علی مطهری در یادداشتی‌ای که کانال تلگرامی و صفحه اینستاگرامی‌اش منتشر کرد، ماجرای استعفای محمدعلی نجفی از شهرداری تهران را موجب وهن جمهوری اسلامی دانست:
«بخشی از حاکمیت جمهوری اسلامی که از ابتدا مخالف تصدی این پست توسط آقای نجفی بود با اهرم‌های قدرتی که در دست داشت ایشان را مجبور به استعفا کرد و وقتی شورای شهر تهران با استعفای او مخالفت کرد شورا را تهدید کرد و سرانجام شورا و آقای نجفی هم به بهانه بیماری که در بسیاری از مردان بالای ۵۰ سال وجود دارد و مشغول کار خود هستند، تسلیم این فشار‌ها شدند.
حاکمیت دوگانه در کشور ما کاملا مشهود است. مردم به شورایی به نام شورای شهر رای می‌دهند و از جای دیگر دستور می‌رسد که فلانی برای شهرداری تهران نباید انتخاب شود، اگر رای بدهید شش ماه بیشتر دوام نمی‌آورد و بعد به گونه‌ای عمل می‌کنند که همین اتفاق بیفتد.
قوه قضاییه به جای آنکه پرونده‌هایی را که آقای نجفی به او ارجاع کرد رسیدگی کند، درصدد برکناری این مرد پاکدست و خدوم بر می‌آید و به بهانه برنامه چند دختر زیر ۹ سال در روز زن، شهردار محترم تهران را در حالی که خواب بوده است با بی‌احترامی بازداشت می‌کند. همین قضیه کافی است که بفهمیم چرا مبارزه با فساد در کشور ما به نتیجه نمی‌رسد. تا زمانی که قوه قضاییه از استقلال کافی برخوردار نباشد بسیاری از مشکلات ما پابرجا خواهد بود.
دادستان کل کشور باید به مردم توضیح بدهد که موضوع مخالفت شورای شهر تهران با استعفای شهردار تهران چه ارتباطی با او داشته که شورای شهر را تهدید می‌کند و دستور می‌دهد که شهردار باید دوباره استعفا بدهد و شورا هم با آن موافقت کند. آیا دنیا به نظام حکومتی ما نمی‌خندد؟ دخالت قوا و نهاد‌ها و سازمان‌ها در کار یکدیگر در کشور ما که هیچ کس قانع به اختیارات خود نیست معضل بزرگی است. قطعا شورای شهر تهران حق شکایت از دادستان کل را دارد و امید است که اقدام کند تا از اختناق و بی‌اعتنایی به رای مردم جلوگیری شود.
شورای شهر تهران و آقای نجفی امتحان خوبی پس ندادند، باید مقاومت می‌کردند تا مانع استمرار حاکمیت دوگانه در کشور و نادیده گرفتن رای مردم می‌شدند.»
