احمد پورنجاتی نماینده مجلس ششم و از چهره‌های شاخص اصلاح‌طلب، چند مورد از عصبانیت‌های سیدمحمد خاتمی را روایت کرده است.
وی در اعتماد نوشته است: «آقای خاتمی در ذهنیت افکار عمومی مردم ایران و حتی بسیاری از مردم جهان همان چهره جذاب و دوست‌داشتنی و بااخلاق «سید خندان» است؛ مردی فرهیخته که با همه فضیلت‌های علمی و اخلاقی و خانوادگی و موقعیت‌های کم‌نظیر اجتماعی همواره نماد فروتنی در برابر کرامت انسان بوده و هیچ‌گاه در فراز و فرود موقعیت‌های سیاسی و اعتباری از این خصلت کیمیاگونه فاصله نگرفته است. اما اینک در مجالی که به بهانه سالروز تولد سیدمحمد خاتمی مشهور فراهم شده، می‌خواهم چهره‌یی متفاوت از او را پیش چشم مردم ایران آفتابی کنم؛ البته این چهره متفاوت از خاتمی مشهور برای دوستان و نزدیکان او ناشناخته نیست اما دریغ است اگر نسل امروز و فردای این سرزمین سیمای تمام‌عیار یکی از محبوب‌ترین شخصیت‌های این برهه از تاریخ ایران را - که به گفته برخی «مهره مار» دارد - آن‌گونه که باید نشناسد.
می‌خواهم جلوه هایی از «خاتمی خشمگین» را به نمایش بگذارم. به گمان من سیمای اوقات تلخی‌ها و عصبانیت‌ها و از کوره به در شدن‌های آقای خاتمی بسیار جذاب‌تر، دلنشین‌تر و معمایی‌تر از سیمای مشهور و شناخته شده «سید خندان» است. افسوس که جامعه ایران مجال تماشای سیمای «خاتمی خشمگین» را نیافته است؛ هرچند همکاران نزدیک و یاران گرمابه و گلستان او بارها آن را تجربه کرده‌اند.
1- سال 71 هنوز آقای خاتمی از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی کناره‌گیری نکرده بود. یک سال پیش از آن آقای محمدی ری‌شهری به عنوان نماینده رهبری در حج تعیین شده بود و سازمان حج و زیارت به عنوان یک اداره کل زیرمجموعه سازمان حج و اوقاف و امور خیریه یکی از واحدهای تابعه وزارت ارشاد بود. من و محمد شریعتمداری که بعدها در دولت اصلاحات وزیر بازرگانی آقای خاتمی شد، آن روزها با آقای ری‌شهری در مجموعه حج همکاری می‌کردیم. به دلایل چندانی که یادآوری و تکرارش اهمیت چندانی ندارد، پیشنهاد کردیم سازمان حج از سازمان اوقاف جدا شود و رده تشکیلاتی آن از اداره‌کل به معاونت وزارت ارشاد ارتقاء یابد. آقای ری‌شهری نیز موافق بود. راه چاره قانونی این بود که دولت لایحه‌یی به مجلس تقدیم کند یا نمایندگان مجلس طرحی ارائه و تصویب کنند که قانون تشکیلات وزارت ارشاد اصلاح شود. آقای خاتمی نیز به عنوان وزیر ارشاد مخالفتی با اصل موضوع نداشت اما راه دیگری برگزیده شد؛ یک راه ساده و میانبر. سپس پیشنهاد مذکور به رئیس‌جمهور وقت آقای هاشمی رفسنجانی ابلاغ و مقرر شد موضوع در جلسه شورای عالی اداری بررسی و تصمیم گیری شود. آقای خاتمی این شیوه زیرآبی رفتن و مسیر اصلاح قانون از طریق مجاری غیر از مجلس را نمی‌پسندید.
جلسه شورای عالی اداری تشکیل شد. من و محمد شریعتمداری به عنوان مدافعان طرح پیشنهادی و آقای خاتمی - که البته با اصل طرح مخالفتی نداشت اما آن شیوه اصلاح قانون را نوعی دور زدن مجلس و قانون می‌دانست - در مخالفت سخن گفتیم. معلوم بود زور ما از منطق آقای خاتمی پرزورتر است، تصویب شد. از ساختمان ریاست جمهوری که بیرون آمدیم، آقای خاتمی برای نخستین بار آن چهره خشمگین و عصبانی اش را به من و محمد شریعتمداری نشان داد. سال‌ها بود که با او دوست و همنشین بودیم اما آن روز با اوقات تلخی گفت: «چرا راه قانون شکنی را هموار می‌کنید؟ من که برای اصلاح قانون از طریق مجلس آمادگی داشتم.» تلاش من و محمد شریعتمداری برای ماستمالی قضیه سودی نبخشید. آقای خاتمی عصبانی جمله‌یی گفت که هرگز از یاد نخواهم برد: «شما فکلی‌ها هستید که استبداد ما آخوندها را تئوریزه می‌کنید.» شاید در آن لحظه اندکی تلخ‌کام شدیم اما آیا حرف حساب، جواب دارد؟
2- سال 82 آقای دکتر معین به دلایلی از وزارت علوم کناره‌گیری کرد. آقای خاتمی، رئیس وقت دانشگاه تهران یعنی آقای دکتر رضا فرجی دانا را به عنوان وزیر پیشنهادی به مجلس ششم معرفی کرد. روز اخذ رای اعتماد آقای خاتمی به مجلس آمد و از وزیر پیشنهادی‌اش دفاع کرد. من به عنوان مخالف صحبت کردم؛ البته اعتراف می‌کنم بیش از آنکه با وزیر پیشنهادی مخالف باشم با علل و زمینه‌ها و فضاسازی‌هایی که به استعفای آقای معین انجامید، مخالف بودم اما به هرحال باید چیزی در مخالفت با وزیر جدید می‌گفتم. از سیاق سخنان من این‌چنین بر می‌آمد که گویی آقای خاتمی برای معرفی وزیر پیشنهادی کم و بیش مماشات و تمکین کرده و شخصا کاندیدای دیگری را در نظر داشته است. به این ترتیب مفهوم مخالفت من با وزیر پیشنهادی این بود که قصد کمک به آقای خاتمی را دارم تا بتواند آن‌کس را که خود صلاح می‌داند، انتخاب کند. نتیجه رای‌گیری مخالفت با وزیر پیشنهادی بود.
جلسه تمام شد. به دفتر کارم آمدم. از دفتر ریاست جمهوری نامه‌یی دست‌نویس آوردند. باز کردم، دست‌خط آقای خاتمی بود. بار دیگر سیمای خاتمی عصبانی را زیارت کردم. او نه از مخالفت من با وزیر پیشنهادی‌اش بلکه از چیز دیگری رنجیده بود از اینکه «به مردم این‌گونه القا شود که خاتمی به آنها کلک می‌زند، بر خلاف چیزی که به آن اعتقاد دارد، عمل می‌کند، با مردم رو راست نیست.» البته من قصد چنین القایی را نداشتم اما خاتمی که هیچ‌گاه به مردم دروغ نگفته بود، حق داشت عصبانی شود.
3- سال‌های 76 تا 84، من به لطف حسن ظن و محبت آقای خاتمی در طول سالیان ریاست جمهوری ایشان همواره کم یا بیش در جلسات مشاوره ایشان حضور داشتم. در تمام این سال‌ها از آغاز تا پایان همواره و بارها شاهد تکرار «سیمای خاتمی عصبانی» در یک مورد خاص بودم. هرگاه در بحث و گفت‌وگو و مشاوره پیرامون هر موضوع خواه سیاسی، فرهنگی، امنیتی یا آنچه به روابط دولت با ارکان نظام مربوط می‌شد، آقای خاتمی احساس می‌کرد او را با رهبر اپوزیسیون عوضی گرفته‌اند یا جهت‌گیری پیشنهادها رنگ و بوی مرزشکنی و نادیده‌انگاری ساختارهای قانونی نظام را دارد یا احتمالا چنین نتیجه‌یی از آن مستفاد می‌شود، بی هیچ ملاحظه‌یی عصبانی می‌شد. طرف مقابل هرچه صمیمی‌تر و خودی‌تر، آماج اوقات تلخی تیزتر و صریح‌تر. او می‌گفت: من در چارچوب همین نظام و قانون اساسی قبول مسئولیت کرده‌ام. حتی اگر قرائت یا تفسیر من با قرائت و تفسیر دیگران از قانون اساسی و اختیارات و وظایف ارکان نظام متفاوت باشد اما هرگز از محدوده نظام پا فراتر نخواهم گذاشت و کسی نباید از من چنین انتظاری داشته باشد.»
