دانشگاه ورزشی پرحاشیه پرسپولیس که در تاریخ ۱۱ آذر ۱۳۹۱ با سرمایه‌گذاری این باشگاه دولتی در زمان مدریت محمدرضا رویانیان افتتاح شده بود، سرانجام تعطیل شد.
به گزارش تابناک ورزشی، هدف رویانیان از این اقدام تشویق هواداران این تیم برای ادامه تحصیلات و توسعه رشته‌های ورزشی که کمتر در دیگر دانشگاه‌های کشور تدریس می‌شد، بود. در آن زمان مدیرعامل وقت سرخپوشان وعده داد در کمتر از ۶ ماه این دانشگاه را توسعه دهد. رویانیان برای مدیریت دانشگاه داریوش سودی را انتخاب کرد. همچنین محمدرضا زادمهر، جعفر کاشانی و حسین کلانی از افراد هیات موسس آن بودند.
در نهایت این دانشگاه بعد از یک سال فعالیت در ۱۶ رشته و ۱۶۰۰ دانشجو کار خود را پیش برد. بعد از مدتی این دانشگاه به مرحله خودکفایی در درآمدزایی رسید. در دوره مدیریت طاهری در باشگاه که مصادف با حضور گودرزی به عنوان وزیر ورزش در وزارت ورزش و جوانان بود، وی تصمیم به تعطیلی این دانشگاه گرفت، اما مخالفت‌های زادمهر، کلانی و مرحوم کاشانی باعث شد تا این اتفاق نیفتد، اما مدیریت دانشگاه تغییر پیدا کرد.
در نهایت در زمان مدیریت ایرج عرب هیات مدیره باشگاه پرسپولیس مصوب کرد که دانشگاه باید تعطیل شود، اما این مصوبه همزمان با تغییرات مدیریتی در این باشگاه روبرو شد و محمد حسن انصاری فرد به مدیریت باشگاه رسید.
وی با توجه به توصیه‌های جعفر کاشانی که در بستر بیماری بود و با وجود مصوبه هیات مدیره با تعطیلی دانشگاه مخالفت کرد و در پی این مخالفت بار دیگر سودی را به مدیریت دانشگاه منصوب کرد. جعفر کاشانی به هدف زنده کردن شعار اول اخلاق، بعد درس و سوم ورزش قصد داشت تا جوانان به خصوص آن‌هایی که به پرسپولیس علاقه داشتند ابتدا به فکر ادامه تحصیل باشند.
اما به دلیل تغییرات در مدیریت دانشگاه و بی توجهی به رسیدگی آن باعث شد تا این دانشگاه از ۱۶۰۰ دانشجو به ۵۰۰ نفر و از ۱۶ رشته به ۳ رشته کاهش پیدا کند و از طرفی از نظر مالی روی دوش باشگاه هزینه انداخته بود و درنهایت با درخواست جعفر سمیعی مدیرعامل پرسپولیس این دانشگاه کارش به تعطیلی کشید.
سرانجام با درخواست باشگاه پرسپولیس موافقت شده و همکاری آن با دانشگاه علمی و کاربردی خاتمه پیدا کرده و قرار شده همان تعداد اندک از دانشجویانی که باقی مانده بودند به دانشکده دیگری منتقل شوند.
از نکات قابل توجه در مورد دانشگاه پرسپولیس این است که معمولا هر گاه نمایندگان‌ای اف سی برای بازدید از امکانات این باشگاه به تهران سفر می‌کردند این دانشگاه یکی از مواردی بود که مورد توجه نمایندگان کنفدراسیون فوتبال آسیا قرار می‌گرفت و حتی زمانی که بلاتر رئیس فدراسیون جهانی فوتبال در این سمت بود در بازدیدی که در تهران داشت به مدیر وقت این دانشگاه قول داد که بین این دانشگاه و فیفا تعامل ایجاد شود.
اسکندر مقدونی با نامردی پارسه وتخت جمشید رو آتش زد، حالا چرا نام این مکان عظیم باید براساس گویش یونانیان باشد؟نام تیم که هیچ نام دانشگاه رو هم میگذارندبعد خود را وطن پرست هم میدانند 
دقیقا چه ربطی داشت؟در نقاط بسیاری در جهان نام اون مکان هم به نام "پرسپولیس"معروفه.من نمیدونم علت نامگذاری اون باشگاه به "پرسپولیس" دقیقا چی بود ولی اگر مثلا اسم باشگاه "پرسپولیس"،"تخت جمشید"باشه،چند درصد از مردم دنیا از اون نام پی میبرن که اون همون محل تخت جمشید در ایرانه؟ از نظر تو آیا اگر هم چون بریتانیا در دوره هایی از خلیج فارس هم به منافع ایران ضربه زد،تیمی از ایران در سطح جهان با ترجمه انگلیسی واژه "پارس"نباید وجود داشته باشه؟ تو نظرت در مورد پانترکیسم چیه؟نحوه جواب دادنت به این سوال شاید بتونه تا حدی هدف و نیت واقعیت از نوشتن این نظرت و اینکه چقدر واقعا ایران دوست هستی رو در این قسمت مشخص کنه؟