گفتنی است، شرکتهای حمل و نقل که اقدام به ترانزیت کالا میکنند بایستی ضمانتهای لازم را در اختیار گمرک ایران قرار دهند تا در صورت وقوع هر گونه تخلف یا قاچاق کالا امکان استیفای حقوق دولت فراهم شود. این درحالی است که برای ارائه تسهیلات بیشتر به این شرکتها امکان وثیقه گذاری بُنهای بیمه به جای ضمانت نامه گران قیمت بانکی از سوی شرکتهای مختلف فراهم شده تا رویه ترانزیت خارجی در کشور تسریع شود.
پیش از این نهادهای نظارتی به گمرک ایران تاکید کرده بودند تسهیلات مربوطه به شرکتهای متخلف قطع شود. بر این اساس در سال 1393 دفتر ترانزیت گمرک ایران در بخشنامه‌ای شرکتهای متخلف را در دو گروه بند1 و بند 2 قرار میدهد. شرکتهای بند 1 شرکتهای متخلفی هستند که تخلف انها در مرجع قضایی محرز شده و بایستی برای ادامه فعالیت تا سه برابر ارزش کالا ضمانت نامه بانکی وثیقه کنند. شرکتهای بند 2 نیز شرکتهایی هستند که از نظر گمرک متخلف هستند اما هنوز درمراجع قضایی این موضوع در دست بررسی است. برای ادامه فعالیت این شرکتها ضمانت نامه بانکی معادل ارزش کالا دریافت می‌شود.
در گمرک ایران سامانه‌ای به نام سامانه احراز ترانزیت وجود دارد که شرکتهای بر حسب سوابق خود یا در این 2 گروه و یا در شرایط نرمال قرار گرفته و می‌توانند از تسهیلات بن بیمه استفاده کنند.در این بین شفاف سازی عملکرد این سامانه در سنوات اخیر ضروری به نظر می‌رسد.
اخیرا و با جدی شدن برخی ابهامات در حوزه ترانزیت بازرسی گمرک ایران به این موضوع ورود کرده است و بایستی گزارشی شفافی از مجموعه پیگیریهای انجام شده اعلام شود.
بازرسی گمرک ایران در دور اخیر شاهد حضور مدیران با سابقه‌ای درحوزه نظارت و بازرسی است که به نظر می‌رسد موضوع ابهامات ترانزیت یک آزمون مهم برای آنها محسوب خواهد شد.
