تهدید امریکا برای حمله به افغانستان که ۱۶ مهر این سال شروع شد و ارتباط این تحولات با ایران یکی از موضوعات جلسه بود، هاشمی رفسنجانی در خاطرات این روز خود به دیدار با رهبری اشاره کرده و می‌نویسد: "شب میهمان رهبرى بودم. گفتند، شوراى عالى امنیت ملی را راهنمایى کرده‌اند که از همکارى با آمریکا پرهیزکنند و اقداماتی‌که بوى ضعف و سازش بدهد، نکنند. ازکم‌کارى و عدم جمع‌بندى آنها ناراضى‌اند. "ایران در جریان حمله امریکا به افغانستان با واشنگتن همکاری کرد.
در آبان‌ماه سال ۱۳۸۸ بخشی از خاطرات رایان کراکر سفیر سابق امریکا در عراق و افغانستان مورد توجه قرار گرفت، او نوشته بود: یک هفته پس از حملات یازده سپتامبر در سال ۱۳۸۰ و در جریان مذاکرات ژنو با چند دیپلمات ایرانی، مذاکراتی درباره حمله به افغانستان داشته است.
کراکر نوشته بود: آنچه که برایم جالب‌تر از همه بود، اشتیاق آنان نسبت به اعزام نیرو‌های آمریکا، همان «شیطان بزرگ»، به حیاط خلوت ایران یعنی افغانستان بود. اوایل اکتبر، یعنی تقریبا یک ماه پس از حملات ۱۱ سپتامبر، ما پشت میز یکی از سالن‌های کنفرانس سازمان ملل نشسته بودیم و در مورد ساختار پارلمان بعد از طالبان صحبت می‌کردیم. یکی از دیپلمات‌های ایرانی رفته رفته به تنگ آمد و سرانجام سرپا ایستاد و تقریبا با فریاد گفت که ما نباید در مورد «چه باید باشد» صحبت کنیم. تا زمانی که رژیم کنونی -در افغانستان- بر سر کار است، هیچ کدام از این حرف‌ها سودی ندارد. سپس او اتاق را ترک کرد. بمباران افغانستان توسط آمریکا چند روز بعد آغاز شد. " حسین موسویان، رئیس کمیته روابط خارجی شورای عالی امنیت ملی ایران در زمان حمله آمریکا به افغانستان نیز طی گفت و گویی درباره همکاری ایران با آمریکا در حمله به افغانستان می‌گوید: "وقتی که آمریکا تصمیم به جنگ با طالبان گرفت، جبهه شمال متفقا مایل به همکاری با آمریکا برای سرنگونی طالبان بودند. ایران هم با خواست جبهه شمال مخالفت نکرد. "
روح الله امین آبادی/مورخ
