آیت الله خامنه ای که همزمان با شهادت شهید چمران، نمایندگی امام در شورای عالی دفاع را برعهده داشتند در جلسه علنی مجلس در اول تیر۱۳۶۰بیانات کوتاهی را در باره شهادت دکتر مصطفی چمران بیان کردند.
به گزارش جهان، حضرت آیت الله خامنه ای بیان داشتند:
درباره برادر شهید عزیزمان دکتر چمران هیچ زبان وبیانی من نمیتوانم ستایش خودم را نسبت به این برادر شهید و عزیز و تاسف خودم رااز فقدان او به عرض شما برسانم و نکته ای را که من در مورد ایشان لازم میدانم بگویم این است که ایشان در طول مدت این دو سال، که ما با ایشان همکاری مستمری داشتیم یعنی از دوران دولت موقت، همکاریهای نزدیکی ما با مرحوم دکتر چمران داشتم، در زمینه های مختلف یک لحظه من دکتر چمران را متخطی از خط ولایت فقیه نیافتم. ایشان فرمان امام را، امر امام را، عشق به امام را از همه صبغه‌ها و رنگهایی که در عالم سیاست و خطوط سیاسی وجود دارد مرجح می دانست و این خصوصیت دکتر چمران بود.
