سید مصطفی خمینی در سال ۱۳۰۹.ش، در شهر مقدس و مذهبی قم در خانه پاک و بی‌آلایش دانشمند و مجتهدی بزرگ از فضلای حوزه علمیه، فرزندی چشم به جهان گشود که بعدها منشا تحولات عظیمی در تاریخ ایران شد.
به گزارش همشهری، این نوزاد را به مناسب نام جد شهیدش - سید مصطفی- مصطفی نام نهادند. او در دامن پدری بزرگوار و مادری پاک‌سرشت و در محیطی پر از معنویت و صفا و صمیمیت رشد کرد و دوران کودکی را به پایان رساند. هفت سال از سن این مولود مبارک گذشت، و در این مدت شخصیت کودکی او رقم زده شد.
سید مصطفی در سال 1316.ش قدم به مدرسه گذاشت و برای تکمیل شخصیت خدادادی و فطری خود و نوشیدن جرعه‌های علم و دانش راهی مدرسه گردید، دوران ابتدایی را در مدرسه‌های باقریه و سنایی قم به پایان رساند.
علاقه فراوان وی به اسلام و روحانیت و راهنمایی‌های پدر بزرگوار و دوستان دلسوزش موجب گردید که بعد از اتمام دوران ابتدایی در سال 1324 به صف طلاب حوزه پیوسته و در ردیف سربازان امام زمان(عج) قرار گیرد. او در راه فراگیری علوم اهل‌بیت(ع) تلاشی بی‌وقفه و فوق‌العاده داشت و خود را به طور کامل جهت کسب دانش و علم وقف کرده بود، از این رو در اندک زمانی به رشد فرهنگی و علم بالایی دست‌یافت، و در کمتر از 6 سال دروس سطح حوزه را به پایان رساند. ایشان در این دوره از اساتیدی چون آیات بزرگوار شیخ مرتضی حائری، شهیدصدوقی، سلطانی و شیخ عبدالجواد اصفهانی بهره جست.
وی بعد از 6 سال تحصیل در 22 سالگی حدود سال 1330.ش به دوره تخصصی (خارج حوزه) خارج اصول و فقه وارد شده و در فقه و اصول از اساتیدی چون آیات عظام حجت، بروجردی، محقق داماد، امام خمینی (پدر گرامیشان)، شاهرودی، خویی، محمد باقر زنجانی و سیدمحسن حکیم، بهره برد.
سیدمصطفی علاوه بر اجتهاد در فقه و اصول، در علوم معقول و منقول نیز دارای تبحر بوده است و دانش حکمت و فلسفه را از اساتید فن و حضرات آیات فکور یزدی، والد محقق، علامه طباطبایی، سیدابوالحسن رفیعی قزوینی فراگرفته و به سن 30 سالگی نرسیده بود که جامع معقول و منقول شد.
مصطفی خمینی علاوه بر تدریس علوم اسلامی دارای آثار و تالیفات زیادی نیز می‌باشد که آثار قلمی او نشانگر عظمت علمی و فکری وی است.
او به مدت یک سال در شهر برسای ترکیه در تبعید بود اما باز آرام ننشست و سعی در بازگشت به ایران داشت و با رئیس سازمان امنیت برسای گفت و گو می‌کند تا با نصیری در مورد بازگشت وی به ایران صحبت کند، ولی نصیری شرایط گوناگونی مطرح می‌کند. گرچه او شرایط را می‌پذیرد ولی در آخر نصیری شرط می‌کند که باید در خانه روستایی خود باشد و 2نفر مامور مراقب او باشند و چنانچه کسی از جلو خانه وی عبور کند، کشته خواهد شد. با این شرط سیدمصطفی منصرف می‌شود.
مصطفی همراه پدر بزرگوارش سال 1344 از ترکیه به عراق تبعید می‌شوند و روز جمعه 23مهر 44 وارد نجف اشرف می‌شوند. رژیم شاه از حرکات سیدمصطفی بعد از تبعید امام به ترکیه به وحشت افتاده بود، زیرا وی هسته مبارزاتی کانون‌های گرم فعالیت علیه حکومت گشته بود و از جمله این حرکتها، ترور حسن‌علی منصور بود که شهید بخارایی در دادگاه موقع بازجویی و محاکمه علنا اعلام می‌کند :وقتی شما مرجع تقلید مرا از کشور تبعید می‌کنید، من هم شما را از این جهان تبعید می‌کنم.
یکی از طرحهای سیدمصطفی برای حفاظت از جان امام، که هم رژیم ایران و هم رژیم عراق از ایشان ناراضی بودند، این بود که طلاب و شاگردان روحانی حضرت امام را تشویق می‌کرد آموزش نظامی ببینند و حفاظت از جان امام را بر عهده آنها گذاشت که در همین رابطه تعداد زیادی از یاران امام در نجف و لبنان دوره‌های نظامی دیده و از سال 1355.ش به طور کامل حفاظت از جان امام را بر عهد گرفتند.
سیدمصطفی در عراق نیز از مبارزه دست نکشید و به دنبال اوجگیری نهضت رهایی‌بخش فلسطین، تلاش فوق‌العاده‌ای به عمل آورد تا برادران روحانی خارج از کشور به پایگاه‌های فلسطین بروند و در آن جا دوره ببینند. خود ایشان هم با اسلحه سنگین دوره دیده بود و آن طور که خودشان نقل می‌کردند، حتی مجوز هدایت تانک را نیز داشتند. وی در منزل خود هم اسلحه‌هایی تهیه کرده‌بود و طلابی را که هنوز در مرحله ابتدایی و به پایگاه‌های فلسطین نرفته بودند در آن جا آموزش می‌داد. وی توجه ویژه‌ای به مبارزه مسلحانه داشت و از این که مسلمانان چرا آموزش نظامی نمی‌بینند اظهار تاسف و تاثر می‌کرد.
فعالیتهای ایشان سبب شد که در 21 خرداد 1348.ش به دنبال برانگیختن آیت‌الله العظمی حکیم بر ضد رژیم بعث، دستگیر و به بغداد برده شد، و رئیس جمهور وقت (حسن البکر) به او هشدار داد که اگر مردم را بر ضد این رژیم تحریک کند و با مخالفان رژیم عراق در ارتباط باشد، تصمیمی درباره‌تان می‌گیرم که ممکن است موجب ناراحتی پدرتان شود و جالب این که همین تهدید را سپهبد نصیری در سال 1342.ش کرده بود.
ترس از فعالیتهای سیدمصطفی عاقبت باعث شد که حکومت ایران و عراق تهدیدشان را عملی کنند و تصمیمی را که قبلا گرفته بودند، به انجام رساندند و شب یکشنبه اول آبان 1356.ش سیدمصطفی را در حالی که 47 بهار از عمرش گذشته بود به طرز مشکوکی مسموم و به شهادت رسانند.
تالیفات شهید سید مصطفی خمینی:
القواعد الحکمیه (حاشیه بر اسفار)
کتاب البیع (دوره کامل مباحث استدلالی بیع در سه جلد)
مکاسبه محرمه (در دو جلد)
مبحث اجاره
مستند تحریرالوسیله
تعلیقه‌ای بر عروة الوثقی
تفسیرالقرآن الکریم (در چهار جلد که ناتمام می‌باشد)
تحریرات فی‌الاصول (از اول اصول تا استصحاب تعلیقی)
شرح زندگانی ائمه معصومین (ع) تا زندگانی امام حسین (ع)
کتاب الاصول
القواعد الرجالیه
کتابی در مبحث نکاح
حاشیه بر شرح هدایه، ملاصدرا
حاشیه بر مبداء و معاد ملاصدرا
حواشی بر وسیله النجاة آقا سید ابوالحسن اصفهانی
تطبیق هیئت جدید بر هیئت نجوم اسلامی
حاشیه بر خاتمه مستدرک
