حوزه علمیه امام خمینی (ره) شعبه ۲ از سال ۱۳۹۷، با هدف تربیت طلبه فاضل و جهادی، زیر نظر آیت الله صدیقی امام جمعه موقت تهران، در محله ازگل تهران تاسیس شد. در یک سال گذشته باتوجه به شیوع و گسترش ویروس کرونا، برنامه های حوزه با تغییر مواجه شد و با رعایت تمام دستورالعمل های بهداشتی و با مجوز از ستاد ملی کرونا و استانداری تهران بصورت حضوری و با ۳۰ درصد تعداد پذیرش، مشغول به کار است. در حال حاضر ۷۰ طلبه نوجوان به صورت شبانه روزی در این حوزه مشغول به تحصیل می باشند.