جمهوري آذربايجان يك كشور مسلمان با اكثريت شيعه است و بعد از ايران دومين كشور بزرگ شيعي جهان محسوب مي‌شود. اما رابطه دو كشور بزرگ شيعي جهان همواره دوستانه و صميمي نبوده و فراز و فرودهاي بسياري را به خود ديده است. در آخرين مورد از تنش‌هاي دو كشور روز گذشته خبري منتشر شد مبني بر اينكه دولت باكو مسئول اداري رايزني فرهنگي ايران را سه ساعت بازداشت و وي را مجبور كرد پس از 48 ساعت خاك جمهوري آذربايجان را ترك كند. اقدامي كه برخلاف كنوانسيون وين و روابط كنسولي است.
به نوشته تهران امروز، جمهوري آذربايجان در شرايطي دست به اخراج رايزن فرهنگي ايران زده كه چندي پيش نيز مرزهاي جلفا و بيله سوار را به بهانه تيراندازي يك فرد ناشناس به يك تراكتور در منطقه مرزي پلدشت بست اما چند روز بعد با رايزني‌هاي مسئولان سفارت ايران در باكو مجددا اين مرزها بازگشايي شدند.
اخراج كارمندان ايرانياختلافات ميان ايران و جمهوري آذربايجان در دو سال اخير و با بروز برخي حوادث به دامنه اين اختلافات افزوده است. عدم اجازه ورود به مسئولان ايراني از سوي دولت جمهوري آذربايجان يكي از اين موارد است. به گزارش ايسنا در روز ۸خرداد ۱۳۹۱ مسئولان فرودگاه باكو از ورود محمدهادي فريد، كارشناس فرهنگي جلوگيري و اعلام كردند كه وي بايد به ايران بازگردد. در مجموع از آذر سال 90 تاكنون ۸كارمند ايراني به‌رغم داشتن گذرنامه‌هاي خدمت مجبور به خروج از باكو شدند يا در بازگشت از مرخصي از ورود آنها به جمهوري آذربايجان ممانعت شده است. تابستان گذشته نيز رسانه‌هاي جمهوري آذربايجان خبر دادند چهار كارمند محلي ايراني تبار سفارت كشورمان مجبور به خروج از جمهوري آذربايجان شدند. جمهوري آذربايجان همچنين با فشار به نمايندگي كميته امداد در جمهوري آذربايجان كه بيش از بيست سال فعاليت انسان‌دوستانه در اين كشور داشته است، تابستان گذشته كلينيك طبي آن را نيز در باكو تعطيل كرد.
اتهام جاسوسيدر مهر ۱۳۹۲ دادگاهي در آذربايجان يك ايراني به نام بهرام فيضي را به ۱۵ سال زندان محكوم كرد. به گزارش ايسنا فيضي از مارس ۲۰۱۳ توسط نيروهاي امنيتي آذربايجاني دستگير و اتهام وي جاسوسي، عنوان شد. در روز ۹ آبان ۱۳۹۲ يك شهروند ايراني به نام حسن فرجي كه در حال عبور از مقابل سفارت اسرائيل در باكو بوده، به اتهام ترور يك ديپلمات اسرائيلي توسط نيروهاي امنيتي دستگير و به زندان بينه‌قدي باكو منتقل مي‌شود. وي موفق شده از داخل زندان با خانواده خود تماس برقرار كند و خبر شكنجه‌شدن خودش توسط نيروهاي دولتي و مجبور كردن وي به انجام اعترافات دروغين را به اطلاع آنان برساند. محسن پاك آيين سفير ايران در باكو در باره انتشار خبر شكنجه حسن فرجي شهروند ايراني در يكي از زندان‌هاي اطراف باكو گفت: شواهد موجود و عدم دسترسي كنسولي به فرجي، احتمال شكنجه اين تبعه ايراني در زندان باكو را تقويت مي‌كند.
ريشه سياست‌هاي خصمانه آذربايجانپيروز مجتهدزاده، استاد دانشگاه تربيت مدرس در گفت‌وگو با تهران امروز در بيان دلايل در پيش گرفتن سياست خصمانه از سوي دولت جمهوري آذربايجان نسبت به ايران با اشاره به اينكه رابطه جمهوري آذربايجان با ايران تابعي از رابطه تركيه با ايران است، گفت: همه دنيا شاهد است كه جمهوري آذربايجان در سياست خارجي خود پيرو و تابع تركيه است و تا زماني كه رابطه تركيه با ايران اصلاح نشود رابطه جمهوري آذربايجان نيز نسبت به ايران خصمانه و غير دوستانه خواهد بود.
اين استاد دانشگاه در ادامه افزود: از سوي ديگر نبايد از رابطه نزديك ميان جمهوري آذربايجان و اسرائيل نيز غافل بود. اسرائيل در اقتصاد جمهوري آذربايجان سرمايه‌گذاري‌هاي كلاني صورت داده است. از اين رو بخشي از روابط خصمانه جمهوري آذربايجان با ايران باز مي‌گردد به نوع رابطه اين كشور با اسرائيل و نزديكي اين دو دولت در سياست‌هاي خود. مجتهدزاده اخراج كارمندان ايراني را نيز در همين راستا تفسير مي‌كند و معتقد است فعاليت‌هاي افشاگرانه اين كارمندان عليه اسرائيل موجب شده است كه دولت جمهوري آذربايجان سياست خصمانه‌اي را عليه ايران اتخاذ كند. در همين رابطه اسناد محرمانه ويكي‌ليكس كه در آوريل سال 2011 منتشر شد، فاش كرد كه رژيم صهيونيستي از خاك اين كشور طي سا لهاي 2007-2011 عليه ايران جاسوسي مي‌كرده است. اين اسناد متعلق به سفارت آمريكا در باكو است كه واشنگتن در ژانويه ۲۰۰۹، آن را ارسال كرده و مربوط به يك سفر وحيد علي‌اف، مشاور امنيتي رئيس‌جمهور آذربايجان به سرزمين‌هاي اشغالي است.
همچنين بر اساس اسناد منتشر شده ويكي ليكس، الهام علي‌اف، رئيس‌جمهور آذربايجان رابطه كشورش با اسرائيل را به توده‌هاي عظيم يخي تشبيه كرد كه تنها يك دهم آن قابل مشاهده است و نه دهم آن به صورت پنهاني است. به نظر مي‌رسد نفوذ روز افزون اسرائيل در آذربايجان و پيوند منافع دو دولت در زمينه‌هاي گوناگون موجب شده است كه سياست‌هاي دولت آذربايجان نسبت به ايران جنبه خصمانه و تهاجمي بگيرد و از منطق و عقلانيتي كه براي برقراري رابطه دوستانه ميان دو كشور همسايه لازم است دور شود.
