امر اكتسابي و اختياري است. شما مي توانيد بگوييد من افتخار مي كنم به اين كه اين مكتب و اين راه و رسم زندگي را انتخاب كرده ام، اما اگر بگوييد من افتخار مي كنم كه در اين نقطه از زمين به دنيا آمده ام، مستحق مدح عقلا نخواهيد بود زيرا مي گويند اين امر به اختيار تو نبوده و تشخيص و انتخاب تو نقشي در آن نداشته است.
ايشان از تعظيم پرچم سخن گفته اند. اگر مقصود تعظيم در مقابل پرچم باشد شكستن حريم توحيد است و خالي از شائبه شرك نيست، زيرا در مقابل هيچ موجودي غير از خدا نبايد تعظيم كرد.
به نقل از شهيد آيت الله مطهري، مرحوم آيت الله بروجردي زماني كه به مشهد سفر كرده بودند به وعاظ مشهد مي گفتند به مردم بگوييد هنگامي كه به زيارت حرم امام رضا عليه السلام مي روند پيشاني خود را بر ضريح قرار ندهند تا حالتي شبيه حالت سجده پيدا نكنند زيرا شائبه شرك در آن است و حريم توحيد بايد محفوظ بماند.
اما در سخنان آقاي مشايي نشانه هايي از گرايش به اومانيسم و اصالت انسان نيز وجود دارد. ايشان مي گويد: «اگر كسي دنبال تعظيم خداست بايد دنبال تعظيم انسان باشد. دين، حقيقت انسان گرايي است. مكتب اومانيسم درست مي گويد، انسان محور است اما تعريف درستي از اين انسان ندارد. بايد قدر انسان شناخته شود و آدمي همه چيز را براي خود بخواهد.»
همچنين مي گويد: «هرچه انسان بهتر شناخته شود خدا شناخته مي شود، چون هيچ مسيري بالاتر از خدا براي شناختن انسان وجود ندارد.»
معلوم نيست خدا را بايد به وسيله انسان شناخت يا برعكس. آنچه در تعاليم اسلامي آمده اين است كه يكي از دروازه هاي شناخت خدا نفس انسان است (من عرف نفسه فقد عرف ربه)، يعني انسان مي تواند از طريق شناخت نفس خود خدا را بشناسد.
اينجاست كه مي گويم آقاي مشايي اصرار دارد رمزآلود صحبت كند و البته بيان مكاشفات قلبي به زبان عقل كار مشكلي است! نمي دانم ايشان در انجام كارهاي روزمره دفتر رئيس جمهور نيز با جناب آقاي احمدي نژاد با همين زبان سخن مي گويند يا خير؟ اگر همين طور باشد كار آقاي رئيس جمهور بسيار مشكل است.
در پس هر سخنی بجای ظاهر سخن باید به نیت فرد نگاه کرد 
چگونه به این نتیجه رسیدی که انتخاب دین اجباری هست پسرم؟ حد اقل در باره اسلام برای شما بگویم که اگر از روی تحقیق و تفکر مبانی این دین را باور و انتخاب نکرده باشی از شما پذیرفته نیست...آیا نشنیده‌ای که میگویند در اعتقادات تقلید جایز نیست و هر کس باید برای عقیده خود تحقیق کند...حالا شما به عقل خود رجوع کن و ببین آیا میشود پس از تحقیق و تفکر ملیت و محل تولد خود را تغییر دهی؟ آیا میزان تفکر شما در این باره بر کیفیت نژاد شما تأثیری دارد؟ کمی عمیق تر فکر کن پسرم. 