شورای نگهبان کار خود را در ۲۶ تیر ۱۳۵۹ آغاز کرد و جنتی از همان دوره به عضویت این نهاد منصوب شد. او در دوره‌های اول و دوم، فقط به‌عنوان یکی از فق‌ها ایفای نقش می‌کرد و از دوره سوم یعنی از سال ۷۱ تاکنون، دبیر بوده است.
به گزارش «تابناک» به نقل از روزنامه شرق، حضور جنتی از ابتدای انقلاب تاکنون در شورای نگهبان از این جهت بسیار شایان توجه است که او تجربه حاکمیت هر دو قانون اساسی بر این نهاد را دارد.
جنتی و انتخابات مجلس‌های ششم و هفتم
در انتخابات مجلس ششم نقش جنتی بسیار مهم است. او پس از برگزاری انتخابات و پیروزی قاطع اصلاح‌طلبان مدعی تخلف گسترده شد و درباره این موضوع به مقام معظم رهبری نامه‌ای نوشت.
در آن نامه آمده بود: «محضر مبارک مقام معظم رهبری، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای مدظله‌العالی، با سلام؛ احتراما همان‌طورکه مستحضرند، پس از بررسی ۵۲۸ صندوق توسط هیئت اجرائی و هیئت نظارت در اواخر سال ۱۳۷۸، پرونده انتخابات حوزه انتخابیه تهران در اواخر اسفند ۱۳۷۸ به شورای نگهبان ارسال شد. در این پرونده شکایت چند تن از داوطلبان نمایندگی وجود داشت که مطابق قانون، شورای نگهبان باید به آنها رسیدگی می‌کرد. شورای نگهبان به‌منظور رسیدگی به شکایت یادشده و همچنین رفع و دفع برخی شبهات علاوه بر موارد شکایت، تعداد دیگری از صندوق‌ها را مورد بررسی قرار داد و مجموعا ۸۶۷ صندوق مورد بازشماری قرار گرفت و متأسفانه با برخی از اشکالات و تخلفات شکلی و ماهوی برخورد شد، از جمله: مغایرت تعداد تعرفه‌ها و برگ‌های رأی، وجود آرایی که دارای مهر نظارت نیستند، آرای با دو خط، مغایرت تعداد آرای مردم داخل صندوق با بازشماری مجدد، فقدان فرم که باید داخل صندوق باشد، پارگی لفاف صندوق‌ها، نبودن لاک و مهر بر روی برخی از صندوق‌ها و تخلفات دیگر... در این شرایط شورای نگهبان در برابر این امر دشوار قرار گرفته است که چنان‌چه بخواهد به همین ترتیب بازشماری را ادامه دهد، با توجه به تجربه بازشماری تا این مرحله و با توجه به موانع و مشکلات ناشی از بررسی‌های صندوق‌ها و طول مدت بازشماری تا این مرحله، بازشماری کامل به مدت طولانی دیگری نیاز دارد که شاید در شرایط کنونی امکان اقدام به آن وجود نداشته باشد و علاوه بر این به مصلحت مردم و مجلس نیست و با توجه به نتایج کنونی، شورای نگهبان نمی‌تواند صحت انتخابات را تأیید کند. با عنایت به آنچه گذشت، شورای نگهبان مصلحت دید که موضوع و مسائل مربوط به آن را به استحضار حضرت‌عالی برساند و از آن مقام معظم تقاضای راهنمایی کند. شرح و تفصیل تخلفات مزبور در ضمایم پیوست تقدیم می‌شود».
مقام معظم رهبری هم ضمن آنکه دستور دادند صندوق‌های مخدوش را باطل کنند؛ اما از ابطال انتخابات خودداری کردند و گفتند بعد از باطل‌کردن صندوق‌های مخدوش نتیجه اعلام شود.
در نامه رهبر انقلاب آمده بود: «در پاسخ به نامه آقایان محترم درمورد انتخابات تهران، ابتدائا لازم می‌دانم از تلاش مسئولانه آن شورا در پاسداری از آرای انتخاباتی ملت شریف ایران، از دقتی که در عمل به وظیفه بزرگ امانت‌داری، به کار برده‌اید صمیمانه تشکر کنم. بی‌شک خدمات مرارت‌بار و پررنجی از این قبیل، پاسخ شایسته مسئولان به این ملت بزرگ و وظیفه‌شناس و لازمه شکرگزاری نعمت نظام اسلامی در برابر خداوند متعال است. این‌جانب پس از قدردانی و تشکر از تلاش‌های آقایان محترم و دیگر دست‌اندرکاران انتخابات، نکات زیر را اعلام می‌دارم: ۱- صندوق‌هایی که مخدوش‌بودن آن از نظر شورای نگهبان به اثبات رسیده است و با معیارهای آن شورا قابل تأیید نیست، باید ابطال گردد. ۲- به نظر می‌رسد که بازشماری بقیه صندوق‌ها که طبق آنچه در نامه خود مرقوم داشته‌اید جز در مدتی طولانی ناممکن و برخلاف مصلحت است، وظیفه‌ای شرعی و قانونی را متوجه آن شورا نمی‌سازد، زیرا وجود تخلف در آنها محرز نیست. ۳- وضعیت منتخبان تهران با توجه به کلیه صندوق‌ها به‌جز آنچه در بند یک آمده است، ملاحظه و نتایج آن به‌عنوان نتایج قطعی انتخابات تهران اعلام شود. ۴- دستگاه قضائی و بازرسی موظف‌اند عاملان تخلف در صندوق‌های مخدوش را شناسایی و تحت تعقیب قانونی قرار دهند. در پایان از خداوند متعال توفیق و کمک به آقایان محترم و همه خدمتگزاران به کشور و نظام مقدس اسلامی را مسئلت می‌کنم».
ماجرا در انتخابات مجلس هفتم متفاوت بود و این‌بار اصلاح‌طلبان به‌شدت از شورای نگهبان انتقاد کردند، زیرا تعداد زیادی از نامزد‌های آنها ردصلاحیت شدند و در واکنش به ردصلاحیت‌ها ۱۳۹ نماینده در اعتراض به عملکرد شورای نگهبان، در مجلس تحصن کردند. احمد جنتی درباره مجلس ششم گفته بود: «هر زمان که رادیو را روشن می‌کردیم تن ما می‌لرزید».
جنتی و انتخابات سال ۸۸
همواره شائبه‌ای وجود داشته است که آیت‌الله جنتی و برخی از اعضای شورای نگهبان وقت از محمود احمدی‌نژاد حمایت کردند. آیت‌الله جنتی در خطبه‌های ١٧ آبان ٨٧ حمایتی تمام‌قد از دولت احمدی‌نژاد داشت و گفت: «ریخته‌اند به جان دولت، هرچه می‌خواهند می‌گویند. کور خوانده‌اند که یک روزی مردم مملکت را دودستی تقدیمشان می‌کنند».
آیت‌الله احمد جنتی در یکی از گفتگو‌های خود هم گفته بود: «حمایت من از آقای رئیس‌جمهور به دلیل این است که غالبا مواضع و شاخصه‌های وجودی رئیس‌جمهور را می‌پسندم؛ مانند ساده‌زیستی، تواضع، پرکاری، عدالت‌خواهی صادقانه، علاقه به خدمت به محرومین، شهامت و شجاعت در اقدام به کار‌های سنگین و احیانا خطرناک، مبارزه با ظلم و فساد و استکبار و سلطه‌طلبان زورگو در حد تحقیر آنها و برخورد از موضع قدرت با آنها، ابتکار در عمل که همیشه حرف اول را مبتکران می‌زنند. این مجموعه خصالی است که من در هر که باشد او را دوست دارم و از او حمایت می‌کنم و این خصال در افراد گذشته وجود نداشته یا کمتر وجود داشته است و مردم هم به همین دلیل، آن آرای بالا را به او دادند».
آیت‌الله محمد مؤمن، دیگر فقیه شورای نگهبان، نیز اعلام کرد: «من آقای احمدی‌نژاد را از سه نامزد دیگر بهتر می‌دانم. باید فردی از سوی مردم انتخاب شود که صلاحیت لازم برای اداره مملکت داشته باشد و خواسته و دستورات پیامبر (ص) و امامان (ع) را برآورده سازد».
آیت‌الله محمد یزدی رئیس اسبق قوه قضائیه، دیگر فقیه شورای نگهبان هم اعلام کرد که نظر جامعه مدرسین در انتخابات ۸۸ احمدی‌نژاد است. در بخشی از این بیانیه آمده بود: «جناب آقای احمدی‌نژاد در مقایسه با سایر افراد به ارزش‌های اسلامی توجه بیشتری داشته و شاخص‌های موردنظر امام و رهبری را رعایت می‌نماید. نظر شخصی بنده به‌عنوان یکی از اعضای جامعه مدرسین قبلا اعلام شده است و مجددا عرض می‌کنم به‌هیچ‌وجه مجوز شرعی برای عبور از آقای احمدی‌نژاد را ندادیم و البته این نظر شخصی بنده می‌باشد».
از میان حقوق‌دانان شورای نگهبان نیز غلامحسین الهام و ابراهیم عزیزی، دو حقوق‌دان شورای نگهبان، به‌ترتیب در دولت نهم عهده‌دار وزارت دادگستری و معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رئیس‌جمهور بودند. عزیزی حتی در میتینگ تبلیغاتی رئیس‌جمهور در مصلای تهران حضور پیدا کرد.
حمایت از محمود احمدی‌نژاد همواره با تکذیب آیت‌الله جنتی مواجه شده است. محمدرضا باهنر در سال ۹۶ درباره موضع آیت‌الله جنتی درخصوص احتمال نامزدشدن احمدی‌نژاد در انتخابات ریاست‌جمهوری گفته بود: «فکر می‌کنم اسفندماه بود. من حضرت آیت‌الله جنتی را در یکی از جلسات مجمع تشخیص دیدم. بعد از این بود که حضرت آقا سفارش کرده بودند که آمدن احمدی‌نژاد به مصلحت نیست. به آقای جنتی گفتم احمدی‌نژاد کاندیدا می‌شود. گفت: واقعا کاندیدا می‌شود؟ گفت: خبر داری؟ گفتم به‌هیچ‌وجه؛ فقط تحلیل دارم. آیت‌الله جنتی خیلی تعجب کرد و گفت: اگر نامزد بشود یعنی به دنبال فتنه است. یادم هست آن زمان به کسی دیگر نگفتم».
به نظر می‌رسد که به‌هرحال نظر آیت‌الله جنتی در سال‌هایی که گذشت، نسبت به احمدی‌نژاد تغییر کرد و حتی اگر به گفته خودش از او حمایت مستقیم نکرده باشد، اما انکارشدنی نیست که در سال‌های گذشته زاویه نگاهی بین او و احمدی‌نژاد وجود نداشت، اما در گذر ایام این اختلاف‌نظر‌ها ایجاد شد.
اصلاح‌طلبان در انتخابات سال ۸۸ نسبت به نتیجه آرا نیز اعتراض‌هایی داشتند که موضع آیت‌الله جنتی همواره بر صحت انتخابات بود.
آیت‌الله جنتی همواره موافقان و منتقدانی داشته است؛ برخی فعالیت او و نوع نگاهش نسبت به احراز صلاحیت‌ها را می‌پسندند، زیرا معتقدند که شیوه نظارتی شورای نگهبان اجازه ورود هر نیرویی را نمی‌دهد و در مقابل برخی دیگر معتقدند که شیوه نظارت استصوابی باعث واردنشدن نیرو‌هایی کارآمد می‌شود. نوع مواجهه فعالان سیاسی با آیت‌الله جنتی همواره متفاوت بوده است و او گرچه سال‌های متمادی سکان‌دار شورای نگهبان بوده، اما هیچ‌وقت از اثرگذاری نیفتاده است.
