این امام همام علیهالسلام در دوره خلافت منصور عباسی به مقام امامت نایل آمد. از آن زمان تا سال 183 هجری، سال وفات آن حضرت، چندین بار توسط خلفای عباسی دستگیر و زندانی گردید. و در دوران خلافت هارون الرشید نیز به مدت چهار سال زندانی شد و در همان زندان به شهادت رسید.
در مدت 35 سال امام آن حضرت علیهالسلام رویدادهای مهمی اتفاق افتاد که به اختصار به آنها اشاره می گردد :
- دوران سخت و طاقت فرسای پس از شهادت امام جعفر صادق علیه السلام، پدر ارجمند امام موسی کاظم علیه السلام، به دست منصور دوانیقی، در سال 148 هجری. که برای همه پیروان اهل بیت علیهم السلام بسیار دردناک بود . و بسیاری آن زمان را بدتر از عصر بنی امیه می دانستند .
- به دلیل طولانی بودن مدت زندان امام علیهالسلام و طمع ورزیهای برخی از شیعیان دروغین و بی بصیرت که مذهب را مطابق هواهای نفسانی خود می خواستند و تلاش نمی کردند از مذهب تشیع و رهبران آن یعنی ائمهء معصومین پیروی و اطاعت حقیقی کنند ، لذا انشعاباتی در مذهب شیعه، مانند:
اسماعیلیه ( کسانی که معتقد به امامت اسماعیل فرزند امام صادق علیه السلام بودند در حالیکه بنابر روایات معتبر اسماعیل در زمان امام صادق علیه السلام از دنیا رفت و امام صادق علیه السلام ، پیکر وفات یافتهء ایشان را به همه شیعیان نشان داد تا بعداً چنین فتنه ای بر پا نشود ) ، اَفْطَحیه ( ادعای امامت و جانشینی امام جعفر صادق علیه السلام، توسط عبدالله اَفْطَحْ، برادر امام موسی کاظم علیه السلام و به وجود آوردن مذهب افطحیه در شیعه ) و ناووسیه ) در اواسط قرن دوم فرقه ناووسیه به عنوان یکی از فرق مدعی ظهور مهدی موعود به دست عبد الله بن ناووس از اهل بصره به وجود آمد . فرقه ناووسیه یکی از این فرقی است که خواسته یا ناخواسته با عدم درک صحیح از مهدویت به مهدویت امام صادق علیه السلام گروید.
این فرقه امامت را در اولاد علی بن ابی طالب تا امام صادق علیه السلام قبول دارد ولی منکر شهادت امام صادق علیه السلام است و علاوه بر این انکار، معتقدند که امام صادق علیه السلام مهدی موعود است و نمی¬میرد بلکه از نظرها غائب شده است. چون این فرقه بر امام صادق علیه السلام تطبیق مهدویت نموده به ایشان جعفریه نیز گفته شده است.
این فرقه از انواع فرق واقفیه می باشد و این واژه اصطلاح واقفیه بر معتقدین به مهدویت برخی افراد و توقف آنها بطوریکه از دیگر اهل بیت علیهم السلام منحرف شوند اطلاق می شود. مانند واقفیه محض که قائل به مهدویت امام موسی بن جعفر علیه السلام است و همچنین باقریه که قائل به مهدویت امام باقر علیه السلام بودند.
ناووسیه نیز بخاطر اعتقادی که نسبت به امام صادق علیه السلام ابراز داشته به واقفیه جعفریه نامیده می¬شود ) ، پدید آمد و پس از شهادت امام صادق علیهالسلام و معارضه رهبران مذاهب یاد شده با امام موسی کاظم علیه السلام در مسئله امامت ، از پدیده های مهم زمان امامت آن حضرت علیه السلام بود . ولی بیشتر اصحاب امام صادق علیه السلام از عبدالله اَفْطَحْ اطاعت نکردند، و گرایش آنان به امام موسی کاظم علیهالسلام ، استمرار راه امامت و ولایت را به همراه داشت.
- مرگ منصور دوانیقی، در سال 158 هجری، و به خلافت رسیدن ابوعبدالله مهدی عباسی، فرزند منصور و بنابر ترس خلفای عباسی از ظهورامام منتظر (ع) که زمین را پر از عدل و دا می کند بعد از اینکه از ظلم و ستم لبریز شد ، خلیفهء جدید عباسی امام موسی کاظم علیه السلام را به بغداد احضار و زندانی نمود و حتی بعد از مهدی عباسی نیز ، خلیفه هادی عباسی نیز بر اساس همین ترس سنتی خلفای عباسی که می دانستند که حکام فسق و جور هستند و به غلط تصور می کردند که امام موسی کاظم علیه السلام همان مهدی منتظر است ، دستور داد امام موسی کاظم را در بغداد زندانی کنند .
- مبارزات منفیِ امام موسی کاظم علیه السلام با دستگاه حکومتیِ هارونالرشید، در مناسبتهای گوناگون. مانند این سخن که همواره به پیروان خود می فرمود ((ای فلان اتق الله و قل الحق و ان کان فیه هلاکک فان فیه نجاتک.و دع الباطل و ان کان فیه نجاتک فان فیه هلاکک )) یعنی خود را از غضب خدا حفظ کن و سخن حق را بی پروا بگو هر چند نابودی تو در آن باشد.اما بدان که حق موجب نابودی نیست،نجات دهنده است.باطل را همواره رها کن هر چند نجات تو در آن باشد،و باطل هیچگاه نجات بخش نبود ،بالاخره سبب نابودی می شود.
- بدگویی و سعایت علی بن اسماعیل، برادرزاده امام موسی کاظم علیه السلام از آن حضرت، نزد هارون الرشید با توطئهچینی یحیی برمکی، وزیر اعظم هارون.
- دستگیری امام کاظم علیه السلام در مدینه و فرستادن آن حضرت به زندان عیسی بن جعفر در بصره، به دستور هارونالرشید، در سال 179 هجری. و انتقال امام علیه السلام از زندان بصره به زندان فضل بن ربیع در بغداد.
- انتقال امام علیه السلام از زندان فضل بن ربیع به زندان فضل بن یحیی برمکی که همراه با مراعات کردن حال امام علیه السلام در زندان، توسط فضل بن یحیی بود و عکسالعمل شدید هارون به این قضیه و مجازات کردن فضل را در پی داشت .
- انتقال امام علیه السلام از زندان فضل بن یحیی به زندان سندی بن شاهکی که از بی رحمترین زندانبان های دوران هارون الرشید بود و زندان بسیار مخوفی در شهر سامرا داشت که آثار آن تا به امروز باقی مانده است .
- مسموم کردن امام علیه السلام با خرمای زهر آلود، توسط سندی بن شاهک در زندان. و سرانجام شهادت امام کاظم علیه السلام بر اثر آن مسمومیت ، در 25 رجب سال 183 هجری.
انتقال پیکر مطهر امام موسی کاظم علیه السلام به جِسر (پل) بغداد و فراخوانیِ مردم برای دیدن آن توسط مأموران هارونالرشید ، که امام علیهالسلام فردی مجهول الهویه بوده و هیچ کسی ندارد. و هنگامی که سلیمان بن جعفر بن منصور دوانیقی این تحقیر پیکر امام موسی کاظم علیه السلام، توسط مأموران حکومتی را مشاهد کرد به شدت ناراحت شد و دستور داد آن پیکر پاک و مطهر را تجهیز و تکفین مناسب و در مقابر قریش بغداد خاک سپاری کنند .