در فتوای هسته‌ای رهبر انقلاب که در پیامشان در نخستین کنفرانس بین‌المللی «خلع سلاح هسته‌ای و عدم اشاعه» در فروردین ۸۹ منتشر شد و پس از آن به‌صورت رسمی در سازمان ملل هم ثبت شد، آمده است که ما علاوه بر اعتقاد به حرمت سلاح هسته‌ای، کاربرد «دیگر انواع سلاح‌های کشتار جمعی، نظیر سلاح شیمیایی و سلاح میکروبی را نیز ... حرام می‌دانیم.»
به گزارش سرویس بین الملل تابناک، آیت‌الله خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب در دیدار جمعی از دانش آموزان و دانشجویان به مناسبت ۱۳ آبان در پاسخ به دانشجویی که خواستار تغییر دکترین اتمی و ارائه فتوای ثانویه راجع به سلاح هسته‌ای شد فرمودند: هر آنچه که برای مقابله با دشمن لازم باشد حتما انجام می‌دهیم.
پس از فرمایش مقام معظم رهبری، «اسماعیل بقائی»، سخنگوی وزارت خارجه نیز در یک موضع گیری در خصوص سلاح هسته‌ای گفت: موضع ما در رد سلاح کشتارجمعی کاملاً واضح است، اما همانطور که رهبر انقلاب تأکید کردند، به هرچه لازم باشد برای دفاع از ایران مجهز خواهیم شد.
پیش از این نیز «کمال خرازی» رئیس شورای راهبردی روابط خارجی گفته بود: اگر تهدیدی وجودی بشود، ایران دکترین هسته‌ای خود را تغییر خواهد داد؛ ما توانایی لازم برای ساخت سلاح را داریم.
وی گفته بود: ایران ظرفیت تولید بمب هسته‌ای دارد؛ امروز هم آن ظرفیت هست، ولی ما تصمیمی برای تولید بمب هسته‌ای نداریم. اگر تهدیدی وجودی بشود جمهوری اسلامی ایران دکترین نظامی خود را تغییر خواهد داد، هنوز پابرجا هست و الان ما توانایی لازم را برای کل سلاح را داریم. مشکلی نداریم. تنها فتوای رهبری هست که این را [فعلا]ممنوع کرده».
متعاقب سخنان رهبر انقلاب برخی معتقد هستند که فتوای آیت الله خامنه ای، فتوای یک مرجع است و جنبه حکم حکومتی را ندارد و دیگران که از ایشان تقلید نمی‌کنند می‌توانند به گونه‌ای دیگر عمل کنند
متعاقب سخنان رهبر انقلاب برخی معتقد هستند که فتوای آیت الله خامنه ای، فتوای یک مرجع است و جنبه حکم حکومتی را ندارد و دیگران که از ایشان تقلید نمی‌کنند می‌توانند به گونه‌ای دیگر عمل کنند.
به نوشته «ویکی شیعه»، گفته شده در نیمه اول دهه ۱۳۹۰ش اظهارنظر و فتاوای مراجع تقلیدی مانند مکارم شیرازی، نوری همدانی، جعفر سبحانی و جوادی آملی نیز دیدگاه فقهی آیت‌الله خامنه‌ای را تأیید و تأکید کرد.
اما اشاره خرازی به فتوای آیت الله خامنه‌ای در حرمت ساخت سلاح هسته‌ای تنها عامل توقف در این زمینه را فتوای ایشان می‌داند.
در فتوای هسته‌ای رهبر انقلاب که در پیامشان در نخستین کنفرانس بین‌المللی «خلع سلاح هسته‌ای و عدم اشاعه» در فروردین ۸۹ منتشر شد و پس از آن به‌صورت رسمی در سازمان ملل هم ثبت شد، آمده است که ما علاوه بر اعتقاد به حرمت سلاح هسته‌ای، کاربرد «دیگر انواع سلاح‌های کشتار جمعی، نظیر سلاح شیمیایی و سلاح میکروبی را نیز ... حرام می‌دانیم.»
با وجود این برخی معتقد هستند فتوای رهبر انقلاب در خصوص حرمت ساخت سلاح هسته‌ای قابل تغییر است.
اخلاقی امیری، نماینده مجلس: ولی فقیه، چون جانشین پیامبر گرامی اسلام و اهل بیت در حوزه حکومتی است، این قدرت را از نظر دینی دارد تا حتی حکم اولیه را تغییر دهد
حجت الاسلام حسنعلی اخلاقی امیری، عضو کمیسیون فرهنگی مجلس دوازدهم در این خصوص می‌گوید: فتوای حضرت آقا که در سال ۸۹ در حرمت استفاده از سلاح هسته‌ای مطرح شد در جای خود محفوظ است. اما در ادبیات فقه، ما گاهی حکم اولیه و گاهی ثانویه داریم، بر اساس ضرورت‌هایی که شرایط عمومی مردم اقتضا می‌کند فقیه، خصوصا ولایت فقیه بعضی اوقات سراغ حکم ثانویه می‌رود. اما ولی فقیه، چون جانشین پیامبر گرامی اسلام و اهل بیت در حوزه حکومتی است، این قدرت را از نظر دینی دارد تا حتی حکم اولیه را تغییر دهد، با این حال ما یک پله پایین‌تر آن را بیان می‌کنیم و می‌گوییم در مواقع ضروری، فقیه می‌تواند به عنوان حکم ثانویه فتوای خودش را متناسب با مسائلی که جامعه اسلامی آن را اقتضا می‌کند تغییردهد. حفظ نظام بالاترین مصلحت است این فرمایش در کلام حضرت امام بود و حضرت آقا نیز بار‌ها برآن تاکید کردند.
وی معتقد است: نسبت بحث دکترین دفاعی ما براساس فتوای حضرت آقا در سال ۸۹ همانی است که قبلا مطرح شده است، اما امروز که رژیم جعلی و منحوس صهیونیستی متاسفانه هیچ تعهدی را قائل نیست و هیچ سازمان بین المللی و قدرت اروپایی و آمریکایی نمی‌تواند این سگ هار را کنترل کند، احساس می‌شود که این موضوع باید کارشناسی شود.
