حسین قمی در یادداشتی نوشت: دکتر جلیلی یکی از و ظایف دبیرخانهٔ شعام را هماهنگی و هم افزایی بین قوای سه‌گانه و بخش‌های دیگر ذکر می‌کند؛
«دبیرخانهٔ شعام در آن زمان یک ملجأ برای حل اختلافات قوا بود.»
در دوران مسئولیت ایشان در شعام واقعا چنین موضوعی را شاهد بودیم؟
در آن سال‌ها اختلافات میان سران سه قوه به بی سابقه‌ترین شکل در آمده بود. فقط برخی موارد را اشاره می‌کنم:
خانه نشینی یازده روزه رییس جمهور؛
اختلافات شدید میان رییس جمهور و رییس مجمع و غیبت طولانی رییس جمهور در جلسات مجمع.
برکناری وزیر اطلاعات و بازگشت او با حکم رهبری؛
پخش فیلم افشاگرانه از سوی رئیس جمهور در مجلس و سخنان او علیه روسای قوه مقننه و قضاییه و تذکر رهبری
بازداشت مدیرعامل ایرنا و مشاور مطبوعاتی رییس جمهور؛
درگیری و نامه پراکنی میان روسای جمهور و رییس قوه قضاییه درباره بازدید از اوین.
طرح سوال از رییس جمهور در مجلس و توقف آن با نظر رهبر انقلاب؛
ابطال حکم مدیرعاملی سعید مرتضوی در ریاست سازمان تامین اجتماعی از سوی دیوان عدالت اداری؛
بازداشت سعید مرتضوی سرپرست تامین اجتماعی؛
اغتشاش در سخنرانی رئیس مجلس در قم؛
تشکیل پرونده قضایی برای معاون اول رییس جمهور به عنوان متهم.
تاکیدات مکرر رهبر معظم انقلاب بر پرهیز مسئولان به خصوص روسای قو از ایجاد اختلاف در شرایط حساس کنونی.
درخواست از مسئولین برای کنار گذاشتن بد اخلاقی‌ها
و…
در آن سال‌ها اوج اختلافات و درگیری قوا و دستگاه‌ها را شاهد هستیم. شاهد ترور‌های هسته‌ای هستیم، شاهد بحران ۱۳۸۸ هستیم، شاهد ریزش برخی خواص هستیم، جلیلی از کدام تدبیر اجماع سازش می‌گوید؟
اگر جلیلی چنین توانمندی داشتند آیا رهبری هیات حل اختلاف قوای سه گانه را تشکیل می‌دادند؟
از آرزوهاشون میفرمایند. به دل نگیرید 
اجماع خوبه اما مهم اینهروی چه کسی