نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی مستند داستان اتم درباره برجام را غیرمنصفانه توصیف کرد و آن را «گاندوی دوم» نامید.
علی مطهری در یادداشتی با عنوان «داستان اتم یا گاندوی دوم» که در اختیار ایسنا گذاشت، نوشت: «مستند داستان اتم که روز جمعه از شبکه ۳ سیما پخش شد در واقع تحریف تاریخچه برجام بود. آنچه در مجموع از این برنامه برداشت می‌شد این بود که برجام کلاهی بوده که توسط آمریکایی‌ها و اروپایی‌ها سر ایران گذاشته شده و در داخل کشور نیز عواملی مانند آقایان روحانی، ظریف و علی لاریجانی با آن‌ها هماهنگ بوده و احیاناً خیانت کرده‌اند. این برنامه به عوام‌فریبی و مغالطه پرداخته و تصویب ۲۰ دقیقه‌ای جزئیات برجام در مجلس را تلویحاً خیانت معرفی کرد، در حالی که اولاً برجام نیاز به تصویب مجلس نداشته و توافقی اجرایی بین دولت‌ها بوده است؛ همان طور که کنگره آمریکا و مجالس کشور‌های اروپایی برجام نیز وارد آن نشدند.
ثانیاً تصویب ۲۰ دقیقه‌ای جزئیات آن صرفاً برای اعلام «آری» یا «نه»ی مجلس بوده، زیرا مجلس هیچ‌گاه وارد جزئیات این گونه توافق‌ها نمی‌شود، اما درباره کلیات آن چند ماه در جلسات علنی و غیرعلنی مجلس بحث شد و کارشناسان فنی و سیاسی و نمایندگان نظر دادند تا هر نماینده‌ای به نقطه آری یا نه رسید؛ بنابراین حتی ۲۰ دقیقه هم برای تصویب آن زیاد بود.
البته مذاکره کنندگان ما توجه داشتند که برجام یک توافق الزام‌آور نیست و بهتر است مصوبه کنگره آمریکا را داشته باشد، اما، چون احتمال تصویب آن در کنگره را ضعیف می‌دانستند قطعنامه ۲۲۳۱ شورای امنیت سازمان ملل را پشتوانه آن قرار دادند و هرگز فکر نمی‌کردند که آدم بی‌چشم و رویی مثل ترامپ حتی قطعنامه سازمان ملل را هم زیر پا بگذارد.
مستند داستان اتم با زیرکی مذاکره کنندگان برجام را یک طرف قرار داد و مقام رهبری را طرف دیگر. گویی مذاکره‌کنندگان راه خودشان را می‌رفته‌اند و رهبری هم راه دیگری داشته‌اند. این در حالی است که شروع مذاکرات و محتوای آن و امضای برجام همه با نظر مقام رهبری بوده است و نباید حساب ایشان را جدا کرد. اگر رهبر انقلاب توصیه‌هایی داشته‌اند، این، وظیفه یک رهبر و روش رهبری است که همیشه ایده‌آل‌ها و سقف مطالبه را اعلام کند تا مذاکرات به نفع ما پیش برود، و الاّ احتمالا خود ایشان هم می‌دانستند که طرف مقابل زیر بار برخی از این توصیه‌ها نمی‌رود و تا آنجا که زورمان می‌رسد پیش می‌رویم.
نکته سوم در مستند مذکور این بود که این مستند هیچ اشاره‌ای به کارشکنی‌های مخالفان اجرا شدن برجام پس از امضای آن نکرد. همه می‌دانیم که بخشی از حکومت مصمم بود که برجام اجرا نشود و برای رسیدن به این هدف خود از هیچ اقدامی نظیر ترساندن متقاضیان سرمایه‌گذاری خارجی در ایران و موشک‌پراکنی بی‌موقع و مخالفت با قرارداد‌هایی نظیر قرارداد خرید هواپیما از بوئینگ و ایرباس و معطل کردن قرارداد‌های نفتی دریغ نکردند. بدیهی است که اگر کل حکومت مصمم به اجرای برجام بود و قرارداد‌های اقتصادی با شرکت‌های اروپایی و آمریکایی بسته می‌شد خروج ترامپ از برجام نیز به این آسانی نبود. در واقع تندرو‌های ما شاید ناخودآگاه و شاید برای انتقام‌گیری سیاسی با تندرو‌های آمریکا و با اسرائیل و عربستان همصدا و همراه شدند تا برجام اجرا نشود.
نکته چهارم این که مستند داستان اتم به این موضوع نپرداخت که اگر برجام کلاهی بوده که بر سر ایران گذاشته شده و به ضرر ایران است چرا آمریکا از آن خارج شد و اکنون نگران ادامه آن است و ترامپ بار‌ها اعلام کرد که کلاه بزرگی سر آمریکا رفته است و حتی وزیر خارجه‌اش بر زبان می‌آورد که اگر برجام ادامه پیدا کند به زودی ایران از تحریم خرید و فروش سلاح خارج می‌شود و در سال ۲۰۲۵ مانند سایر کشور‌های هسته‌ای می‌تواند غنی‌سازی اورانیوم داشته باشد و قید و بند‌های فعلی از بین می‌رود، ضمن این که کسانی که می‌گفتند برجام صنعت هسته‌ای ما را نابود کرد دیدند که ایران ظرف چند روز غنی‌سازی را از سطح ۶۷/ ۳ افزایش داد و صنعت هسته‌ای سر جای خودش است.
به هرحال مستند داستان اتم از انصاف به دور بود و می‌توان گفت: گاندوی دوم بود.»
