فرهاد رهبر را زمانی که ریاست سازمان مدیریت و برنامه ریزی را بر عهده داشت، همه با آن نامه معروفش به احمدی نژاد می شناسند، نامه ای که خود فرهاد رهبر در آن گفته بود با ارسال آن قصد مکدر کردن رئیس جمهور را ندارد. وی حتی برای اینکه اقتدار رییس جمهور را حفظ کند، نوشته بود علی رغم مخالفت هایش با تصمیم رئیس جمهور درباره سازمان مدیریت، پیشنهادی دارد که حضورا عرض خواهد کرد. پیشنهادی که مشخص نشد بالاخره عرض شد یا نشد.
نامه فرهاد رهبر به رئیس جمهور و مخالفت وی با تصمیمات اقتصادی رئیس جمهوری، به مهر ماه سا 85 بر می گردد، نامه ای که کمتر از یک ماه پس از نگارش آن، فرهاد رهبر برکنار شد.
در آن نامه، رهبر، اقداماتي نظير واگذاري مسووليت هيات عالي گزينش به معاون اجرايي، انتقال شوراي عالي اشتغال به وزارت ، واگذاري مسووليت هماهنگي اجراي تبصره 13 قانون بودجه سال 1385 به مجموعه‌اي ديگر و ايجاد تشكيلات موازي در اين راستا، ايجاد واحدي موازي با معاونت فني سازمان مديريت و برنامه‌ريزي كشور ، را نمونه‌هايي از تصميم‌گيري‌هاي رئیس جمهور در راستاي انحلال تدريجي سازمان مديريت و برنامه‌ريزي كشور دانسته بود.
به هر حال رئیس جمهور، انتقادات فرهاد رهبر را تحمل نکرد و او را بر کنار کرد، در جلسه تودیع وی، رئیس جمهور ضمن تمجید از فرهاد رهبر گفت که درهای دولت به روی وی باز است و او در جای دیگری خدمت خواهد کرد. این جای دیگر هم جایی نبود جز دانشگاه تهران. دانشگاه مادر در ایران. جایی که فرهاد رهبر در آن کسوت استادی داشت.
دوران پنج سال و چند ماهی که فرهاد رهبر ریاست دانشگاه تهران را بر عهده داشت ، علیرغم انتقادات فراوانی که به کار او وارد بود، هیچگاه بین او و رئیس جمهور اختلافاتی که علنی شود به وجود نیامد، اما به ناگاه در آخرین روزای سال نود ویک، رئیس جمهور خواستار عزل فرهاد رهبر و رئیس دانشگاه تربیت مدرس به دلیل امنیتی کردن جو دانشگاه ها شد. گویی پس از پنج سال ریاست فرهاد رهبر بر دانشگاه تهران، ندایی از غیب از رئیس جمهور خواسته بود که فرهاد رهبر را برکنار کند. دلیل عزل فرهاد رهبر از دانشگاه تهران، را قریب به اتفاق تحلیل گران موضوعی تبلیغاتی ارزیابی کردند، تا جایی که صادق زیبا کلام از اساتید دانشگاه تهران در نامه ای به احمدی نژاد نوشت که اگر بنا است به این دلیل فرهاد رهبر برکنار شود، شریعتی رئیس دانشگاه علامه که ید طولایی در بازنشسته کردن اساتید دارد، تقدم بیشتری دارد.
با وجود این تحولات، در روزهای گذشته، فرهاد رهبر به تلویزیون رفت، نه به عنوان کارشناس یا رئیس سابق دانشگاه تهران، بلکه به عنوان رئیس دانشگاه تهران و در مورد دستور رئیس جمهور برای برکناری اش گفت که زیاد به این خبرها توجه نکنید . مجری برنامه خطاب به وی ادامه داد که به خیلی از این خبرها توجه نکردیم ، اما انجام شد و حتی سازمان مدیریت هم منحل شد؛ که فرهاد رهبر گفت یعنی قصد دارید دانشگاه تهران را هم منحل کنید؟
اما به هر حال حضور رئیس دانشگاه تهرانی که رئیس جمهور دستور عزل وی را داده در تلویزیون مشخص کرد، که وزیر علوم تا کنون علیرغم دستور رئیس جمهور؛ فرهاد رهبر را برکنار نکرده است و گویی در درون دولت در این باره اختلاف نظر هایی وجود دارد. اختلاف نظر هایی که شاید ریشه ای قدیمی تر داشته باشد، چرا که اگر وزیر علوم بنا بود به دستور رئیس جمهور در برکناری فرهاد رهبر توجه می کرد، احمدی نژاد مستقیما دستور بر کناری وی را صادر نمی کرد.
به نظر می رسد وزیر علوم تا کنون مقاومت کرده است. مقاومت فرهاد رهبر هم که زبانزد خاص و عام است. وی در سازمان مدیریت هم علی رغم اختلاف با رئیس جمهور آنقدر ماند تا سازمان مدیریت به نوعی منحل شد، حال مشخص نیست که مقاومت وی در دانشگاه تهران هم به قیمت انحلال این دانشگاه تمام خواهد شد یا نه. به هر حال وی پیشتر گفته است، خدمت را توفیق می داند و خود به دست خویش باعث سلب توفیق خود نخواهد شد!
به خوب و بد قضیه کاری نداریم ولی خیلی جالبه که وزیر یک دولت حرف رئیس دولت رو قبول نمی کنه!!!